В совете началось новое дело, еще более обострившее отношения между партиями. Прибывший из Петербурга по вызову попечителя чиновник особых поручений И. Д. Делянов, впоследствии известный реакционный министр народного просвещения, виновных не разыскал, но зато возвратился в Петербург с материалами о некоторых членах совета, в том числе, конечно, и о Бутлерове. По распоряжению Александра II была назначена особая комиссия для обсуждения вопроса о состоянии Казанского университета. Комиссия пришла к выводу, что состояние это «весьма грустное, ибо оно представляет, с одной стороны, разлад между профессорами, а с другой — своеволие и разлад между студентами».
«Не доискиваясь причин пререканий между профессорами, — говорилось далее в докладе комиссии, — комиссия нашла в их проявлении ряд незаконностей, заслуживающих самого строгого порицания».
На заседании совета 30 апреля 1863 года было объявлено строгое порицание Бутлерову, Вагнеру, Соколовскому и всему совету. В этом же заседании было прочитано заявление Бутлерова, поданное им 24 апреля.
«Членам совета известно, — писал Бутлеров, — что я постоянно, по возможности, избегая должностей административных и находя, что они значительно препятствуют ходу научных моих знаний, решался принимать их на себя только по необходимости. Таким образом, мною было заявляемо совету о том, что я просил бы не подвергать меня баллотированию в должность ректора. Последние печальные столкновения, имевшие место в университете, естественно, могли только усилить мое желание сложить с себя эту должность и заставили меня более прежнего сомневаться в возможности принести в этом звании пользу университету. Я счел нелишним выразить это желание Делянову во время — пребывания его в Казани и присовокупить, что если бы высшее начальство нашло в настоящее время увольнение мое от должности ректора возможным, то я не замедлил бы просить об этом увольнении. Ныне попечитель словесно сообщил мне о существовании такой возможности, и я спешу воспользоваться ею».
Из дела совета об увольнении Бутлерова видно, что попечитель не только «сообщил о возможности» отставки Бутлерова, но и настоятельно предлагал ему поспешить с подачей о том заявления. Однако совет, заслушав заявление Бутлерова, постановил четырнадцатью голосами из семнадцати присутствовавших просить Бутлерова остаться ректором, находя его службу вполне полезной для университета. Только Соколовский заявил, что он не считает «справедливым» стеснять Бутлерова в его желании уйти, тем более, что Бутлеров «сам высказывает сомнение в возможности принести какую-либо пользу университету в этом звании, присовокупляя, что и высшее начальство находит его увольнение в настоящее время возможным!»
Желание большинства членов совета видеть Бутлерова во главе университета, несмотря на создавшееся положение, побудило Александра Михайловича довести до сведения товарищей и то, о чем ранее он считал нужным молчать.
«Желание большинства членов совета, — писал он, — я считаю драгоценной, но едва ли заслуженной мной наградой за все, чем я всегда старался по мере сил своих и возможностей быть полезным университету. Это желание налагает на меня обязанность объясниться подробнее. Сообщая мне словесно о возможности подать прошение об увольнении от должности ректора, попечитель присовокупил, что прошение это
После такого объяснения совету уже ничего не оставалось, как только ходатайствовать об увольнении Бутлерова, но «с прописанием всего дела».
Увольнение состоялось 20 июля 1863 года.
Несколько раньше были уволены с «причислением к министерству» Соколовский и Стендер. Стендера на посту попечителя заменил П. Д. Шестаков, типичный царский чиновник, реакционер и монархист до мозга костей. Влияние группы либеральной профессуры ему удалось свести на нет, а самого Бутлерова поставить в такие условия, при которых уход великого ученого из Казани был только делом времени и подходящих условий.