Повидимому, уже начиная со второй половины 1861 года, царское правительство готовилось в самом недалеком будущем «обезвредить» Чернышевского. Опасаясь, что он, разгадав этот план, покинет пределы России, министр внутренних дел Валуев отдал секретное распоряжение всем губернаторам о невыдаче Чернышевскому заграничного паспорта. Третье отделение продолжало вести систематическую слежку за квартирой писателя. В агентурных донесениях перечислялись имена и фамилии всех посетителей его квартиры с указанием рода их занятий: в таком-то часу, такого-то числа у Чернышевского были такие-то студенты, такой-то литератор, такой-то офицер…
Сто тринадцать подобных донесений, отмечавших, кто посещал Чернышевского и куда он отлучался сам, накопилось с осени 1861 года до дня его ареста. Не довольствуясь «наружным наблюдением», полиция позаботилась и о «внутреннем». В один из декабрьских дней подкупленная служанка Чернышевских доставила в Третье отделение бумаги, отданные ей Николаем Гавриловичем для сожжения.
В доносах, направляемых в Третье отделение, ярые крепостники требовали скорейшей расправы с вождем освободительного движения: «…ежели вы не удалите его, то быть беде, – будет кровь, – ему нет места в России – везде он опасен… скорее отнимите у него возможность действовать… Избавьте нас от Чернышевского – ради общего спокойствия», – взывали к полиции враги великого демократа.
Самому Чернышевскому они направляли анонимные письма, полные угроз и оскорблений.
Травля Чернышевского реакционной печатью, также носившая характер доносов, достигла в это время апогея. В одной из статей «Современника» отмечалось, что особенно ревностно этим делом была занята газета «Северная пчела», предполагавшая даже учредить раздел под названием
Доклад шефа жандармов Долгорукова о внутреннем состоянии России в 1861–1862 годах, представленный Александру II в апреле 1862 года, заканчивался предложением произвести одновременно строжайший обыск у пятидесяти лиц, среди которых на первом месте значилось имя Чернышевского с такою характеристикой: «Подозревается в составлении воззвания «Великорусс», в участии составления прочих воззваний и в постоянном возбуждении враждебных чувств к правительству».
Далее в этом проскрипционном списке стояли имена близких к Чернышевскому лиц: подполковника Н. Шелгунова, подполковника Н. Обручева, братьев Серно-Соловьевичей, доктора П. Бокова, литераторов Г. Елисеева, М. Антоновича и других. В характеристиках, данных этим лицам, подчеркивались их «преступные сношения с Чернышевским».
14 декабря 1861 года на Сытной площади в Петербурге Михайлову был публично объявлен судебный приговор, по которому он ссылался на двенадцать с половиной лет на каторжные работы в Сибирь. День этот, конечно, был выбран мстительными палачами с явным умыслом: ведь прокламация Михайлова «К молодому поколению» заканчивалась призывом, в котором он напомнил русским революционерам об этой славной дате: «Готовьтесь сами к той роли, какую вам придется играть… ищите вожаков, способных я готовых на все, и да ведут их и вас на великое дело, а если нужно, и на славную смерть за спасение отчизны, тени мучеников
И вот в шестом часу утра 14 декабря Михайлова, обритого по-арестантски и закованного в кандалы, повезли в «позорной» колеснице на Сытную площадь, чтобы совершить там над ним издевательский обряд «гражданской казни». Одетый в серую арестантскую шинель, Михайлов сидел в повозке спиною к кучеру. Повозку сопровождали три взвода верховых казаков.
По прибытии на площадь Михайлова повели на эшафот и при барабанном бое военного наряда поставили на колени. Один из чиновников прочитал ему приговор, после чего палач переломил над его головой заранее подпиленную шпагу. Было еще темно, и потому площадь почти пустовала, только уже к концу казни стал собираться народ. Чиновник читал приговор так тихо и невнятно, что никто даже не расслышал фамилии казнимого. В толпе шли толки, что казнят какого-то генерала, но за что – неизвестно, говорили также, что он хотел сменить царя и всех министров. Михайлов был спокоен, но бледен, и во все время не произнес ни слова. Ни друзья Михайлова, ни студенческая молодежь не знали о назначенной казни и потому отсутствовали. Опасаясь демонстраций со стороны студентов, власти опубликовали сообщение о предстоящей церемонии только в самый день казни.
Близким друзьям Михайлова дано было разрешение проститься с ним перед отправлением его в Сибирь, которое должно было состояться вечером 14 же декабря. Некрасов, Шелгуновы, Чернышевский, Ольга Сократовна и другие посетили его в крепости.
Вскоре был отправлен на каторгу и другой сотрудник «Современника» – Владимир Обручев, обвиненный в распространении нелегального листка «Великорусе».