Троцкий и его сторонники стремились противопоставить политорганы Красной Армии Центральному Комитету партии и местным партийным организациям, они саботировали военную реформу, срывали укрепление обороноспособности страны. Зная об этом, партийные организации требовали принять к председателю Реввоенсовета необходимые меры, отстранить его от работы в Народном комиссариате по военным и морским делам. Однажды Буденный прямо заявил Фрунзе: «Не наш он человек, Троцкий, мое сердце почувствовало это еще в боях под Царицыном, когда, осмелившись, я предложил ему создавать свои кавалерийские части, без которых нам очень тяжело было воевать с врагом. И что же? Он просто грубо отругал меня». Фрунзе серьезно ответил Буденному, что вопрос с Троцким вот-вот будет решен, ибо его деятельность на посту председателя Реввоенсовета осуждена ЦК.
Январский Пленум ЦК РКП (б) признал невозможным дальнейшее пребывание Троцкого на посту Наркомвоенмора и председателя Реввоенсовета СССР. На основании этого Президиум ЦИК СССР 26 января 1925 года освободил Троцкого от занимаемых должностей. На этот пост был назначен М. В. Фрунзе, а его заместителем стал К. Е. Ворошилов, который продолжал командовать войсками Московского военного округа. М. В. Фрунзе поручил Буденному подготовить боевой устав конницы.
«Временный боевой устав конницы РККА» обобщил опыт ведения боевых действий красной конницы, в значительной степени основанный на боевых действиях Первой Конной армии. Устав подтвердил мысль о том, что конница является самостоятельным родом войск Советских Вооруженных Сил, и ее основной особенностью является подвижность, позволяющая широко и свободно маневрировать, наносить в конной атаке сокрушительные удары.
По заданию Фрунзе Буденный инспектировал работу конных заводов. Лошадей для Красной Армии по-прежнему не хватало. До первой мировой войны Россия славилась своими неисчерпаемыми конскими ресурсами. Однако после революции и гражданской войны число конных заводов резко сократилось. Необходимо отметить, докладывал Буденный председателю Реввоенсовета, что процесс восстановления этой области хозяйства в стране совершается крайне медленно. «Я вас очень прошу, Семен Михайлович, — говорил Фрунзе, — изучите, как нам ускорить темп работы. Еще не скоро, очень не скоро трактор вытеснит крестьянскую лошадку, а мы посадим солдат Красной Армии на машины».
После инспектирования конных заводов Буденный доложил о своих предложениях Ворошилову, который после смерти Фрунзе стал народным комиссаром по военным и морским делам, а также председателем Реввоенсовета СССР. Он решительно заявил, что, если не принять чрезвычайных мер, коневодство будет обречено на страшный упадок. Помимо восстановления конского поголовья, говорил Семен Михайлович, надо особое внимание обратить на улучшение качества лошадей.
— Что вы предлагаете? — прервал его Сталин.
— Выделить для деревни достаточное количество племенных кровных лошадей, — ответил Семен Михайлович. — Этим мы прежде всего заинтересуем самих крестьян, они охотно помогут нам, и тогда мы сможем закупать хороших лошадей для армии.
Согласившись с мнением Буденного, Сталин заметил, что необходимо разработать единый государственный план использования племенного материала и расходования спецкредита. Важно также максимально использовать резервы на местах.
Теперь же Буденный сообщил, что принятые меры позволили не только решить многие вопросы по дальнейшему развитию коневодства, но и закупить для Красной Армии необходимое количество хороших лошадей. Ворошилов поручил ему сделать подробный доклад в правительство, указать конкретные цифры.
Герой Социалистического Труда академик П. П. Лобанов, который многие годы трудился на пиве коневодства вместе с Семеном Михайловичем, отмечал: «…Особенно много труда и знаний вложил С. М. Буденный в совершенствование методов разведения и выращивания лошадей для армии. Главное здесь то, что под руководством С. М. Буденного были созданы крупнейшие коневодческие хозяйства в Задонских степях, в Заволжье и в ряде восточных районов страны — это были табунно-ремонтные конные заводы, в которых применялся самый передовой для того времени метод культурно-табунного выращивания конского поголовья. В годы Великой Отечественной войны Советская Армия получила свыше трех миллионов лошадей, и в том, что это стало возможно, большая заслуга Семена Михайловича Буденного».