Через несколько недель после убийства Келли заявил, что утром в понедельник видел подозрительного человека, садившегося с ним в один поезд. Другие пассажиры показали, что действительно видели Келли – но не мужчину, которого он довольно подробно описал. Келли также утверждал, что видел того же человека во время церковной службы в воскресенье вечером. Однако на него наверняка должны были бы обратить внимание и другие прихожане – но никто не мог припомнить, чтобы в церкви присутствовал кто-то незнакомый. Келли удалось, выдав себя за частного детектива, побывать в доме, то есть на месте преступления, – он, как и десятки других его «коллег», прошелся по комнатам.
Реальные факты ясно указывают на то, что Келли был просто недотепой, извращенцем и мелким преступником. Он не имел никакой профессии, был слишком слаб физически для какого-либо ручного труда и чересчур глуп и психологически неустойчив, чтобы работать клерком в конторе или продавцом в магазине. Другими словами, он попросту не мог зарабатывать деньги обычными способами. Он бегал от долгов, поскольку был не в состоянии добыть средства, чтобы расплатиться. Но тем, кто занимался расследованием убийства в Виллиске, такой ни на что не годный подозреваемый был не нужен – они искали настоящего убийцу, достигшего высокого мастерства в своем кровавом ремесле. Тем не менее Келли привезли обратно в Ред-Оук, обвинили в убийстве, вынудили во всем признаться и судили.
Суд над преподобным Келли начался 4 сентября 1917 года. Со сторон обвинения и защиты должны были выступать по четыре юриста. По этому поводу одна из местных газет написала, что это «будет самая яростная юридическая битва, когда-либо происходившая на Среднем Западе». В первый день процесса генеральный прокурор штата Айова Хорас Хавнер был арестован прямо в зале суда. Одна из привлеченных Уилкерсоном свидетельниц, некая Элис Уиллард, была проституткой. По ее собственным словам, из кустов, где она проводила время с неким коммивояжером, она видела и слышала, как Фрэнк Джонс разговаривал с одним из своих сообщников. Во время мартовского заседания Большого жюри Хавнер подверг Элис Уиллард весьма жесткому допросу. Вероятно, по этой причине теперь она показала, что после заседания с участием присяжных Хавнер якобы встретился с ней в отеле и пригрозил обвинить ее в лжесвидетельстве, если она повторит свои показания под присягой. Это было квалифицировано как давление на свидетеля и повлекло арест Хавнера. Тот призвал на помощь свидетеля и вскоре, опровергнув предъявленное ему обвинение, вернулся в зал суда, где проходил процесс над преподобным Келли.
Суд продолжался три недели, и 26 сентября дело было передано присяжным для вынесения окончательного вердикта. Сторонники Уилкерсона постоянно мешали проведению процесса, который из-за этого неоднократно приходилось прерывать. Они толпились вокруг преподобного Келли, хлопали его по спине, жали ему руку, давая понять, что не верят в его виновность. В результате в зал суда пришлось направить дополнительно еще двух судебных приставов, но даже после этого полностью восстановить порядок не удалось.
Жюри вынесло вердикт о безусловной невиновности преподобного Келли 11 голосами против одного. Этот единственный присяжный настаивал, что Келли следует признать невиновным по причине его невменяемости. Остальные одиннадцать в невиновности подсудимого не усомнились. Судья предложил им еще раз обдумать свое решение. Два дня спустя, после того как жюри проголосовало еще 21 (!) раз – причем с тем же результатом, – судья объявил, что присяжные не пришли к единому мнению.
Хотя это казалось совершенно нецелесообразным, Хавнер потребовал, чтобы штат провел еще одно судебное разбирательство. Правда, прежде ему пришлось решить собственные юридические проблемы, а именно разобраться с обвинением в давлении на свидетельницу Элис Уиллард. Заседание по этому делу получилось очень странным. Келли стал дожидаться второго процесса, который на этот раз должен был состояться в Логане, штат Айова. Что же касается Хавнера, то дело против генерального прокурора штата Айова рассматривалось в суде округа Монтгомери, и сторону обвинения представлял окружной прокурор, вместе с которым Хавнер ранее выступал против преподобного Келли. Через несколько часов опроса свидетелей судья закрыл дело.