Гусейнов действовал самоуверенно: по-видимому, он уже готовился к захвату власти. Правительственные делегации, прибывавшие к нему на переговоры, вели себя скорее как просители, а не официальные лица. Побывавший тогда в Гяндже Томас Гольц нашел на территории военной базы зримое объяснение самонадеянности Гусейнова: ему досталось все вооружение российской 104-й воздушно-десантной дивизии, покинувшей Гянджу всего лишь десять дней назад. Не встретив никакого сопротивления со стороны растерянной власти, Гусейнов двинулся "маршем" на столицу Азербайджана (35).
Правительство Народного фронта в отчаянье обратилось за помощью к Гейдару Алиеву, призвав его вернуться из Нахичевани в Баку. Это было, как заметил Гольц, все равно, что "пригласить крокодила в загон для коз". В стремительной круговерти дальнейших событий Эльчибей лишился власти, а Алиев вместо него занял президентское кресло.
Сначала, 15 июня, Алиев сменил Ису Гамбара на посту спикера парламента. Через три дня, в то время как мятежные части под командованием Гусейнова продолжали двигаться на Баку, Эльчибей вернулся к себе на родину в Нахичевань. 24 июня парламент наделил Алиева чрезвычайными президентскими полномочиями: шаг, предложенный вечным оппозиционером Этибаром Мамедовым. 30 июня Алиев назначил Гусейнова – уже не мятежника – новым премьер-министром Азербайджана. Он также разорвал несколько контрактов, подписанных Эльчибеем в начале июня с рядом западных нефтяных компаний. Спустя два месяца, 28 августа, Алиев прибегнул к общенациональному референдуму чтобы вынести Эльчибею всенародный вотум недоверия. Тем самым он расчистил себе путь к победе на президентских выборах 3 октября.
Смена правящего режима осуществлялась быстро и жестко. Многие наблюдатели полагали, что Алиев действовал вместе с Гусейновым, чтобы сбросить правительство Народного фронта и захватить власть. Однако последующие события доказали, что Гусейнов и Алиев стали союзниками лишь в силу обстоятельств. Второй мятеж в другой части страны свидетельствовует, что был задуман иной сценарий развития событий. Вскоре после мятежа Гусейнова командир Аликрам Гумбатов поднял сепаратистский мятеж в Ленкоранском районе на юге Азербайджана и провозгласил новую "Талыш-Муганскую республику". Гумбатов, заручившись поддержкой бывшего министра обороны Рагима Газиева, присягнул на верность бывшему азербайджанскому президенту Аязу Муталибову. Этот мятеж, почти бескровно подавленный в августе, по-видимому, был, подобно мятежу Гусейнова в Гяндже, составной частью крупной политической интриги.
Можно предположить, что Гусейнов, при поддержке своих друзей среди российских военных, в действительности планировал вернуть к власти Муталибова, но его план был сорван неожиданно возникшим альянсом между Алиевым и азербайджанским парламентом.
Армяне безжалостно воспользовались разразившимся в Баку политическим кризисом, из-за которого карабахский фронт оказался почти беззащитен. Вскоре после мятежа Гусейнова было предпринято наступление на Агдам. 27 июня армяне вновь овладели городом Мардакерт и большей частью территории северного Карабаха, сильно пострадавшей и разоренной в ходе вооруженного конфликта. 23 июля, почти не встречая сопротивления, они заняли имеющий важнейшее стратегическое значение город Агдам. Спустя месяц, армянские войска двинулись на юг и захватили Физули и Джебраил. В конечном итоге за четыре месяца боев, пока в Баку происходила смена власти, азербайджанцы утратили пять районов, а также всю северную часть Нагорного Карабаха. Азербайджан лишился территории общей площадью около 5 тыс. кв. км.
Каждое свое наступление армяне упреждали пропагандистской кампанией, настаивая, что действуют в целях самообороны против хорошо вооруженного противника. В действительности же в большинстве случаев они входили в обезлюдевшие города и деревни уже после того, как азербайджанцы их покидали. Один очевидец язвительно назвал это "военным туризмом". Вспоминает Габиль Ахмедов, житель одной из деревень Физулинского района:
"Наши солдаты не защищали нашу землю. Армяне просто занимали оставленные ими позиции. 18 августа армяне за три или четыре часа продвинулись на двадцать километров. Ленкоранская бригада ничего не делала. Они просто собрали свое оружие, гранатометы и ушли. У нас равнинный район, воевать там легко, но солдаты сразу оставили нашу деревню, а последними ушли мирные жители" (36).
Эта наступательная операция вызвала один из самых массовых в Европе со времен второй мировой войны исход беженцев. Около 350 тысяч человек лишились крова. Томас Гольц стал свидетелем этой человеческой трагедии: