Спор достиг апогея в новом 1998 году. 7-8 января Гукасян посетил заседание Совета Безопасности Армении, на котором Кочарян, а также министры внутренних дел Серж Саркисян и обороны Вазген Саркисян, высказались против плана Минской группы. Правящая партия начала распадаться. Министр иностранных дел был вынужден подать в отставку. Столкнувшись с возможным "дворцовым переворотом", который готовы были совершить его ближайшие сподвижники, Тер-Петросян решил покориться неизбежности и 3 февраля 1998 года объявил о своей отставке.
Тер-Петросян стал третьим президентом, вслед за Аязом Муталибовым и Абульфазом Эльчибеем в Азербайджане, лишившимся своего поста из-за – полностью или частично – карабахского конфликта. В случае Тер-Петросяна легитимность его президентства была подорвана фальсификацией результатов выборов 1996 года. Он, казалось, самоустранился, и в результате утратил авторитет, необходимый для мобилизации общественного мнения в пользу мирного плана. Но самое главное, Тер-Петросян недооценил влияние в своей администрации "карабахской партии", лидером которой теперь был Роберт Кочарян, человек, которого он сам же и привел в Ереван. Между президентом, представителем ереванской интеллигенции, строившим свою политическую карьеру на идеях независимости и экономического процветания Армении, и теми, кто сражался в войне за Нагорный Карабах, разверзлась пропасть. Серж Саркисян объясняет точку зрения оппозиционеров в резкой форме:
"Думаете, нам не надоела война? Что, мы не хотели жить и развиваться в мире?ї Но мы действительно не могли пойти на эти уступки. Я понимаю, что Левон нес за все это ответственность. Я понимаю, что он был президентом. Но мы непосредственно вели людей в бой. Я потерял почти всех своих друзей. Почти всех. У меня погиб племянник. Он пошел на войну вместе с отцом, когда ему было восемнадцать" (9).
Холодный мир
В 1998 году, после отставки Тер-Петросяна, в отношениях между Арменией и Азербайджаном наступила новая фаза – холодного мира. Отсутствие диалога между странами отражало растущую поляризацию отношений между Россией и Западом. Альянс Армении и России оставался прочным, а Азербайджан укреплял свои связи с Соединенными Штатами и подписал договор о военном сотрудничестве с Турцией. Российские войска оставались в Армении, и казалось, что противоборствующие стороны не очень-то стремятся к мирному урегулированию карабахского конфликта. В 1995 году Армения согласилась сохранить российскую военную базу в Гюмри еще на двадцать пять лет. Вслед за этим, в 1997 году, между двумя странами в было заключено всестороннее соглашение "О дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи".
Однако позиция России тоже менялась, и российские военные уже не обладали монополией на проведение политики на Кавказе. Летом 1996 года Ельцин начал свой хаотичный второй президентский срок с увольнения министра обороны Павла Грачева, занимавшего этот пост продолжительное время, тем самым положив конец карьере лидера российских сторонников интервенции на Кавказе.
Месяц спустя новый министр иностранных дел России Евгений Примаков снял Владимира Казимирова с поста официального представителя Москвы в Карабахе и отправил его послом в Коста-Рику. Примаков значительно больше интересовался Кавказом, чем его предшественник Андрей Козырев. Он, очевидно, надеялся победить прозападные настроения в регионе, но хотел сделать это скорее дипломатическими, нежели военными методами. Третья группа российских игроков, нефтяные компании, включая "Лукойл", вынашивала планы получения как можно большей доли в проектах добычи азербайджанской нефти в Каспийском море.
30 марта 1998 года Роберт Кочарян был избран президентом Армении, тем самым закрепив приход к власти в стране "карабахской партии". Его победа на выборах далась труднее, чем ожидалось. Он лишь с небольшим преимуществом победил своего, неожиданно оказавшегося сильным, соперника – бывшего первого секретаря ЦК Коммунистической партии Армении Карена Демирчяна. После своей отставки в 1988 году Демирчян десять лет держался в тени, пока не решил баллотироваться на пост президента. Армяне с теплотой вспоминали 1970-е годы, когда он занимал высший партийный пост.
Во время предвыборной кампании бывший партийный лидер республики обнаружил достойный Рональда Рейгана талант говорить мало, но с большим обаянием. Показательно и то, что он редко упоминал Нагорный Карабах, делая акцент на внутренних проблемах страны. Несмотря на это, очевидные преимущества Кочаряна (он был действующим главой государства, продолжал пользоваться популярностью, его поддерживали государственные средства массовой информации, кроме того на избирательных участках, как утверждалось, были случаи подтасовок в его пользу) обеспечили ему победу.