В то время когда Мазепа передался шведскому королю и старался потянуть за собою Малороссию, Петру для спасения целости своего государства нужно было ласкать малоруссов и удержать их в повиновении Русской державе. Карл XII мог быть очень опасен Петру, если бы сумел стать твердо в те выгодные условия, которые независимо от его собственных усилий приготовляла судьба для безрассудного героя. От Малороссии теперь зависел исход всей Северной войны: за кем пойдет этот край – на сторону того будет склоняться перевес. Петр понимал, что важнее всего в те минуты, которые он переживал, было не допустить малоруссов искушаться подущениями Мазепы и обещаниями Карла XII. И вот Петр в своих манифестах припоминает всем малоруссам, что московское правительство до сих пор держало малорусский народ во льготах; царь дает обещание держать его так же и вперед, свято соблюдать те вековые права, с которыми край Малороссийский поступил под власть московских царей. Но миновали опасности, угрожавшие русскому самодержцу. Малоруссы не пошли туда, куда манил их и зазывал их старый гетман; напротив, они заявили полную враждебность к тем иноземцам, которые вступили в их отечество, выставляя себя их призванными освободителями. Полтавская победа сделала Карла надолго не опасным Петру, и Петр тотчас переменил свой тон по отношению к Малороссии.
17 июля 1709 года Скоропадский в местечке Решетиловке подал царю просительные пункты о разных льготах для Малороссийского края и чуть не на все получил отказ. Царь не соглашался, по просьбе Скоропадского, изъять малороссийские войска во время походов от зависимости великорусских полковых воевод и генералов, не возвращал в войсковое достояние взятых у малорусских изменников орудий, не дозволял возобновлять черниговских дворов, не дозволял малоруссам, вопреки домогательству Скоропадского, вести торговые сношения с запорожцами и проч. Скоропадский по поводу разорения, постигшего Малороссийский край в предшествовавшее военное время, испрашивал на несколько лет льгот казакам от служб. Царь соизволил дать им льготу только на одно лето. Гетман доносил Петру, что войсковая казна оскудела и нечем платить жалованье охочим полкам, существовавшим в Малороссии на определенном жалованье, отдельно от тех казачьих полков, на которые, как на области, была разбита страна; гетман ожидал, что царь по своей богатой милости соизволит уделить что-нибудь от своих щедрот на указанные издержки; но государь велел только доставить ему роспись собираемым в Малороссии доходам, с которых надобно было содержать состоявшие на жалованье полки. Вообще в это время новый малороссийский гетман мог уразуметь, что царь тем будет несговорчивее и упорнее, чем далее будет отходить то время, когда Малороссию нужно было ласкать для собственного спасения. Тогда, между прочим, Петр в ответе на просительные пункты малороссийского гетмана выразился, что малорусский народ должен быть признателен за великое благодеяние, оказанное ему защитою против шведов.
После того, в течение последующих лет гетманства Скоропадского мы видим ряд мер, явно клонившихся к наложению на Малороссию одинаковой тягости, какую терпела под железною рукой Петра вся Русская держава. В 1715 году царь сделал изменение в способе поставлення полковых старшин по всем полкам. До того времени выбор их совершался исключительно в своем полку, но Петр нашел, что полковники делали из этого злоупотребления: они не доводили высшему начальству до сведения о совершавшихся выборах, направляли самые выборы в видах собственного корыстолюбия и допускали выбирать лиц, на верность которых престолу трудно было положиться. Петр определил: вперед полковую старшину назначать гетману при участии великорусского чиновника, находившегося постоянно близ гетмана в качестве органа верховного правительства Русской державы в крае, пользующимся преимуществами местного самоуправления. В тот же год Петр стал посылать малороссиян на работы за пределы Малороссии. Возобновляя свой давний проект о соединении Дона с Волгой, Петр приказал выслать из Малороссии несколько тысяч казаков английскому инженеру Джону Перри, заведовавшему канальным делом в Волжско-Донском крае. То были, как говорит пословица, еще только цветики: надобно было ждать ягодок.