С другой стороны, уже сам Галилей подозревал, что неоднократно ошибался (относительно комет), особенно в области эксперимента. А не имел доказательств, подтверждающих теорию Коперника, а то единственное, которое привел, оказалось неверным. Святой и мудрый Роберт Беллармино, а вместе с ним другое лицо — достопочтенный кардинал Баронью были согласны придать письму (текст которого совпадал с птолемеевской системой) более метафорический смысл, хотя бы в тех выражениях, противоречащих новым астрономическим гипотезам, однако при условии, что сторонники коперниканской системы будут в состоянии поддерживать ее неопровержимыми доказательствами. Однако такие доказательства можно было представить лишь год спустя.
Ученые такой величины как Джордж Бене считают, что решение Святого Престола о запрещении книги Галилея было не только справедливым, но и полезным с научной точки зрения: «Так же как современный научный журналом отказывается от публикации неточной и лишенной доказательств статьи».
К тому же сам Галилей, кроме правильной интуиции, в некоторых случаях неотчетливо видел отношение между наукой и верой. Не от него, а от кардинала Баронью исходило определение, подтверждающее открытость церковной среды: «Намерением Святого Духа, вдохновившим Библию, является обучение нас тому, как попасть на Небо, а не учение о том, как движется Небо».
Среди вопросов, которые обычно умалчиваются, имеется так же его ошибочное мнение об одном «библейском соглашении», а именно: об известном стихе, говорящем о том, как Иисус Навин остановил Солнце, не объясняя это как метафору, а понимая в буквальном смысле, заявил, что Коперник это «задержание» мог бы объяснить лучше, чем Птолемей.
Галилей, рассматривая вопрос в той же плоскости, как и его судьи, подтверждал, что деление науки на философские, теологические и естественные области было неточным.
Возможно, Церковь казалась консервативной, потому что в свое время была современной, мы только сейчас начинаем понимать это. На самом деле, (несмотря на ошибки, допущенные шестьюдесятью судьями доминиканского трибунала св. Марии на Минерве) может важнее то, что являлось для них фактом: судьи Галилея раз и навсегда определили, что наука никогда не была и не может быть новой религией. Определили, что создание новых Догм построенных на «Умах», а не на Откровении не служило для блага человека и правды. Временные осуждения гелиоцентрической теории (
Спустя три столетия после научного зазнайства, рационалистического терроризма, который хорошо известен, Карл Поппер напоминает нам, что инквизиторы и Галилей, были единомышленниками, хотя казалось иначе. Инквизиторы за истины, не подвергающиеся дискуссии (даже в области естественных наук), считали те, которые были библейского происхождения и традиции в их наиболее буквальном смысле. Но Галилей, а за ним и нескончаемая толпа ученых, рационалистов, людей просвещения и позитивистов, бесспорно принимали авторитет человеческого ума и опыт наших чувств, как новое Откровение.
, сказал (а вопрос этот был сформулирован светским агностиком Карлом Поппером), что разум и опыт, ум и чувство передают нам «истину»? Как проверить, является ли это иллюзией, так как многие считают иллюзорным убеждения, основанные на религиозной вере? Только сейчас — когда оказана большая честь и уважение «научным истинам» — начинаем осознавать, что они не являются неоспоримыми, абсолютными правдами aЭто не аллегорические размышления, а вполне обоснованные факты: пока Коперник и его сторонники (как мы уже знаем многочисленные, среди них имелись кардиналы и не исключено, что даже папы) оставались на уровне гипотез, и никто не являлся оппонентом, Святой Престол не намерен прекращать свободной дискуссии, относительно возникающих научных исследований.