Главный удар протестантов приняла на себя могущественная держава Габсбургов, в состав которой входили Испания, «Священная Римская империя Германской нации» и обширные владения в Новом Свете. Сокрушительное поражение представителям этой древней династии нанес в 1588 году Френсис Дрейк, разметавший по волнам «Непобедимую армаду» — флот испанского короля Филиппа II. Габсбурги пострадали и в ходе Нидерландской революции, начавшейся в 1568 году, а также Тридцатилетней войны, основные события которой в 1618 году развертывались на территории Германии. Поводом для конфликта послужил отказ чешских протестантов признать своим законным правителем представителя династии австрийских Габсбургов, католика, Фердинанда II. Корона Чехии (входившей в те времена в состав австрийских владений) была предложена немецкому курфюрсту Фридриху Пфальцскому, состоявшему в родстве с предводителем французских гугенотов герцогом Генрихом Бульонским. Оказанная пфальцграфу честь, вызвавшая неистовый гнев римского первосвященника и императора Священной Римской империи, привела к началу многолетней войны. Сторону Чехии приняли протестанты Германии и Швеции, сформировав широкую антигабсбургскую коалицию. В ходе боевых действий раздробленная на множество мелких государств Германия, подвергнувшись опустошительным набегам союзников, практически истощила все свои материальные и людские ресурсы. В результате и без того слабая власть императора свелась к чисто номинальной роли верховного сюзерена немецких земель.
Незадолго до начала этой войны, в 1562 году, на борьбу против собственной католической монархии поднялись гугеноты Франции. Гугеноты являлись последователями швейцарского религиозного реформатора Кальвина, и само их название происходило от произносимого на французский манер немецкого слова «eidgenosse» — «объединенные в союз». Продолжавшиеся вплоть до 1598 года открытые столкновения между гражданами Франции получили в истории название религиозных войн. На престоле в то время находился Карл IX из династии Валуа, но правила страной фактически королева-мать Елизавета Медичи, стремившаяся извлечь выгоду для своей семьи из создавшегося конфликта. Она была племянницей папы Климента VIII, и именно на ней лежит львиная доля ответственности за кровавую бойню, учиненную католиками в недоброй памяти ночь накануне праздника св. Варфоломея. В тот злополучный день жертвами религиозной расправы в Париже стали более 3 тысяч гугенотов, а по всей Франции за три дня резни их погибло около 12 тысяч. Кровавая оргия просто-таки привела в восторг папу Григория XIII, который не преминул направить свои личные поздравления королевскому двору!
Видную роль в религиозных войнах сыграло знатное семейство Гизов. Возглавляя Католическую лигу, представители этого древнего рода находились отнюдь не в дружеских отношениях с правящей династией Валуа. Более того, являясь членами Лотарингского дома, — одной из ветвей семейства Каролингов, — они ставили под сомнение законность правонаследия потомков Валуа и выдвигали свои претензии на королевскую корону. Такая политическая обстановка создавала определенные трудности для шотландских наемников, служивших при королевском дворе Франции. Они сыграли не последнюю роль в победе Жанны д’Арк под Орлеаном и какое-то время поставляли самых надежных телохранителей дому Валуа. Шотландская гвардия, не имевшая каких-либо религиозных обязательств ни перед католиками, ни перед протестантами, тем не менее, была связана клятвой верности королям рода Валуа. Основная проблема шотландцев заключалась в том, что королева скоттов Мария — дочь короля Иакова V Стюарта и Марии де Гиз — в 1558 году вышла замуж за сына Екатерины Медичи, дофина Франциска Валуа. В результате невезучие шотландские гвардейцы оказались между двух огней династического конфликта французов. Несмотря на то, что в 1558 году они составляли авангард армии Франсуа Гиза, пытавшегося отобрать у англичан город-порт Кале, честь обязывала их теперь хранить верность дому Валуа. В действительности получалось так, что, будучи телохранителями правящей династии Валуа, гвардейцы одновременно оставались традиционными приверженцами Лотарингского дома Гизов. Учитывая вышеуказанное, можно заключить, что шотландцы, в самом деле, были поставлены в весьма затруднительное положение.
Проблема уравновешивания противоборствующих интересов окончательно разрешилась лишь после того, как пресекся род Валуа. Начиная с 1589 года Францией на протяжении двух столетий управляли представители дома Бурбонов, перед которыми у шотландских гвардейцев не было никаких формальных обязательств.