Так оно и было. Всё по воле Ивана Грозного в одночасье закружилось в чёрном вихре вокруг митрополита. Скорым часом со многих мест державы стянули в Москву свидетелей-клевретов, готовых обвинить Филиппа в законопреступлениях. Привезли из Соловецкого монастыря игумена Паисия, пастыря честного, но поражённого страхом, вынуждающим его говорить какую угодно «правду» во благо царя. Из Суздаля-опричного позвали епископа Пафнутия, ему поручили быть главою судного дела. Рядом с ним в помощь поставили корыстного архимандрита Андрониевского монастыря Феодосия. В судную комиссию вошёл опричник князь Василий Темкин-Ростовский, известный тем, что оговорил перед царём многих своих сродников, а когда их казнили, половину имущества забрал себе, остальное сдал в государеву казну.
Пока судные люди собирали против митрополита разные улики, велением Ивана Грозного его отлучили от церковного престола и заточили в Богоявленский монастырь, что стоял в Китай-городе за Ветошным рядом.
Опричники во главе с Василием Грязным пришли в палаты митрополита ночью, стащили его с постели и хотели увести в исподнем. Однако он нашёл в себе силы сказать Грязному такие слова, от коих тому стало страшно и он разрешил Филиппу надеть святительские одежды.
— Не кляни мой род, владыка, не клади на меня проклятие! — взмолился боярин Василий Грязной. — Я слуга подневольный, клятвой повязанный, и тебе служил бы, будь ты ноне у власти. А священные одежды, что ж, надевай.
Как только митрополит оделся, его повели под стражей из палат на Соборную площадь. Там стоял крытый возок. Филиппа усадили в него и погнали коней из Кремля.
Митрополит Филипп, пребывая в Богоявленском монастыре, не сложил сан, как сие сделал некогда митрополит Афанасий. Он потребовал прислать к нему конюшего Алексея Басманова. Для того это была полная неожиданность, и Алексей отказался посетить опального митрополита. Он нашёл Ивана Грозного на псарне и попросил:
— Государь-батюшка, не неволь меня идти к митрополиту. Не умею я с ним разговаривать.
— Так и мне трудно с ним речи вести. Но коль нужно, коль просит тебя, — царь смотрел на Басманова хитрыми глазами, — коль просит конюшего Басманова, так тебе должно идти.
Вынужденный исполнить волю монарха, Алексей Басманов явился в монастырь, терзаясь совестью, вошёл в смрадную клеть и застыл близ двери не поднимая головы. Филипп сидел у поставца, читал Евангелие. Спросил Алексея:
— Когда же мы с тобой встретились впервые, сын Данилов?
Алексей посмотрел на Филиппа, как показалось митрополиту, осмысленно, ибо на сей раз не был хмелен. Но признаться, что они познакомились и прониклись друг к другу дружбой сорок с лишним лет назад, у Алексея, отважного воеводы и наглого опричника, не хватило сил. Знал он, что это потянет за собой другие воспоминания и, торопясь вспомнить всё былое, они дойдут до того часа, когда спасали один другого в пламени сеч, когда делились сокровенными тайнами любви к своим несравненным семеюшкам. И когда, наконец, они дойдут в воспоминаниях до часа, прервавшего их светлую дружбу и ввергнувшего его, Алексея, в бездну зла, насилия, беззакония и отрицания всего святого, тогда он не выдержит пыток и, не приведи Господи, ринется на «обидчика», разбудившего в нём ласкового и одновременно свирепого зверя, и никому не ведомо, чем это завершится. И Алексей, стиснув зубы, молчал. Он ещё не стоял на берегу реки Небытия у брода, не знал ещё, что, вступив в неё и одолев, он очистит свою душу от грехов и преступлений. Но путь к покаянию ему был открыт. Алексей видел это по глазам владыки. Однако уста грешника были крепко запечатаны, замкнуты окаянною клятвой. И Алексей не выдержал вопрошающего взгляда митрополита, со звоном дерзости спросил:
— Что тебе надобно от меня, владыка?
— Ты ведаешь, сын Данилов, сие лучше, чем я. Да не будешь принуждён к покаянию силой. Грядёт час, ты скоро осознаешь это и придёшь к стопам Всевышнего.
— Поживём — увидим, — вновь с вызовом сказал Алексей.
— В это я верю: увидишь. Да не пожелаю врагу своему того, что ты узришь. И скоро, очень скоро, ещё вешнее солнце будет стоять за окоёмом.
— Не вещай, владыка, осержусь. И не лезь в мою душу.
— Больше ни слова. Но веру мою в твоё очищение ты не порушишь.
— Господи, да говори же наконец, зачем звал! — закричал Басманов.
— Передай государю, что я требую созыва Земского собора. Им ставлен на трон, ему и панагию сложу. — И Филипп осенил крестным знамением Басманова. — Иди с Богом, Алёша.
Басманов хотел отмахнуться от Филиппа и его крестного знамения, по рука не поднялась. Он хотел покинуть клеть, но ноги не слушались. С великим трудом он сделал шаг и привалился к стене. Всегда полный сил, он не мог понять, что с ним случилось. И до него дошло, что самому ему не выбраться из клети. Мелькнула мысль, что это проделка Филиппа, что он не священнослужитель, а колдун. Этой мысли он возрадовался: то-то будет чем поделиться с государем! И уж тогда наверняка Филиппа Колычева сожгут за колдовство на костре. «Болото», где жгут колдунов, оно тут рядом, за монастырём.