По контракту предстояло изготовить 18 водотрубных котлов Бельвиля общим весом с водой 538 т (вес старых ко
Когда в 1905 году шла подготовка к установке новых котлов, кораблестроительный отдел МТК, обобщив боевой опыт русско-японской войны, настоял на отмене предстоящих работ. В качестве основного аргумента приводилась недостаточная живучесть корабля из-за наличия переборки в диаметральной плоскости, хотя первые претензии по этому поводу кораблестроительное отделение Комитета заявляло в 1903 году. Окончательно перевооружение и замену котлов отменили уже по просьбе главного командира Черноморского флота и портов, и выделенный для "Чесмы" в 1905 году 1 млн рублей пошел на восстановление крейсера "Очаков".
На "Синопе", прослужившем уже более десяти лет, в 1899 г. также появилась необходимость замены старых котлов, так как часть из них к тому времени уже имела небольшие выпучины в топках. В начале февраля 1899 года ГУКиС заключил контракт с "Обществом Механических производств в Южной России" в Николаеве на изготовление двадцати котлов Бельвиля весом с водой 452 тонны (вес старых 850 т), рабочим давлением 17 кг/см и площадью колосниковых решеток 87,1м 2 .
После замены котлов на "Екатерине II" "Синоп" поставили у стенки Лазаревского адмиралтейства. Используя предстоящие работы, артиллерийский отдел МТК вновь предложил произвести и перевооружение "Синопа".
В мае 1903 г. из- за недостатка средств ГУКиС отложил начало перевооружения исходя из того, что после замены котлов корабль некоторое время еще может прослужить в качестве броненосца береговой обороны и одновременно быть учебным, для практики учеников артиллерийской школы.
К маю 1904 года замену котлов произвели. В сентябре того же года, обобщив опыт русско-японской войны, главный командир Черноморского флота и портов предложил МТК снять с "Синопа" все бортовые торпедные аппараты, оставив лишь один кормовой. В докладной записке по этому поводу в качестве примера приводился бой 1 августа 1904 года владивостокских крейсеров "Россия" и "Громобой", на которых оказались выведенными из строя почти все надводные аппараты, не имевшие броневой защиты. Комитет, утвердив это предложение, в конце концов решил не менять минное вооружение на "Синопе", оставив его единственным из трех первых броненосцев в строю, и перевести затем в состав резервной эскадры.
После русско-японской войны в морских кругах справедливо считали, что время первых броненосцев "Двадцатилетней программы" безвозвратно ушло. Все новые строившиеся корабли рассчитывались на ход от 16 до 18 узлов, и они уже не могли действовать в одной эскадре с этими кораблями, имевшими максимальный ход до 15 узлов.
Командующий Практической эскадрой Черноморского флота вице-адмирал Г. Ф. Цывинский считал так же. Лучшими, по его мнению, на флоте являлись три броненосца "Пантелеймон", Три Святителя" и "Ростислав" и крейсера "Очаков" и "Кагул". Остальные же корабли он считал устаревшими, включая и миноносцы.
С исключением из состава флота "Чесмы" и "Екатерины П" на Черноморском флоте в строю еще остались три броненосца с барбетными установками. Поэтому вопрос о перевооружении "Синопа", "Двенадцати Апостолов" и "Георгия Победоносца" оставался еще нерешенным.
В мае 1908 г. по указанию МТК на "Синопе" и "Георгии Победоносце" определили величину мета- центрической высоты. Оказалось, что "Синоп" при переуглублении на 0,7 м имел водоизмещение 11 310 т, что превышало проектное (9990 т) на 1320 т или 13,2 %. Его метацентрическая высота оставалась довольно большой – 1,2 м. Среднее переуглубление "Георгия Победоносца" равнялось 0,6 м, водоизмещение 11 032 т, что составляло перегрузку 735 т или 7,3%. При таком переуглублении верхняя кромка броневого пояса возвышалась над водой всего на 0,15 м.