Действительность, однако, расходилась с философией Че. Коммунистическое сознание, которое он сам обрел, оставалось непонятной, а порой и нежеланной абстракцией для многих, в том числе и для тех, кто считал себя социалистами и с радостью откликался на его призыв: «Свобода или смерть!» Готовность пожертвовать материальными благами и даже самой жизнью ради правого дела, быть может, укоренилась в сознании Че, но большинству людей это было не под силу, да они, пожалуй, и не так уж стремились к этому. Они не были слепы: то самое всемирное счастливое социалистическое братство, о котором Че толковал с таким жаром, не было едино, советско-китайские противоречия уже привели к расколу внутри ряда латиноамериканских компартий, инициированному прокитайски настроенными фракциями внутри них.
Свой взгляд на эту проблему Че выразил публично в нескольких своих августовских высказываниях. Так, он заявил, что советско-китайский конфликт «является одним из наиболее печальных для нас событий», но отметил, что Куба не приняла чью-либо сторону. «Позиция нашей партии состоит не в том, чтобы рассуждать, кто прав, а кто виноват. Мы предпочитаем иметь собственную позицию, и, как часто говорят в американских фильмах, любое совпадение является случайным».
Тем временем на Кубе состоялся очень странный суд над Маркосом Родригесом, который некогда был важным деятелем НСП. Бывший лидер «Директории» Фауре Чомон обвинил его в предательстве нескольких своих товарищей, которые в результате оказались в руках батистовской полиции после неудачного нападения на президентский дворец. Поскольку Родригес имел тесные связи со «старой коммунистической» верхушкой, это дело поначалу обещало стать продолжением процесса чистки. Однако Фидель не хотел позволить процессу зайти настолько далеко. Был проведен новый суд, на котором честь коммунистов была восстановлена, а Маркоса Родригеса выставили отщепенцем и только он предстал перед расстрельной командой.
Поскольку Че в то время находился в Женеве, он избежал причастности к этому позорному процессу. Его неприязнь к сектантским настроениям внутри компартии была хорошо известна. В свое время он принял к себе в личные секретари Хосе Манресу, бывшего сержанта батистовской армии, тем самым создав прецедент, и в дальнейшем последовательно выступал в поддержку любого, кого считал искренне готовым трудиться во имя дела революции, закрывая глаза на то, где ранее этот человек работал или с кем был связан. Министерство промышленности было открыто для многих гонимых или попавших в опалу революционеров.
Одним из таковых был Энрике Ольтуски, старый соперник Че по «Движению 26 июля», под давлением коммунистов вынужденный уйти с поста министра коммуникаций. Можно вспомнить и о Хорхе Мазетти, которого Че убрал от греха подальше из «Пренса латина», после того как тот вошел в конфронтацию с членами НСП. Также среди его протеже был Альберто Мора, сын одного из повстанцев, погибших при попытке «Директории» захватить президентский дворец. Когда в середине 1964 г. Фидель сместил его с поста министра внешней торговли, Че принял опального функционера к себе в министерство на должность советника, несмотря на то что ранее Мора был одним из главных критиков его экономических взглядов.
Когда Мору уволили с поста министра, он изыскал возможность уехать с Кубы, получив стипендию на изучение политэкономии у французского экономиста-марксиста Шарля Беттельхайма (с которым Че также дискутировал по поводу экономической теории); одновременно с ним Кубу покинул и его друг Эберто Падилья, поэт и писатель, также принятый Че к себе на работу и теперь сумевший получить должность заграничного эмиссара Министерства внешней торговли со штаб-квартирой в Праге.
Перед отъездом оба зашли напоследок к Геваре. Мора не стал скрывать от Че своего грустного настроения и сообщил, что уже утром проснулся в мрачном расположении духа. «Че медленно подошел к Альберто, — вспоминает Падилья, — положил руки ему на плечи и потряс его, глядя прямо в глаза. "Я живу, словно разорванный надвое, двадцать четыре часа в сутки… и у меня нет никого, кому бы я мог рассказать об этом. Но, даже если бы я мог рассказать, никто бы мне не поверил"».