Наводчик-оператор имеет комбинированный (дневной и ночной) прицел БПКЗ-42, а командир - дневной прибор наблюдения 1П-13. По требованиям зарубежных заказчиков допускается возможность оснащения машины прицелом наводчика-оператора БПК-М с французским тепловизионным модулем фирмы SAT.
Боевое отделение стабилизировано в двух плоскостях, что обеспечивает возможность ведения огня с места и в движении. ПТРК обеспечивает возможность борьбы с танками на дальности до 4000 м, вертолеты могут поражаться пушечным огнем на дальности до 2000- 2500 м, а живая сила и небронированные транспортные средства - на 4000 м.-
Однако установленный на опытном образце бронетранспортера комплект вооружения, очевидно, следует рассматривать лишь как временный. Вполне логичным представляется оснащение БТР-90 боевым отделением «Кливер», разработанным для модернизации гусеничных машин БМП-1 Тульским КБ приборостроения (прежде чем занять свое место в корпусе БМП-1, это боевое отделение прошло испытания на БТР-80).
В состав «Кливера» входит новая 30-миллиметровая пушка 2А72, 7,62-мм пулемет ПКМТ и новый серийный ПТРК «Корнет» с четырьмя ПТУР 9М133.
Рассматриваются варианты оснащения БТР-90 боевым отделением, заимствованным у БМП-3. Модернизированный вариант этого БО включает 100-мм гладкоствольное орудие, способное вести огонь как неуправляемыми осколочно-фугасными снарядами повышенной эффективности, так и новыми ПТУР 9М117М1 «Аркан»; 30-мм автоматическую пушку 2А72 (в боекомплект которой входит усовершенствованный подкалиберный бронебойный снаряд), а также 7,62-мм пулемет. Новая система управления огнем включает тепловизор с дальностью действия до 5000 км.
Сообщалось о возможности создания на базе БТР-90 самоходного 120-мм орудия (вероятно, речь идет о модификации автоматизированной системы 2СЗ1 «Вена», способной вести огонь корректируемыми снарядами «Китоловам»), противотанкового самоходного орудия, ЗРК и противотанковых комплексов.
Одна из опытных машин оснащена дополнительной накладной броней, защищающей корпус.