Постепенно в город начали возвращаться его жители. 9 августа 1856 года над городом был вновь поднят Российский флаг. Для возрождения города и судоходства Государственный совет принял решение о создании акционерной компании "Русское общество пароходства и торговли" (РОПиТ). 3 августа 1856 г. Общество начало свою деятельность.
С отменой в октябре 1870 г. Парижского договора значение Севастополя как будущего места базирования боевых кораблей заметно возросло. В 1871 г. главный командир Николаевского порта – основного места базирования малочисленного Черноморского флота – вице-адмирал Н. А. Аркас на заседании Государственного совета поднял вопрос о создании в Севастополе военной базы.
Спустя несколько месяцев, 14 января 1872 г., у великого князя Константина Николаевича состоялось совещание, на котором решили, что "… благоустройство Севастопольского порта заслуживает особого внимания правительства". Николаеву отводилась роль судостроительного центра, а Севастополь в дальнейшем "…должен сделаться местом стоянки судов Черноморского флота".
Севастополь в те годы представлял собой поселение с деревянными домиками среди развалин каменных домов, оставшихся со времени осады. Берега бухты были усеяны многочисленными деревянными причалами, не имевшими практически никакого оборудования. Все грузы с купеческих барж, барков и бригов увозились на телегах, запряженных лошадьми. Основную массу заходивших судов составляли парусные. И не случайно. Среди четырнадцати российских портов Севастополь по грузообороту занимал лишь одиннадцатое место, даже несмотря на столь удобную, обширную и тихую бухту. Главным недостатком этого порта являлось отсутствие железной дороги.
Фактически строительство порта, мастерских, стапелей и города следовало начинать заново. "Так как в настоящее время уже трудно ожидать сосредоточения против Севастополя таких средств атаки, какие были употреблены союзниками, то все укрепления должны быть устраиваемы не для противодействия правильной осаде, а с целью лишь воспрепятствовать высадке десанта в окрестностях Севастополя,"- говорилось в директиве Константина Николаевича. Особое значение придавалось укреплению Херсонесского полуострова.
Вся ответственность за возрождение Севастополя возлагалась на вице-адмирала Н. А. Аркаса, с именем которого связано последующее его строительство.
В июне 1873 г. образовали Севастопольское градоначальство. Город получил главу – государственного администратора и хозяина и с того времени стал заметно преображаться.
Уже тогда стало ясно, что по своему положению Севастополь не мог быть хорошим торговым портом. Основным его недостатком являлось отсутствие железной дороги и длинный путь доставки грузов на материк через весь Крымский полуостров. В 1875 г. жизнь показала, что совместить в Южной бухте два порта, военный и торговый, невозможно. С того времени она отошла в ведение Морского и Военного министерств.
К Южной бухте подвели ветку железной дороги, затем появились двух- и трехэтажные каменные строения и причалы. Долгое время неотъемлемой частью бухты были две круглые "поповки" со стоящими рядом несколькими винтовыми рангоутными кораблями. В 1882 г. в бухте появилась императорская яхта "Ливадия". Ее своеобразный корпус и три стоящие в один ряд трубы удивляли жителей и гостей города.
Особенно интенсивное оборудование порта началось с 1884 г. Для этой цели использовали средства, отпущенные на двадцатилетнюю программу. Реконструировали и ветку железной дороги, построили железнодорожную станцию. После этого в порт в сутки могли доставлять до 400 вагонов.
По настоянию нового главного командира Черноморского флота и портов вице-адмирала А. А. Пе- щурова торговый порт из Северной бухты перевели в Стрелецкую. До этого в Феодосии в 1884 г. также начали строить причалы, подводя к городу ветку от Лозо- во-Севастопольской железной дороги.
В 1887 г. в Севастополь пришел на достройку первый черноморский броненосный корабль "Екатерина II". Через год он и другой броненосец "Чесма" начали испытания. С этого времени стоящие в Южной бухте корабли ежегодно пополнялись своими новыми собратьями.
Окончательно Севастополь как главная база Черноморского флота стал после отданного 11 мая 1890 г. императором Александром III приказа, в котором жители города прочли следующее: "Мы признали за благо сохранить за Севастополем значение исключительно военного порта и даровать городу сему средства для развития и преуспевания в будущем".