Осенью 1908 г. у Василия Ивановича подошла пора призыва в армию. Для прохождения военной службы он был направлен в Киев. Но уже весной следующего года по неизвестным причинам Чапаева перевели в «ратники ополчения первого разряда», а затем и вовсе удалили из армии, якобы по болезни, что весьма непонятно, поскольку в ратники ополчения без причины тогда не переводили. И. С. Кутяков полагает, что «удаление» Василия Ивановича из армии в какой-то мере было связано с данными о его политической «неблагонадежности». Дело в том, пишет Кутяков, что Украина была в это время на чрезвычайном положении. В ряде губерний было введено даже военное положение. В Киеве разгонялись все общественные и культурно — просветительские организации. Гонения в полной мере коснулись и армии. Здесь процветали наушничество, доносы, тайная слежка за теми военными лицами, кто был на подозрении у жандармских органов. Почти каждый солдат негласно проходил проверку на благонадежность. В частях Киевского гарнизона, по существу, шла своеобразная чистка. Возможно, под нее и попал Чапаев.
И. С. Кутяков не уточняет, почему Василий Иванович попал под «чистку». После поражения первой революции в России 1905–1907 гг. в стране наступил «период реакции», связанный с именем министра внутренних дел и председателя Совета министров П. А. Столыпина. Наряду с прогрессивными преобразованиями он проводил жесткую внутреннюю политику, направленную на подавление антиправительственных движений и стабилизацию положения в Российской империи. Одним из элементов такой политики была и своеобразная «чистка» армии.
В. И. Чапаев, вернувшись домой, вместе с отцом и братьями взялся за привычную работу — плотничество. Ему шел двадцать второй год, пора было думать об устройстве личной жизни. В Самаре, где Василий плотничал, ему встретилась шестнадцатилетняя работница местной кондитерской фабрики Пелагея Никаноровна Метлина, дочь священника. 5 июля 1909 г. они поженились, как тогда говорили, «самокруткой», так как родители Поли, поджидавшие богатого жениха, были против ее брака с Чапаевым. Выбор сына не одобрил и Иван Степанович:
— Разве ж это баба? Белоручка городская! Только и умеет, что конфеты в коробки укладывать.
Но у Пелагеи были такие блестящие черные глаза — вишенки, такая озорная улыбка, такие кудрявые, шелковистые волосы и еще голос — звонкий — презвонкий, как колокольчик… Словом, Чапаев не устоял. В августе того же года семью Чапаевых постигло тяжелое горе: «за подстрекательство против царя» был казнен старший брат Василия Ивановича Андрей, проходивший в это время действительную службу в русской армии. В Балаково было прислано пробитое пулями, окровавленное белье Андрея. Вскоре после этого Иван Степанович был арестован и отправлен в полицейский околоток. Во время ареста дочь Анна попыталась встать на защиту отца. Однако полицейские оттолкнули ее.
После этого события, по утверждениям биографов Чапаева, его отношения с полицейскими органами стали столь напряженными, что ему пришлось оставить родительский дом и спешно выехать из Балакова с беременной женой и малолетними сыном Александром и дочерью Клавдией. Вначале семья Чапаевых остановилась в Симбирске, но затем перебралась в город Мелекесс Симбирской губернии. Летом 1914 г. у Чапаевых родился третий ребенок — сын Аркадий. Рождение Аркадия по времени почти совпало с началом Первой мировой войны. 26 июля 1914 г. в России был подписан высочайший манифест об объявлении состояния войны России с Германией: