Пока Шмидт в связи с полюсной операцией отсутствовал в Москве, за Главсевморпуть принялись «ежовые рукавицы», когда один за другим исчезали видные полярники: изыскатель воздушных путей И. А. Ландин, (15 марта), начальник Чукотской геологической экспедиции М. Ф. Зяблов (5 апреля), бывший директор Арктикугля М. Э Плисецкий (30 апреля), заместитель начальника Полярной авиации Н. А. Жигалев (привлечённый к суду как бывший военный по делу Тухачевского), начальник отдела С. П. Нацаренус (5 июля) и т. д. и т. п. Это было первое, пока осторожное приближение «органов» к организации, пользовавшейся особым вниманием Сталина, когда Шмидту было не до организационных дел в своём «хозяйстве» в связи с поездками по стране и многочисленными встречами с коллективами трудящихся, помимо официальных отчётов, включая встречи в ЦК и Академии наук, не считая необходимого санаторного лечения старой болезни, которая едва не свела его в могилу после гибели «Челюскина». Когда же к осени катастрофа в Арктике обозначилась во всём объёме, «органы» перестали стесняться и принялись за саму руководящую верхушку ГУ СМП, как в столице, так и на периферии. Теперь в жертву молоху НКВД был принесён заместитель Шмидта Баевский (7 августа), позднее начальник радиослужбы Полярного управления А. В. Воробьёв и его коллега Д. И. Поляков (14 сентября), челюскинский комиссар А. Н. Бобров (25 сентября) и многие другие, включая причастных к челюскинской эпопее.
Именно провал навигация 1937 г. поставил крест на полярной карьере Шмидта в качестве главы советских полярников, когда в Арктике зазимовало 26 транспортных судов и все ледоколы, за исключением «Ермака», что в значительной мере было связано с невозможностью для Шмидта заниматься делами навигации после возвращения с полюса. Были и объективные обстоятельства (отсутствие угля на Диксоне и Тикси, не было необходимой ледовой разведки, поскольку авиация была занята обеспечением полюсной операции и поисками пропавшего без вести экипажа Леваневского, и ряд других). Официальное решение по поводу провала арктической навигации 1937 г. объясняло случившееся происками «врагов народа» и вредителей в руководстве ГУ СМП. Шевелёв считает, что в той обстановке «Шмидт, мне кажется, себя не очень хорошо чувствовал. Он ведь до революции был в группе социал–демократов–интернационалистов — это была крупная группа интеллигенции, примыкавшая к Горькому» (1999, с. 92). На взгляд автора, Шмидта спасло от «высшей меры» звание одного из первых Героев Советского Союза — у «исполнителей» НКВД пока не было опыта в отстреле обладателей Золотой Звезды, которой не оказалось у его подчинённых — моряков Янсона, Крастина, Ковеля, Дриго, за которыми последовали задержавшиеся на зимующих судах гидрографы Орловский, Евгенов, Хмызников и многие другие, получившие кто высшую меру, кто лагерный срок… Шмидт пытался спасти своих подчинённых от уготованной им участи, что отражено в «Политдонесении…» и. о. начальника Ленинградского политотдела ГУ СМП Д. Бубнова, в котором отмечалось: «Серьёзное недоумение и тревогу вызывает поведение и позиция в этих вопросах начальника ГУ СМП тов. Шмидта… Тов. Шмидт подходит к этим людям с какой-то своей особой меркой, резко отличающейся от партийной» (Крылов, 1995, с. 1028). Ясно, что возможности Отто Юльевича в складывающейся обстановке были весьма ограниченными…
В целом, роль и судьба Шмидта не укладываются в рамки советского функционера высокого уровня, как его подают некоторые современные издания (Ермолаев, 2001, Ермолаев, Дибнер, 2005). Для историка личность такого масштаба интересна прежде всего как опыт сотрудничества былой российской интеллигенции с советской властью в процессе социалистического строительства 20–30 гг. прошлого века, проходивший под непосредственным воздействием другой масштабной неординарной личности, стоявшей во главе партии и страны, доставившей историкам работы, вероятно, на века. Возможно, один из сотрудников академического Института геофизики, довольно близко подошёл к сути жизненной драмы своего директора: «Наверное, в О. Ю. Шмидте действительно хватало всего понемножечку — и от крупного учёного, и от коньюктурщика, и от хитрого политика, и от донельзя наивного человека. Но это же можно сказать и о слишком многих…» (Подъяпольский, 2003, с. 16). В любом случае, можно только сожалеть об отсутствии в современной Российской академии наук руководителей масштаба и уровня Отто Юльевича Шмидта, с его руководящими способностями, личной харизмой и уменьем видеть перспективные направления с привлечением многих активных и заинтересованных людей.