Зайдя в Порто-Гранде и Капштадт, где пополнялись запасы угля, «Адмирал Нахимов» в очередной тяжелый шторм обогнул мыс Доброй Надежды и 11 января 1889 года благополучно прибыл на о. Маврикий. Дальнейший путь пролегал через Коломбо, Батавию и Шанхай, и 6 апреля новый крейсер бросил якорь в японском порту Нагасаки, где всегда для необходимого после долгого перехода ремонта останавливались русские корабли. 13 мая «Нахимов» прибыл во Владивосток, включившись в программу обычных летних учений Тихоокеанской эскадры контр-адмирала В.П.Шмидта.
Качество постройки «Адмирала Нахимова» подверглось неожиданной проверке, когда он в июле сел на мель в бухте Новик. Наружный 400-мм деревянный киль и 1 52-мм слой деревянной обшивки сыграли роль своеобразного буфера, предотвратив более серьезные повреждения. Но деформированное на длине 30 м днище и разорванная между шпангоутами 50 и 52 обшивка требовали срочного докового ремонта, который тогда во Владивостоке произвести было невозможно. Пришлось идти в порт Иокогама на восточном побережье Японии, где а расположенной по соседству военно-морской базе Йокосука имелся сухой док подходящих размеров. В течение августа пробоину закрыли накладным стальным листом, восстановили водонепроницаемость деревянной и медной обшивок, а впадину в днище, достигавшую глубины 230 мм, заполнили древесиной, чтобы вернуть корпусу прежние обводы. Одновременно очистили подводную часть корпуса от налипших за годичное плавание ракушек и водорослей и покрыли броневой пояс семью слоями японского лака, предохранявшего металл от коррозии.
В начале сентября «Адмирал Нахимов» вернулся во Владивосток, но ранние холода заставили русскую эскадру спустя уже шесть недель уйти на зимовку в теплые японские воды. 19 октября «Нахимов» под флагом вице-адмирала В.П.Шмидта в сопровождении клипера «Разбойник» вышел из Владивостока. В море корабли разделились — «Разбойник» пошел более коротким путем через Хирадский пролив, по которому ночью «Нахимову» было идти рискованно. Сначала крейсер шел под парусами, но ночью ветер стих, и пришлось поднять пары в шести котлах. Несмотря на временами встречный ветер, «Нахимов» легко держал 11–12 узлов, и утром 22 октября бросил якорь на рейде Нагасаки, опередив «Разбойника» на несколько часов. В конце месяца к флагману присоединились канонерские лодки «Манджур» и «Сивуч». Начались эскадренные учения: парусные, рангоутные, шлюпочные, десантные и другие. 4 ноября в Нагасаки зашел флагман Китайской станции британского флота броненосный крейсер «Имперьюз». Глядя на этот безрангоутный двухтрубный корабль с длинными стволами 234-мм орудий за коробчатыми щитами, трудно было распознать в нем прототип «Нахимова». Русские офицеры, воспользовавшись предложением английского командира, побывали на показательно изготовленном к бою «Имперьюз» и с интересом ознакомились с кораблем вероятного противника — еще свежи были в памяти события 1885 года, когда обе страны находились на грани войны.
В конце ноября ушел на Балтику «Разбойник», а через неделю в обход китайских портов вышли обе канонерки. Пароход «Владивосток», на который с «Нахимова» перевели 6 нижних чинов во главе с унтер-офицером, готовился отправиться на поиски пропавшей шхуны «Крейсерок». В Нагасаки остались «Нахимов» и клипер «Крейсер». На усиление эскадры шел недавно построенный бронепалубный крейсер «Адмирал Корнилов» с новым начальником вице-адмиралом П.Н.Назимовым, но необходимость наносить визиты в дружеские греческие порты задерживала его на Средиземном море. По приказу управляющего Морским министерством В.П.Шмидт, не дожидаясь своего преемника, до рассвета 14 декабря спустил свой флаг и вскоре отбыл в Кронштадт через Иокогаму и Америку.
Дела штаба принял командир «Нахимова» К.К.Деливрон, которому было предписано ждать вице-адмирала Назимова в Нагасаки. В первый же день нового «исправляющего должность начальника эскадры» случилась авария. Стоящий на якоре и готовящийся к выходу в море «Владивосток» был задет проходящим мимо пароходом «Низам» английской компании «Р&О». Экспедицию по поиску шхуны «Крейсерок» пришлось отложить, а вместо этого заняться судебными делами по взиманию с англичан иска за ущерб. На «Нахимове» продолжали рейдовые учения, провели «обстоятельную» окраску крейсера, а во время начавшихся проливных дождей «немало времени употребили на теоретические занятия с командой по специальностям и обучению грамоте». Ведь за количество проведенных занятий с командой во время заграничного плавания с офицеров русского флота строго спрашивали.