Ипполит Ильич позже вспоминал: «Когда мамаша впала в тяжкое состояние болезни, всех детей без исключения перевели в дом тети Лизы на Васильевский остров 2-й линии. <…> Когда почувствовалось приближение смерти мамаши, не помню кто, но кто-то приехавший из Соляного переулка, кажется, тетя Лиза, обсуждали, кого повезти из детей под благословение матери. Помню, что взяли Сашу и Петю. <…> Брат Коля… двое малюток (Модест и Анатолий. —
Можно себе представить, что происходило в сознании мальчика в последующие месяцы, если только через два с лишним года (в 1856-м) он почувствовал себя в состоянии написать о случившемся Фанни Дюрбах: «Наконец, я должен Вам рассказать про ужасное несчастье, которое нас постигло 2 с половиной года тому назад. Через 4 месяца после отъезда Зины Мама внезапно заболела холерой, и хотя она была в опасности, благодаря удвоенным усилиям врачей, она начала поправляться, но это было ненадолго; после трех-четырех дней улучшения она умерла, не успев попрощаться с теми, кто ее окружал. Хотя она была не в силах внятно говорить, понятно было, что она непременно желает причаститься, и священник со Св. Дарами пришел как раз вовремя, так как, причастившись, она отдала Богу душу».
В день похорон жены заболел холерой и Илья Петрович. Он находился на грани жизни и смерти несколько дней, но выздоровел. Оставаться в квартире, где умерла Александра Андреевна, семье Чайковских было тяжело и невыносимо. Ближе к осени Илья Петрович нашел новую квартиру — в доме Гаке на 4-й линии Васильевского острова. К этому времени Ипполита определили в Морской корпус, а сестру Сашу отдали в Смольный институт. Жить без жены Илье Петровичу было непривычно, тем более с двумя маленькими сыновьями: он был совершенно не приспособлен к уходу за детьми. Чтобы скрасить тоску и одиночество, он предложил брату, Петру Петровичу, семьями съехаться в доме Остерлова, на углу Среднего проспекта и Кадетской линии (дом 25), на что тот с радостью согласился. В конце года вместе с малышами, Модестом и Анатолием, Илья Петрович переехал на Кадетскую линию. Петр Петрович, генерал в отставке и участник пятидесяти двух сражений, слыл большим чудаком, семья его состояла из пяти дочерей и трех сыновей, и когда семьи братьев собирались вместе, квартира становилась тесной и неудобной. Молодому же поколению, наоборот, нравилось проводить время вместе, и часто случалось, что за шумными беседами дети засиживались далеко за полночь, что вызывало неудовольствие старших.
Прожив вместе с братом три года, Илья Петрович решился на еще один переездов этот раз он снял квартиру в доме А. П. Заблоцкого-Десятовского (№ 39, по 8-й линии Васильевского острова), автора основательного исследования «О крепостном состоянии России» и редактора «Земледельческой газеты». Окнами новая квартира выходила во двор, занимала два этажа — третий и четвертый. Вести хозяйство и ухаживать за близнецами стала четырнадцатилетняя Александра, забранная раньше времени из института. Лишь на выходные дни к ним приходили из расположенных недалеко Горного и Морского корпусов Николай и Ипполит, а Петр, с Фонтанки, чаще всего приезжал на извозчике.
Жена Анатолия Ильича, Прасковья Чайковская, также подчеркивала культовое отношение композитора в зрелом возрасте к памяти матери: «Хотя он потерял ее в четырнадцатилетием возрасте, он не мог говорить о ней без слез на глазах. Каждый год в день ее рождения он шел в церковь и молился за нее». Однако не следует преувеличивать влияние ее смерти на его еще очень юную душу. Модест, один из главных творцов «мифа о Чайковском», старается уверить читателя, что это событие потрясло Петра до самых глубин и едва ли не определило дальнейший ход его душевной жизни. На первый взгляд это кажется убедительным, тем более что и сам композитор со скорбью вспоминал смерть матери в письме к Н. Ф. фон Мекк от 23 ноября/5 декабря 1877 года из Вены: «Я, несмотря на победоносную силу моих убеждений, никогда не помирюсь с мыслью, что моя мать, которую я так любил и которая была таким прекрасным человеком, исчезла навсегда, и что уж никогда мне не придется сказать ей, что после двадцати трех лет разлуки я все так же люблю ее».