Несомненно, юному Чайковскому было трудно, особенно вначале, привыкнуть к жесткому ежедневному распорядку, который неукоснительно соблюдали все учащиеся, — шесть дней в неделю в классе проводились семичасовые занятия, два-три часа уходило на подготовку к урокам и еще два-три часа отводилось на трапезу и посещение церкви. Воспитанникам оставалось совсем немного времени на отдых и личные дела. Только в воскресенья и праздники наступало облегчение от строго регламентированной жизни. Существовали подробные правила поведения, которые предписывали учащимся быть честными, почтительно относиться к власти, поддерживать порядок и не забывать о вежливости в классе, соответственно одеваться и блюсти внешний вид, исполнять свой долг и избегать «безнравственного поведения».
Константин Арсеньев, пришедший в училище на четыре года раньше Чайковского, вспоминал, что «главным способом воздействия на учеников оставались угрозы, брань и крики». Как правило, телесным наказаниям подвергались только учащиеся младшего курса. Высшей мерой считалась публичная порка — иногда в присутствии и младших, и старших воспитанников. Подобные экзекуции стали обычными с приходом в январе 1850 года нового директора, бывшего полицмейстера города Риги, генерал-майора Александра Петровича Языкова, полагавшего, что они дисциплинарно полезны для младших классов. Школьный день начинался под бой барабанов, а после завтрака учащиеся маршировали. Увлекшись борьбой с крамолой, Языков объявил воспитанникам настоящий террор. «Директор был довольно высокий, плешивый человек. Он ни минуты не мог постоять на месте, беспрестанно вертелся, мотал головой, махал руками, дрыгал ногами, делал какие-то па и пируэты, точно участвовал каждую минуту в балете. <…> Воспитанники прозвали [его] шарлатаном и дрыгой. <…> Вид его постоянно был гневный, свирепый, бешеный. Он страшно ворочал огромными белками. Он кричал ужасно насильственным голосом…» — описывал Языкова Владимир Танеев. «Он постоянно подкарауливал, подслушивал, ходил в мягких замшевых сапожках без каблуков, без звука, когда его именно всего менее ожидали; высматривал кого-нибудь с незастегнутыми пуговицами, с длинными волосами, с папиросой, с куском собственного пирога, с посторонней книгой и, высмотрев добычу, кидался на нее неожиданно как тигр, как пантера, единым взмахом, с вытянутыми вперед руками, со сверкающими глазами и громадным, диким, презрительным, раздражающим все нервы криком: “А! Это что? Штучки?..” Хуже всего были его глаза, огромные, навыкате, воловьи, тупые, бесмыссленно-злобные. Он останавливал их на собеседнике, старался внушить ими страх и трепет…»
В качестве воспитателей были подобраны военные офицеры. Учредили новую должность инспектора воспитанников, состоящую в том, «чтобы ходить по училищу, высматривать, ловить, наказывать, сечь». Им был назначен Александр Рутенберг — «высокий, худой с гневным, свирепым выражением лица человек. Он всегда говорил сквозь зубы, как бы сдерживая накипевшую злобу. Никогда ни ласки, ни снисхождения, ни милости, ни доброго чувства к воспитанникам или к кому-нибудь не было видно на этом ужасном лице. Одна походка его наводила страх и ужас. Он делал большой шаг, тяжело ставил ногу на пол, немного скользил ею вперед, причем звенела и царапала пол его шпора. Скрип этих сапог и звон этих шпор ужасно действовал на мои нервы. Я помню их до сих пор», — пишет Танеев.
Телесные наказания, однако, не были отличительной чертой лишь этого учебного заведения. Порка розгами составляла обычную форму воспитания подрастающего поколения во многих странах Европы и особенно в Англии XIX века. В России по причине крепостного права этот вид наказания практиковался в помещичьих имениях вплоть до реформы 1861 года. В закрытых учебных заведениях военного или полувоенного типа порка считалась нормой. «Система битья розгами была в те времена в величайшем ходу везде в наших заведениях и производилась во сто раз чаще, жесточе и непристойнее, чем у нас, и мы это знали», — отмечает в своих воспоминаниях Стасов. Наказание розгами, видимо, имело место и в семье Чайковских. Младший брат Петра Ильича — Ипполит, определенный отцом в Морской корпус, вспоминал, «что корпусная розга меня миновала, я знаком был только с домашней розгою, когда отец, быстро приговаривая: “не будешь, не будешь”, после пятой или шестой отпускал меня пристыженного».
Не исключено, что сцены телесного наказания оставили в сознании будущего композитора неизгладимый отпечаток и в какой-то мере способствовали развитию у него фобий, мнительности, чрезмерной ранимости и склонности к мазохизму. Сам он никогда, однако, не был порот в училище. Его одноклассник Иван Турчанинов вспоминает, что «несомненно, в Чайковском было что-то особенное, выделявшее его из ряда других мальчиков и привлекавшее к нему сердца. Доброта, мягкость, отзывчивость и какая-то беззаботность по отношению к себе были с ранней поры отличительными чертами его характера. Даже строгий и свирепый Рутенберг выказывал к нему особенную симпатию».