Налоговое законодательство тоже не избежало пристального внимания государева ока. Великое множество прямых и косвенных поборов (налоги в XVII веке обозначились словом «тягло») было решительно упразднено; царь провел перепись населения и четко определил, кто, за что и какое должен нести тягло. Отныне вводился единый налог — «стрелецкие деньги и хлеб», причем, что интересно, царь не просто повелевал, а разъяснял подданным, почему все устроено именно так, а не иначе (что, разумеется, тоже было совершенно не в духе времени): «чтобы богатые и полные люди перед бедными в льготе, а бедные перед богатыми в тягости не были». Именно Федор отменил так называемое местничество — предельно архаичный институт, мешавший нормальной организации армии и государственных учреждений. Суть этого замшелого порядка заключалась в том, что знатность рода напрямую связывалась со служебным чином или должностью. А вот молодой царь хотел, чтобы присвоение чинов определялось исключительно личными заслугами претендента. Включив в состав представителей разных сословий и служб выборных офицеров новых полков, Федор Алексеевич без труда добился желаемого, поскольку последние были кровно заинтересованы в получении чинов по заслугам. Интересно, что патриарх и церковь без колебаний поддержали начинание юного государя, несмотря на то что патриарху Иоакиму, венчавшему Федора на царство, европейская образованность и прозападные настроения царя были как нож острый. Старые разрядные местнические книги были торжественно сожжены, а Федор Алексеевич распорядился составить так называемую родословную книгу, содержащую подробную опись боярства и дворянства.
Очень серьезные перемены были затеяны в сфере образования. Прекрасно понимая, что многие беды России произрастают из векового невежества (на Руси, как мы знаем, две печали — дураки и дороги), царь распорядился об открытии на Печатном дворе вольной типографии, свободной от церковной цензуры, которую возглавил уже известный нам Сильвестр Медведев. Его трудами творились вещи, доселе небывалые: впервые в родных пенатах увидели свет переводы латинских авторов, появились светские книги и даже первый научный труд по истории России — «Генеалогия» архимандрита Игнатия Римского-Корсакова (предка великого русского композитора). Медведев, вместе со своим учителем Симеоном Полоцким, разработали проект Славяно-греко-латинской академии, учениками которой могли стать люди любых сословий и возрастов (там, спустя много лет, учился великовозрастный поморский сын Михайло Васильевич Ломоносов). Предприятие было задумано с размахом: науки предполагались как гражданские, так и духовные — грамматика, риторика, пиитика, диалектика, богословие, философия; кроме того, предусматривалось изучение нескольких языков — славянского, греческого, латинского и польского. Этот первый в России университет европейского уровня получал к тому же небывалые для нашей страны вольности и привилегии, совсем не случайно и сам проект так и назывался — «Привилегия». К сожалению, из-за ранней смерти Федора он остался неосуществленным, и потребовалось еще четыре года, чтобы Академия наконец начала работу. Но кое-что Федор Алексеевич все же успел: на собственные средства он основал Славяно-латинское училище — своего рода первую ступень духовно-светского образования.
Военные и внешнеполитические успехи царя Федора тоже трудно переоценить. Хотя российская армия была одной из сильнейших в Европе, а первые «полки иноземного строя» появились еще при Михаиле Федоровиче Романове, деде Федора Алексеевича, по-настоящему боеспособных частей, действующих на постоянной основе, насчитывалось сравнительно немного. Молодой царь озаботился военной реформой всерьез. В годы его правления пехотные полки, организованные по европейскому образцу и находящиеся под командованием иностранных офицеров, а также драгунские и рейтарские части (тяжелая кавалерия в кирасах и шлемах) составляли уже внушительную часть войска. В пограничных регионах были сформированы военные округа со своими штабами, регулярные части отныне подразделялись на тысячные полки, а всем командирам и офицерам присвоены общевойсковые звания. Именно при царе Федоре появился на русской службе никому не известный швейцарец Франц Лефорт, сделавшийся впоследствии любимцем Петра, а полковник (позже — генерал) Патрик Гордон, сыгравший видную роль в реформировании российской армии на европейский манер, начинал служить еще при Алексее Михайловиче.