2-я часть — резерв. Поезд № 3 — железнодорожный состав для перевозки экипажа и имущества.
Подобная структура формирования бронепоездов оказалась слишком сложной и плохо управляемой. Командирами бронепоездов в тот период зачастую были люди, не имевшие не только специального, но и общего образования. Впрочем в те годы это было скорее достоинством, чем недостатком. В результате столь сложное хозяйство использовалось не всегда рационально. Например, имели место случаи стрельбы из орудий среднего калибра по одиночным солдатам противника. Были промахи и в тактическом использовании бронепоездов. Поэтому бронепоезда № 1 и № 2 стали использовать как самостоятельные боевые единицы.
В прифронтовой полосе бронепаровоз следовал «горячим», то есть под парами. Боевая часть и база следовали раздельно. На бронеплощадках находилось не менее одной трети боевого расчета. Боевая часть формировалась в сторону фронта в следующем порядке: контрольные платформы с железнодорожным материалом и инструментом (две платформы ставились на тех участках, где были проложены рельсы длиной 12,8 м), затем следовала бронеплощадка № 1, бронепаровоз с тендером, бронеплощадка № 2 и дальше контрольные платформы, на которые грузились дрезины. Для наблюдения за исправностью железнодорожного полотна на контрольных платформах располагались кондуктора с сигнальными флажками или фонарями.
База в зависимости от оперативного расстояния или следовала за боевой частью на дистанции 1–2 перегонов (25–30 км), или оставалась на последней станции и поддерживала постоянную связь с боевой частью.
В период Гражданской войны для боевой части часто выделялся полевой штаб, состоявший из командирского вагона, вагона-конюшни, вагона для раненых и вагона-кухни. Полевой штаб двигался совместно с боевой частью или на удалении 1–2 км вагонами вперед. На остановках высылалось боевое охранение на удалении 100–150 м с каждой стороны для предупреждения внезапного нападения на бронепоезд.
4 января 1919 года Реввоенсовет республики издал приказ, согласно которому бронепоезда подчинялись начальнику броне-частей армии, в районе боевых действий которой они в данный момент находились. Бронепоезда рассматривались в то время как вспомогательный вид оружия. Чтобы повысить эффективность деятельности бронепоездов при каждом из них сформировали десантные отряды численностью до 320 бойцов.
Анализируя опыт боевых действий бронепоездов в годы Гражданской войны, Реввоенсовет 5 августа выпустил инструкцию, по которой бронепоезда по своему оперативно-тактическому назначению подразделялись на следующие три типа:
Тип «А» — ударный, сильно бронированный, состоящий из броневого паровоза, двух бронированных площадок, вооруженных двумя 3-дюймовыми орудиями, от восьми и больше пулеметов на каждой и базы. В состав базы входили: вагоны для начальствующего состава, штаба, канцелярии, клуба, кухни, мастерские, с 1919 года начали устанавливать на бронепоездах вагон-электростанцию и вагон-хлебопекарню, платформы для перевозки инструмента, оборудования для ремонта путей, для бронемашин и другого имущества. Состав команды доходил до 162 человек.
Тип «Б» — легкобронированный, состоящий из полубронированного паровоза, одной, чаще двух бронеплащадок с двумя 42-линейными (106,7 мм) орудиями от 4 до 6 пулеметов и базы бронепоезда. Команда состояла из 46 человек.
Тип «В» — легкобронированный, состоящий из бронированного (полубронированного) паровоза, одной (двух) броневых площадок с 6-дюймовыми орудиями и 2–4 пулеметами, базы. Команда насчитывала до 57 человек.
Бронепоезда типа «Б» и «В» предназначались как для самостоятельных действий, так и для поддержки огнем своих орудий действий бронепоезда типа «А».
Первоначально оперативное и боевое управление бронепоездами возлагалось на Оперативный отдел Наркомвоенмора, Полевой штаб РВСР, полевые управления фронтов и армий. В то время как организационное и техническое руководство осуществлял Центральный совет бронетанковых частей (Центробронь), а с января 1919 года — Главное броневое управление.
В мае 1921 года было учреждено Управление начальника броневых сил РККА. Ему и его органам в военных округах, на фронтах и в армии и были переданы все функции руководства бронепоездами.
За 1918–1921 годы промышленность Советской Республики построила 68 бронепоездов и 102 бронеплощадки. Однако из-за отсутствия какого бы то ни было единого проекта, бронепоезда каждого завода имели свои специфические отличительные черты.