19 августа 1889 г. генералом-адмиралом был издан приказ по Морскому ведомству (за № 99), в котором говорилось, что «Государь Император 11 августа соизволил строящийся на заводе Франко-Русского общества в Санкт-Петербурге броненосный корабль именовать „Наварин“ и зачислить его в списки судов Балтийского флота».
В начале октября Морское министерство решило заказать главные механизмы и котлы, спроектированные в МТК, Литейному и Механическому заводу, принадлежавшему Акционерному Обществу Франко-Русских заводов.
11 ноября 1889 г. представитель Морского министерства контр-адмирал В.И. Попов заключил второй контракт с доверенным лицом уже известного нам П.К. Дю-Бюи инженером А.И. Бушем «на изготовление двух судовых паровых машин в 9000 л.с. для строящегося двухвинтового броненосного корабля „Наварин“ с паровыми котлами и прочими запасными вещами». За изготовление механизмов весом 1222 т Общество получало сумму 1 551610 руб.
Оговаривались и штрафные санкции: за каждую недостающую л.с. высчитывалось по 200 руб. А при условии, если общая мощность окажется меньшей, чем 8000 л.с., министерство отказывалось от них, а заводу предстояло изготовить новые. Предусматривался штраф и за лишний вес по 9000 руб. за 1 %. Договором определялось: установка забортного оборудования и проведение всего комплекса испытаний (до середины июля 1891 г.) и окончательная сдача корабля в казну в июне 1892 г. После этого в течение 12 месяцев шел гарантийный срок, во время которого все неполадки, произошедшие не по вине экипажа, бесплатно устранялись Обществом.
В январе 1890 г. с установленных бимсов носовой и кормовой палуб сняли шаблоны и по ним на Невском Механическом заводе начали изготавливать 42 стальных листа броневой палубы (общий вес 81 т).
Официальная закладка состоялась 21 мая 1890 г. одновременно с закладкой на Балтийском заводе броненосного крейсера «Рюрик» и спуском яхты «Полярная звезда» и канонерской лодки «Грозящий». Торжество началось в 11 часов дня с прибытием к эллингу гостей, где их встречали почетный караул, оркестр и моряки 2-го флотского «Ея Величества Королевы Эллинов» экипажа. *
К килю торжественно прикрепили серебряную закладную доску размером всего 9 х 13 см, на которой на одной стороне было выгравировано, что «12-ти пушечный двухъ винтовой корабль „Наваринъ“, строящийся в Санктъ-Петербурге на Галерпомъ островке Обществомъ Франко-Русских заводовъ, заложенъ 19 мая 1890 года въ присутствии: Ихъ Императорскихъ Величествъ Государя Императора и Государыни Императрицы, Ея Королевского Величества Королевы Эллиновъ и Его Императорского Высочества Великого Киязя Генералъ-Адмирала Алексея Александровича», а на другой перечислялись все присутствовавшие именитые сановники Морского ведомства и участники строительства корабля. Это были управляющий Морским министерством вице-адмирал Н. М. Чихачев, исполнявшие обязанности командира Санкт-Петербургского порта контр-адмирал Д.К. Шефнер и главного инспектора кораблестроения Н.А. Самойлов, главный корабельный инженер порта старший судостроитель Н.А. Субботин и наблюдающий за постройкой младший судостроитель В.В. Максимов.
Летом 1890 г. корпус довели до жилой палубы. После передачи Обуховскому заводу рабочих чертежей расположения палуб и переборок на нем начали проектировать двухорудийную башенную установку под тридцатипятикалиберные 305-мм орудия. Приняв за основу орудийную установку «Александра II», к февралю 1891 г. завод подготовил свой проект. Недостатком этого проекта оказалось то, что центр тяжести башни отстоял от оси вращения на 1,3 м к лобовой части, что вызывало давление в 47 тонн на вращающие катки и затрудняло наведение. Но, по требованию МТК передвинув в башне некоторые узлы, свели до минимума смещение центра и значительно облегчили наведение орудий.
В это время наблюдающим за изготовлявшимися машинами назначили вернувшегося из дальнего плавания на фрегате «Владимир Мономах» старшего инженер- механика Ф. Сидорова.
Появились и новые изменения в проекте. Сначала решили оставить только одну грот-мачту, подобную одной из мачт, установленных на «Александре II». Изменили сектор обстрела 152-мм орудий. Его определили в 100°, а амбразуры сделали длиной всего 1,1 м. Планируемые к установке подводные минные аппараты заменили на надводные, бронзовые, в яблочных шарнирах, переместив их на жилую палубу за броню верхнего каземата. Изготовить аппараты поручили Обуховскому заводу.
Тогда же Компасный отдел флота счел необходимым иметь на «Наварине» один главный и пять путевых компасов. Главный (пель-компас) диаметром 7 1/2 дюйма (19 см) предлагалось иметь на мостике (между 56 и 57 шпангоутами) на специальной площадке выше шлюпок и катеров. Для этого впоследствии вращающиеся раструбы вентиляторов на 50–51 шп. изготовили из меди. Путевые компасы расположили по одному в боевой рубке, в штурманской рубке, на крыше штурманской рубки, на верхней палубе у запасного штурвала и румпельном отделении.