В короткое время новые бронетранспортеры, выпущенные промышленностью в большом количестве в 1960-1963 гг., стали основными машинами мотострелковых подразделений, вытесняя БТР-152 из дивизий «первого эшелона». Несколько позже они появились и в морской пехоте.
В 1963 году был создан модернизированный вариант бронетранспортера - БТР-60ПА (ГАЗ-49А), у которого вместо съемного брезентового тента появилась броневая крыша. Корпус был выполнен полностью герметичным. Для доступа в бронетранспортер имелось четыре верхних люка с бронекрышками.
Численность перевозимого десанта сократилась до 12 человек, зато существенно возросла степень его защищенности, особенно в условиях применения оружия массового поражения (что в начале 1960-х годов считалось делом весьма вероятным). Изменилось и вооружение машины - вместо пулемета СГМБ на бронетранспортере установили новый танковый пулемет ПКТ Серийный выпуск БТР-60ПА осуществлялся в 1963-1966 гг.
В 1965 г. был создан бронетранспортер БТР-60ПА-1 с усовершенствованными агрегатами силовой установки и силовой передачи. Масса машины возросла до 10,3 т. Вместо радиостанции Р-113 на машине установили более современную Р-123. Бронетранспортер находился в серийном производстве в 1965-1966 гг.
На базе БТР-60ПА в 1966 году был создан БТР-60ПБ (ГАЗ-49Б). На бронетранспортере установили закрытую башню со спаренной пулеметной установкой - 14,5-мм КПВТ и ПКТ (7,62 мм) с оптическим прицелом ПП-61А.
Вертикальный угол обстрела составил +30°/-5°. Внутри бронетранспортера укладывался автомат АК (АКМ), гранатомет РПГ-7 и запасной ствол для крупнокалиберного пулемета. Боекомплект машины - 500 патронов для КПВТ, 2000 патронов для ПКТ, 10 ручных гранат для Ф-1, пять выстрелов к гранатомету и 12 патронов к сигнальному пистолету. Усиление вооружения привело к снижению численности перевозимого десанта до восьми человек.
Было несколько усилено лобовое бронирование машины, которое теперь защищало от 7,62-мм бронебойной пули Б-32 на всех дистанциях и под всеми углами. Бортовая броня защищала от обычной пули того же калибра на дистанции более 100 м. Значительно усилили и противоатомную защиту бронетранспортера, получившего фильтровентиляционную установку, а также рентгенометр.
В походном положении водитель и командир машины вели наблюдение через два несъемных ветровых стекла, оснащенных стеклоочистителями и обогревательными устройствами. В боевом положении стекла закрывались глухими броневыми крышками, а командир вел наблюдение через четыре призменных прибора ТПН-А и один командирский прибор ТПКУ-2Б с пятикратным увеличением и встроенной прицельной шкалой. Водитель в боевом положении пользовался приборами ТНП-А, расположенными спереди (три) и слева (два). Для десанта на бронетранспортере имелся перископический прибор МК-4 и призменный прибор ТНП-А. Кроме дневных была предусмотрена установка ночных приборов ТКН-1 (у командира) и ТВН-2Б (у водителя).
Силовая установка модернизированного бронетранспортера включала два двигателя ГАЗ-49Б (2 х 90 л. е.). На БТР-60ПБ применили новые шины с регулированием давления.
БТР-60ПБ находился в серийном производстве с 1966 по 1976 г., став основной боевой машиной советской мотопехоты. На базе БТР-60ПБ создавались и многочисленные типы специальных машин, в частности, командирский БТР, машины управления БТР-60ПУ и БТР-60ПУ12, мобильная радиостанция Р-145 и другие.
В 70-х годах в артиллерийские подразделения стала поступать машина командира батареи 1В18 «Клен-1», разработанная на базе БТР-60ПБ. Она предназначалась для управления огнем полевой артиллерии и оснащалась специальным оборудованием, часть которого размещалась в поворотной башне, лишенной вооружения. Позже был создан модернизированный вариант машины управления - 1В18-1.
Для командира артиллерийского дивизиона, также на базе БТР-60ПБ, была разработана машина управления 1В19 «Клен-2», поступившая на вооружение в середине 70-х годов.
На базе БТР-60 выпускались также различные варианты командирских машин и машин управления действиями авиации.
В Румынии строился БТР ТАВ-71, представлявший собой модификацию БТР-60. На румынской модели установлены более мощные 140-сильные двигатели, угол возвышения башенных пулеметов увеличен, что позволяет их использовать для обстрела воздушных целей. На вооружении имелись следующие варианты боевой машины:
ТАВ-71 АР - самоходный 81 -мм миномет.
БРЭМ ТЕРА-71, ТЕРА-71L.
Командно-штабные машины ТАВ-71АР1450/451/452.
Кроме вооруженных сил Румынии БТР ТАВ-71 поставлялись армии Югославии.