В феврале 1612 года Второе ополчение перебазировалось в Ярославль. Историки называют много причин, вызвавших такое перемещение. Одной из них стали осложнившиеся отношения с руководителями Первого ополчения. После смерти Ляпунова в рядах Первого ополчения очень усилились анархические настроения. Атаман Заруцкий все еще лелеял авантюрную мечту посадить на русский трон «воренка», обеспечив себе и своим сторонникам особое положение в государстве. Его казаки, давно оторвавшиеся от крестьянской работы, помышляли лишь о грабежах и разбоях. Намерение руководителей Второго ополчения собрать в Суздале Земский собор и избрать сообща царя никак не устраивало Заруцкого. Отряды Заруцкого заняли Суздаль, опередив Пожарского. Далее Заруцкий намеревался захватить Ярославль, чтобы поставить под контроль Верхнее Поволжье и дороги на Москву с севера.
Д. М. Пожарский успел занять Ярославль до прихода отряда, посланного Заруцким. Атаман попытался организовать покушение на жизнь командующего. С этой целью в Ярославль были посланы двое казаков, но один из них был схвачен и предан суду. Покушение не удалось.
Одно обстоятельство еще больше осложнило обстановку. Признание в марте 1612 года в таборах Первого ополчения «Сидорки псковского вора» вызвало решительное противодействие руководителей Второго ополчения. Немногим меньше года назад — 23 июня 1611 года — вожди Первого ополчения объявляли о своем намерении призвать на русский престол шведского королевича, Карла Филиппа, сына шведского короля Карла IX. Все метания и противоречия политики руководителей Первого ополчения в таком первостепенной важности вопросе, как кандидатура будущего царя, весьма обострили взаимоотношения двух центров национально-освободительного движения.
Программа Второго ополчения на этот счет была весьма определенна: «Маринки и сына ея, и того Вора, который стоит под Пъсковым до смерти своей в государи на Московское государство не хотим, также что и литовского короля». Относительно шведского королевича ополчение пока предпочитало не высказываться со всей определенностью, поскольку в шведах оно видело возможного союзника в борьбе с поляками. Столь же щекотливым был вопрос о польском королевиче, официально признанном русским царем. Его признавала Боярская дума, его именем писались указы, его продолжала поддерживать некоторая часть русского населения. Поэтому имя Владислава не называлось в перечне тех, кого «не хотели» видеть на русском троне участники Второго ополчения, хотя именно его свержение и изгнание поляков было главной целью патриотов.
Другим и далеко не последним основанием для перебазировки в Ярославль стали соображения экономические. Ярославль был одним из важнейших центров внутренней и, что особенно важно, внешней торговли. Он стоял на пересечении торговых путей между Архангельском и Москвой, на пути в Сибирь, в Астрахань, на Кавказ и в страны Азии. Еще с XVI века в Ярославле размещались конторы английских, голландских, а позже и других иноземных купцов. В годы Смуты Ярославль стал практически единственным активно действующим центром русской торговли с Западом, поскольку северо-западные города и Смоленск оказались отрезанными от Москвы военными действиями. Богатые ярославские купцы — Григорий Никитников, Михаил Гурьев, Надея Светешников, Василий Лыткин вносили средства в казну ополчения, принимали энергичное участие в его деятельности. Доходы в виде таможенных пошлин в талерной монете, получавшиеся с иноземной торговли, сбор «пятой деньги» с богатых «прожитков и промыслов» ярославцев приносили в казну ополчения значительные средства. И наконец, обилие в городе искусных мастеров-серебряников, хорошо организованное производство ювелирных изделий и память о работе денежного двора, который был закрыт только в самом конце XV века, также оказали влияние на решение правительства избрать Ярославль своим опорным пунктом.
О пребывании Второго ополчения в Ярославле летопись сообщала: «Ярославцы же их прияша с великою частию и приносоша дары многия. Они же не взяша у них ничево и, быв в Ярославле, начата промышляти, како бы им итти под Московское государство, на очищение. К ним же начата из городов приезжати многие ратные люди и посацкие люди привозити на помочь денежную казну…»
За четыре месяца пребывания Второго ополчения в Ярославле были созданы и оформлены правительственные учреждения, в точности воссоздавшие структуру государственного аппарата. В городе официально действовало временное правительство, возглавлявшееся князем Пожарским и «выборным человеком» Мининым. Из представителей местного духовенства во главе с бывшим ростовским патриархом Кириллом образовался Совет всей земли. Минин и Пожарский с их ближайшими сподвижниками получили от Совета полномочия ведать не только военными, но и гражданскими делами. Постепенно в Ярославле создались приказы: Разрядный, Поместный, Дворцовый, Сибирский, Посольский приказ Казанского дворца, а также денежный двор.