«Войдя в состав профессоров Медицинской академии, Николай Николаевич перенес сюда те же живые и высокие начала строгой науки, прогресса и самодеятельности, которых проводником он был в Казани. Слово его с кафедры не только было верной передачей современного состояния, но и трибуной нового направления в науке. Во всех сферах своей академической деятельности он неуклонно проводил идею, что медицина, как наука, представляет только приложение естествознания к вопросу о сохранении и восстановлении здоровья. Естественные науки, по его мнению, должны играть при медицинском образовании роль первостепенных, основных предметов, а не дополнительных или вспомогательных. Медик должен усвоить себе не столько отрывочные факты прикладного естествознания, сколько общий строй науки, способ мышления, приемы и методы исследования. Преподавание естественных наук на медицинском курсе должно быть основательное и возможно полное, не ограниченное тесною рамкой одних прикладных сведений. Он проводил такую мысль, что для основательного усвоения и верной оценки того, что сделано в науке другими, для ясного понимания, каким путем идет развитие науки, разработка и приращение научного материала, необходимо хоть несколько самому поработать самостоятельно и специально в какой-нибудь отрасли знания. Вопреки установившемуся мнению, что основою для медицины должна быть анатомия человека, Зинин утверждал, что первенство в этом отношении должно быть отдано физике и химии Анатомия дает понятие только о строении организма, физика же и химия дают ключ к разъяснению всех тех сложных, до бесконечности разнообразных физиологических и патологических процессов, которые в нем совершаются. Исходя из этой точки зрения, Зинин не стеснялся медицинским характером учреждения и читал свои блестящие курсы так же серьезно, полно и подробно, как бы он делал это на физико-математическом факультете университета. Он не скупился на идеи, бросал их направо и налево и не раз развивал на лекциях многое такое, о чем несколько лет спустя приходилось слышать, как о новом открытии или новой мысли в науке».
По этой характеристике мы можем видеть, как прав был новый профессор Медицинской академии и Как далеко предвидел он плодотворное участие химии в медицине. Но в те времена ему пришлось преодолевать суровое сопротивление среды и косных традиций. Ведь он отстаивал свои взгляды, самостоятельность русской науки и умственного развития русского человека во время самого грубого раболепия перед всем иностранным, а нередко и перед такими людьми, в глазах которых химик и аптекарь, врач и цирюльник, пускавший кровь, не очень-то отличались друг от друга. И, может быть, самое удивительное и самое характерное в Зинине было то, что он заставил уважать себя даже тех, кто не уважал науку.
Несомненно, что превосходной постановкой учебного дела Медико-хирургическая академия была в значительной мере обязана Зинину. Знаменитый русский физиолог Иван Михайлович Сеченов, привлеченный Зининым в академию, в своих воспоминаниях говорит по этому поводу:
«Перед нашим поступлением профессорский персонал, в свою очередь, требовал обновления: на некоторых кафедрах доживали свой век старики и молодых сил совсем не было. Дубовицкий профессорствовал в Казани вместе с Зининым, чтил его как большого ученого и, очевидно, отдал дело обновления профессорского персонала в его руки. Первым делом Зинин перетащил к себе на подмогу своего большого приятеля Глебова (они вместе учились в молодости за границей) из Москвы, когда тот выслужил в университете двадцать пять лет, и они стали орудовать в сказанном направлении. Из своих учеников в академии Зинин стал подготовлять будущего химика (Бородина) и будущего физика (Хлебникова), а медицинское образование отдал, очевидно, в руки Глебова».
Обновить профессорский персонал молодыми учеными было не так-то просто. Зинину приходилось всеми правдами и неправдами обходить формальные препятствия, в жертву которым приносились обычно и таланты и личные достоинства. По тогдашнему уставу академии Сеченову нужно было для поступления адъюнктом на кафедру физиологии держать экзамен и по зоологии со сравнительной анатомией. Сеченов, учившийся за границей, держать экзамен по зоологии отказался, так как ею не занимался. Николай Николаевич все-таки уговорил его держать экзамен, уверив, что это «пустая формальность».
Сеченов, не ответив на второй вопрос экзаминатора, отказался экзаменоваться. Но «Зинин пошептался со стариком, и сеанс окончился, — рассказывает Сеченов. — Вскоре меня приняли адъюнктом по кафедре физиологии и заставили читать лекции до конца академического года».
Тягостная атмосфера, созданная николаевским режимом, угнетала возвращавшихся из-за границы на родину молодых ученых, но Зинин с поразительным искусством умел преодолевать угнетенное состояние молодых ученых.