Умер он 2 января 1916 года в Москве, покоится рядом с Бобом на Демьяновском кладбище, близ Клина. Князь Волконский вспоминал, что получил телеграмму о его кончине от единственного бывшего при нем человека — молодого скрипача, сына клинского мещанина, которого Модест устроил в консерваторию. Дом композитора он завещал Русскому музыкальному обществу. 26 августа 1921 года постановлением СНК РСФСР дом Чайковского в Клину был национализирован и стал государственным музеем. С 1919 года, вплоть до своей смерти в 1927 году, в нем работал брат композитора Ипполит.
Старший брат Николай скончался еще в 1911 году в Москве и там же похоронен на Новодевичьем кладбище. Анатолий ушел из жизни в Петербурге на год раньше брата-близнеца, в чине сенатора. Он нашел упокоение на Никольском кладбище Александро-Невской лавры. Его жена Прасковья и дочь Татьяна после революции эмигрировали. Прасковья умерла в Париже в 1956 году.
«Бывший слуга композитора Алеша Софронов прожил в Клину вплоть до своей смерти в 1925 году. В 1898 году в Петербурге на могиле Алексея Апухтина, похороненного на Никольском кладбище в лавре, была поставлена гранитная стела с бронзовым бюстом поэта, работы скульптора Р. Р. Баха. В 1956 году прах и памятник были перенесены на Литераторские мостки Волковского кладбища.
Оставшиеся родственники продолжили начатую Модестом традицию по созданию Дома-музея Чайковского в Клину. Так, в 1945 году главным хранителем его стал младший племянник композитора Юрий Давыдов (умер в 1965 году), затем его дочь Ксения приняла своеобразную эстафету от отца и, вплоть до ухода на пенсию в 1989 году, работала во славу знаменитого родственника.
Из более дальних друзей верность композитору всегда хранил его ученик, композитор и музыкант, Сергей Танеев (1856–1915), часто мысленно возвращавшийся к спорам со своим учителем о смысле творчества. Летом 1896 года он побывал в гостях у Льва Толстого в Ясной Поляне, где много беседовал с ним о религии, музыке, литературе. После отъезда Танееву приснился странный сон, произведший на него сильное впечатление. Сон был о музыке, и он тотчас же записал его в дневнике: «Я видел Петра Ильича, который вспоминал что-то из своих сочинений и не мог припомнить. Алексей и еще какой-то его служитель играет в четыре руки, но все, что они играют, совсем не то, что П. И. вспоминает. Я подхожу к фортепиано и тоже не могу припомнить. П. И. говорит, что Вторая симфония его не удовлетворяет; я отвечаю, что считаю ее финал одним из chef-d’oevre’ов нашей музыки и начинаю играть вторую As-dur’ную тему. Фортепиано имеет две клавиатуры. Затем мне представились музыкальные мысли Петра Ильича в виде живых существ, носящихся по воздуху. Похожи они на кометы — они сияют и живут. Под ними люди, про которых я знаю, что это будущие поколения. Мысли эти входят в голову этих людей, движутся, извиваются и, несмотря на протекающие века (мне казалось, что передо мной проходят столетия), остаются такими же живыми и сияющими, но это только некоторые из музыкальных мыслей Петра Ильича: 2-я тема “Ромео”, “Нет, только тот кто знал” — других не помню. Прочие же не остались жить, я сознаю, что они исчезли, и понимаю, что это не истинные создания, — произведения, написанные не по вдохновению; вижу, что разным мыслям суждена разная долговечность. В стороне направо я видел, что движутся мои собственные мысли, в одеждах античных, как ряд призраков бескровных и безжизненных. Я понимаю, что они существуют в таком виде потому, что я создавал их не с достаточным участием, и в создании их было мало искренности, что это не из души вышедшие мысли. Я припоминаю слова Льва Николаевича о значении искренности в художественном произведении и просыпаюсь, страшно потрясенный, и начинаю рыдать, вспоминая о своем сне».