Положение греков ухудшилось. Богатый Колофон первым среди ионийских городов попал под власть лидийцев. Его завоевал уже Гигес. Вторым городом стала Приена, покоренная Ардисом. Алиатт, внук Ардиса, подчинил Смирну, а потом пошел на Клазомены. Однако тут лидийцев ожидала неудача, и они отступили от города с большим уроном для себя. Также упорно боролись с врагом жители Милета. Первый поход, сразу после своего воцарения, совершил против них Гигес. Затем с милетянами воевал Ардис. Но самую тяжелую войну горожанам пришлось выдержать поколением позже. Начал ее Садиатт, сын Ардиса (правил в 624–610 гг. до Р.Х.), а закончилась она уже при Алиатте, продолжаясь без перерыва полных двенадцать лет. Милетянам в этой войне не помогал ни один ионийский город, кроме разве что Хиоса. Каждый год лидийцы выступали в поход, выбирая для этого время, когда на полях созревали хлеба. Прибыв в землю милетян, они не разрушали дома, оставляя их в неприкосновенности. Вырубив все плодовые деревья и уничтожив на полях хлеб, лидийцы возвращались домой. Осаждать город они даже не пытались, так как милетяне господствовали на море. Дома же лидийские цари не разрушали специально. Они ведь не хотели изгонять греков из своей земли, но желали только одного: обложить их богатые города большой данью.
На двенадцатый год войны (в 610 г. до Р.Х.) в Милете установилась тирания Фрасибула. В точности не известно, как тот пришел к власти. Сообщают только, что Фрасибул занимал высокую выборную должность, дававшую ему очень большие полномочия. По истечении положенного срока он отказался сложить власть и при поддержке богатых купцов, управлял городом еще десять лет.
В том же году, войско лидийцев вновь зажгло нивы вокруг города. Внезапно огонь, подхваченный ветром, перекинулся на храм Афины Ассесии. Сначала лидийцы не придали этому событию никакого значения. Но по возвращении войска в Сарды, Алиатт внезапно занемог. Все попытки врачей помочь ему оказались тщетны, болезнь затянулась, и царь отправил послов в Дельфы вопросить оракул о причине своего несчастья. Пифия объявила царским послам, что бог не даст им прорицания до тех пор, пока они не восстановят сожженный храм Афины в земле милетян. Об этом оракуле вскоре узнал коринфский тиран Периандр, который был близким другом Фрасибула. Он поспешил известить Фрасибула о затруднительном положении лидийского царя.
Между тем Алиатт, получив ответ пифии, послал глашатая в Милет, чтобы заключить перемирие с Фрасибулом и милетянами на время, пока он не отстроит храма. Когда царский посол прибыл в Милет, Фрасибул придумал следующую хитрость. Он приказал весь хлеб, что был в городе (и его собственный и отдельных граждан), снести на рыночную площадь и велел милетянам по данному знаку начинать веселые пирушки с песнями.
Сделал это Фрасибул для того, чтобы глашатай из Сард, увидев огромные кучи хлеба, наваленные на площади, и людей, живущих в свое удовольствие, сообщил об этом Алиатту. Так оно и случилось. Вестник увидел все, что ему хотели показать, и затем, передав поручение лидийского царя Фрасибулу, возвратился в Сарды. Узнав от него о благоденствии милетян, Алиатт потерял надежду покорить их. Ведь он рассчитывал только на то, что в Милете сильный голод и что измученный народ дошел до предела несчастья. Поэтому был заключен мир, по которому прежние враги вступили в дружбу и союз друг с другом. Алиатт же воздвиг вместо одного храма Афине два и исцелился от своего недуга.
После тирании Фрасибула Милет в течение многих лет раздирали гражданские распри. Борьба шла между двумя основными партиями. Одну из них – партию Богатства – составляли люди зажиточные, а другую – партию Кулачного боя – средние слои населения и бедняки. Соперничество между ними носило чрезвычайно ожесточенный характер. На протяжении первой половины VI в. до Р.Х. к власти дважды приходили тираны – сначала Фоант, а потом Дамасенор. Однако никаких подробностей об их правлении история не сохранила. Однажды, изгнав богачей, представители народа собрали на гумне их детей и, загнав туда стадо быков, потоптали и погубили их самым противозаконным образом. В свою очередь богатые, одержав в следующий раз победу, всех своих противников, кого только смогли захватить, облили смолой и вместе с их детьми сожгли.