Помимо Атиши, Марпы и Миларепы в числе религиозных реформаторов Тибета следует также назвать Будона Ринчэндуба (1290–1364) и Цзонкхапу Лобзан Драгпу (13571419). Будон, настоятель монастыря Шалу, оставил после себя такой труд, как «История буддизма в Индии и Тибете», принимал участие в составлении Ганджура (см. ниже): именно он отобрал для последнего двадцать пять так называемых «старых тантр». Что касается Цзонкхапы, основателя школы Гелуг-па, то, согласно житию, его рождению предшествовали чудесные знамения, а на коре и листьях дерева, росшего во дворе дома его родителей, появились тексты мантры «Ом мани падме хум» и других мантр. При жизни его сравнивали с бодхисаттвами — Авалокитешварой и всеведущим Манджушри. Он стремился укрепить монастырскую традицию, возрожденную Атишей, и говорил, что люди, практикующие йогу, проявляют мало интереса к учению и теоретическому знанию, а любящие учиться мало заботятся о применении в духовной практике результатов своей учебы. Цзонкхапа хотел исправить такое положение дел и установить гармонию между йогой, теорией и монашеской дисциплиной. В частности, он добился того, что в монастырях монахов обязывали изучать основы всех направлений Тхеравады и Махаяны, и лишь после того, как они овладевали этими основами и принимали монашеские обеты, их допускали к практике тантрической йоги. Кроме того, Цзонкхапа призывал к преображению монастырей, утверждал, что внешняя красота служб и строений способствует укреплению веры. После Цзонкхапы в тибетских монастырях появились украшенные изображения будд и бодхисаттв в покровах из тончайшего шелка. Цзонкхапа также изменил цвет одежд монахов: убрал красный, символизировавший мудрость-праджню, и снова ввел шафрановый, цвет бедности и смирения, а красные головные уборы заменил желтыми (откуда распространенное в буддологической литературе название школы Гелуг-па — «желтошапочники»). По житию, перед смертью Цзонхкапа почти месяц пребывал в глубоком
Духовное возрождение Тибета сопровождалось фиксацией тибетского канона. Этот канон состоит из двух сводов — Ганджур (Кангьюр) и «второканония» Данджур (Тангьюр). При переводе на тибетский термины санскрита передавались дословно, что привело к «консервации» санскритских текстов; как писал Е. А. Торчинов, «в результате тибетские переводы оказались фантастически точными, и, как правило, они достаточно удобны для реконструкции исходного санскритского текста». Ганджур еще называют «тибетской Трипитакой», а «второканоние» Данджур включает в себя переводы индийских шастр, религиозно-философские сочинения тибетских авторов, индийские сочинения по грамматике, астрономии, математике, медицине, памятники классической индийской литературы и т. п. По классификации Будона, в Ганджур входят 1108 текстов, а в Данджур — 3357 сочинений. В самом Тибете Ганджур целиком издавался (методом ксилографии с резных деревянных досок) 6 раз, а Данджур — 4 раза; объем первого варьировался от 92 до 108 томов, а объем второго составил 225 томов.
Кроме Ганджура и Данджура, в Тибете окружена почтением «Калачакра-тантра», переведенная на тибетский язык в середине XI века. Эта «Тантра Колеса Времени», средоточие Ваджраяны, учит о единстве микрокосма и макрокосма, человеческого тела и универсума. В соответствии с «Калачакра-тантрой» тибетцы реформировали свой календарь, введя систему шестидесятилетних циклов: за точку календарного отсчета взяли 1027 году, когда, как гласит предание, махасиддха Чилупа принес текст «Калачакра-тантры» в Тибет из загадочной страны Шамбхала.