История заболевания Громова оказывается своеобразной увертюрой к последующим событиям, которые неопровержимо доказывают, что произвол и деспотизм являются господствующими началами общественной жизни, что виноватым можно стать и без вины, а справедливости искать негде. "Да и не смешно ли помышлять о справедливости, когда всякое насилие встречается обществом как разумная и целесообразная необходимость, и всякий акт милосердия, например, оправдательный приговор, вызывает целый взрыв неудовлетворенного, мстительного чувства?"
Вот это и есть та жизнь, которую своим безучастием, своими философствованиями оправдывал и поддерживал Рагин. До тех пор, пока сам не попал в палату № 6, чтобы на своей шкуре испытать тяжесть железных кулаков смотрителя Никиты. Развитие драматических событий и сводится к тому, что постепенно жизнь все теснее охватывает доктора своими щупальцами, так что в конечном счете и он сам приходит к пониманию своей обреченности. Но, только попав в палату № 6, он до конца осознает, что же собой представляет окружающая его действительность.
Уже в самом начале повести, в описании рагинской больницы, есть одна, казалось бы, незаметная деталь — серый больничный забор с гвоздями. "Эти гвозди, обращенные остриями кверху, и забор, и самый флигель имеют тот особый унылый, окаянный вид, какой у нас бывает только у больничных и тюремных построек", — замечает рассказчик. Образ больницы-тюрьмы, ненавязчиво проходя через всю повесть, к финалу вырастает в зловещий символ всей окружающей Рагина действительности. Когда доктор понял, что ему уже не выбраться из палаты № 6, он подошел к окну и посмотрел в поле. В сгущавшейся тьме, недалеко от больничного забора он увидел белый дом, обнесенный каменной стеной. Это была тюрьма. "Вот она, действительность!" — подумал Андрей Ефимыч, и ему стало страшно".
Так в столкновении с реальностью рушатся рагинские иллюзии, а вместе с ними и вся его философская система. На смену благополучному финалу возрождения героя ("Дуэль") приходит финал драматический, в котором герой жизнью расплачивается за свои трагические заблуждения. Когда Никита заставил Рагина узнать вкус собственной крови, уже перед самой смертью, в голове его "среди хаоса ясно мелькнула страшная, невыносимая мысль, что такую же точно боль должны были испытывать годами, изо дня в день эти люди… Как могло случиться, что в продолжение больше чем двадцати лет он не знал и не хотел знать этого? Он не знал, не имел понятия о боли, значит, он не виноват, но совесть, такая же несговорчивая и грубая, как Никита, заставила его похолодеть от затылка до пят". Финал не только довершает характеристику действительности, где господствуют насилие и произвол, не только развенчивает квиетизм, но и провозглашает борьбу со злом первейшим долгом человека, основой основ прогрессивного развития человеческого общества.
Вначале "Палата № 6" предназначалась для "Русского обозрения", но редактор этого журнала не понял повести и не торопился ее печатать. Тогда осенью 1892 года Чехов решил передать ее в "Русскую мысль", где в это время уже находился его "Рассказ неизвестного человека". Возник вопрос: какую из повестей публиковать раньше? Учитывая давние опасения Чехова насчет прохождения через цензуру "Рассказа неизвестного человека", решили вначале печатать "Палату № 6".
Повесть была опубликована в ноябрьской книжке "Русской мысли" за 1892 год, а в конце ноября вспыхнула очередная полемика Чехова с Сувориным. Ознакомившись с "Палатой № 6", Суворин написал Чехову письмо, которое побудило Антона Павловича высказать ряд принципиальных суждений по вопросам художественного творчества.
В ответном письме к Суворину Чехов вновь, как он это делал и раньше, только с еще большей горечью, говорил о бескрылости современной литературы и при этом утверждал, что причину этой беды он видит в безверии писателей его поколения. С присущей ему в таких случаях склонностью к самоуничижению Чехов и себя причислял к сонму художников, лишенных определенной веры. Ухватившись за эту часть письма, Суворин решил "утешить" Чехова и, опираясь на письмо одной из сотрудниц "Нового времени", некой Сазоновой, попытался внушить писателю мысль о том, что беспокойство его не имеет оснований, так как погоня за некими высшими целями не имеет смысла. И получил в ответном письме решительный отпор.