В декабре 1941 года лондонские чешские эмигранты приняли решение устранить Гейдриха. Для выполнения этой миссии были отобраны два чешских унтер-офицера – Жан Кубис и Иосиф Габчик. Сразу же после окончания рождественских праздников оба они на британском самолете были доставлены в протекторат и сброшены там на парашютах. Кубис и Габчик прошли обучение в шпионской школе в Манчестере, подготовку по подрывному делу и организации саботажа в спецлагере в Северной Шотландии. Полнейший инструктаж они получили на вилле Пеллесис под Доркингом.
Террористический акт запланировали провести на дороге, по которой Гейдрих ездил ежедневно из своей летней резиденции в Брешани в расположенную неподалеку Прагу. Для совершения акта возмездия избрали крутой поворот на шоссе Дрезден – Прага перед мостом Троя. Автомашина Гейдриха, ездившего без дополнительной охраны, на этом повороте обычно притормаживала. Тут-то и должны были выступить Кубис с Габчиком, к которым присоединились еще два человека. Все четверо имели автоматы и ручные гранаты, спрятанные под дождевиками. В качестве дозорного выставили некоего Валчика, находившегося в 270 метрах от поворота. Он должен был свистком предупредить заговорщиков о приближении машины Гейдриха.
Утром 27 мая 1942 года в свое обычное время, в 8:30, зеленый кабриолет протектора, однако, не появился. Прошел целый час, и террористы занервничали. Но вот раздался обусловленный свист. Расстегнув дождевик, Габчик выхватил автомат и вышел на обочину шоссе. В показавшемся «мерседесе» он отчетливо разглядел бледное лицо Гейдриха и голову его водителя Кляйна.
Габчик нажал на спусковой крючок, но выстрелов не последовало. Перезарядив автомат, он прицелился еще раз, но автомат опять не сработал. Дико закричав, стоявший за ним Кубис достал ручную гранату и швырнул ее в автомашину. Она разорвалась у багажника.
Гейдрих, видимо, не задетый взрывом, выскочил из машины, что-то буркнув шоферу. Заметив Габчика, Гейдрих успел вытащить из кобуры свой револьвер. Издавая громкие крики, он стал стрелять по убегающим подпольщикам. Гейдрих едва не догнал Кубиса, но тот, скрывшись за проезжавшим трамваем, прыгнул на стоявший наготове велосипед и умчался. Тогда протектор обратился ко второму террористу. Габчик, бросив отказавший автомат, выхватил револьвер и, убегая, стал отстреливаться, используя каждое укрытие.
Поскольку у Гейдриха кончились патроны, он швырнул пистолет на землю и прекратил преследование. Габчику удалось скрыться.
Но взрыв все же не минул заместителя протектора. Он был ранен металлическими осколками от машины и фрагментами пружин от сидений, которые попали ему между ребрами и даже в грудобрюшную преграду. Кусочки ваты проникли в селезенку. Спасти Гейдриха врачи уже не смогли, и он скончался 4 июня 1942 года. Все, что от него осталось, была посмертная маска – символ эсэсовского макиавеллизма. Комиссар уголовной полиции Бернхард Венер, вызванный для расследования покушения в Прагу, увидел ее первым и сказал позже: «В ней скрывались обманчивые черты неземной одухотворенности и превратившейся в тлен красоты».
Лондон добился желаемого. По Богемии и Моравии прокатилась волна террора. 10 000 чехов были арестованы, не менее 1300 расстреляны, а деревня Лидице, находившаяся неподалеку от Праги, сровнена с землею за то, что ее жители будто бы оказали помощь террористам. Благодаря случайности сами террористы тоже попали в руки гестапо.
Британский лейборист Рональд Паджет после войны отмечал, что партизаны довольно часто провоцировали репрессии со стороны оккупантов, чтобы вызвать ненависть к ним населения и вовлечь новых людей в ряды движения Сопротивления.
Последователем оккупационной политики Гейдриха стал, по иронии судьбы, человек, которого тот недолюбливал, – Вернер Бест, группенфюрер СС, один из основателей аппарата гестапо, назначенный в августе 1942 года министериальди-ректором министерства иностранных дел рейха.
Для решения кризиса, возникшего между Данией и третьим рейхом, Бест в конце 1942 года был направлен в Копенгаген. Несмотря на оккупацию, Дания продолжала сохранять свои конституционные институты. По какой-то причине Гитлер почувствовал себя оскорбленным датским королевским домом и правительством и, воспользовавшись случаем, пожелал поставить на решающие правительственные посты датских национал-социалистов. Осенью он прервал отношения с королевским домом и отозвал имперского особо уполномоченного и командующего немецкими войсками в Дании. Диктатор, назначив нового имперского представителя, планировал добиться отставки датского правительства и включения в состав нового кабинета министров национал-социалистов.