На протяжении всего XX века расшифровка «Сокровенного сказания» оставалась в Монголии смертельно опасным занятием. Коммунистический режим не позволял простым людям и ученым работать с этой книгой, опасаясь, что ее устарелый, ненаучный и антисоциалистический дух может создать у них неверные политические представления. Тем не менее, вокруг «Сокровенного сказания» выросло целое подпольное движение ученых. В кочевых лагерях в степи весть об обнаружении «Сокровенного сказания» передавалась из уст в уста, от костра к костру. Наконец, у них появилась история, которая была рассказана с монгольской точки зрения. Монголы были больше, чем дикие варвары, которые изводили окружающие цивилизованные народы. Для монгольских кочевников откровения «Сокровенного сказания» казались исходящими от самого Чингисхана, который вернулся к своему народу, чтобы принести надежду и силу духа. После более чем семи веков молчания, они вновь смогли услышать его слова.
Вопреки репрессиям, проводившимся официальным коммунистическим режимом, монгольский народ был решительно настроен не потерять эти слова вновь. На краткое время либерализация политической жизни, последовавшая за смертью Сталина в 1953 и принятием Монголии в ООН в 1961 году, придала монголам сил, и они обратились к новому открытию своей истории. В 1962 году был даже подготовлен небольшой тираж марок к восьмисотлетию Чингисхана. Томор-Очир, второй человек в правительстве, разрешил создание бетонного памятника на месте рождения Чингисхана неподалеку от реки Онон, также он профинансировал проведение научной конференции, целью которой была оценка позитивных и негативных аспектов исторического пути монгольской империи. На марках и на наброске памятника было изображено пропавшее сульдэ Чингисхана, Духовное Знамя, под которым он совершал свои великие завоевания и в котором нашла вечное упокоение его душа.
По прошествии восьми веков сульдэ имело такое значение для монголов и некоторых завоеванных ими народов, что русские оценили сам факт его изображения как опасный знак националистической реакции и потенциальной агрессии. Советы отреагировали с иррациональной яростью, вызванной страхом, что их государство-сателлит может попытаться пойти собственным путем или, хуже того, перейти на сторону другого большого соседа Монголии, Китая, бывшего союзника СССР, который превратился во опасного врага. В Монголии коммунистический режим уничтожил марки и расправился с учеными. За преступное отклонение от линии «в форме проявления тенденций направленных на идеализацию образа Чингисхана» Томор-Очир был отстранен от власти и отправлен во внутреннюю ссылку. Затем его просто зарубили топором.
Очистив ряды партии, коммунисты сосредоточили внимание на монгольских ученых, которых заклеймили как «китайских шпионов, саботажников, антипартийных элементов и паразитов». Вскоре была проведена кампания по борьбе с национализмом. Археолога Пэрлээ бросили в тюрьму, где содержали в бесчеловечных условиях, только за то, что он был учителем Томор-Очира, а также за тайные исследования в области истории монгольской империи. Учителя, историки, художники, поэты и певцы оказывались в серьезной опасности, если только оказывались как-то связаны с историей времен Чингисхана. Власти тайно казнили некоторых из них. Другие ученые были уволены с работы, изгнаны вместе с семьями из своих домов и вынуждены скитаться в условиях жестокого монгольского климата. Им отказывали в медицинской помощи, и многих отправили во внутреннюю ссылку в разные концы Монголии.
Во время этой чистки Духовное Знамя Чингисхана окончательно исчезло. Возможно, его уничтожили Советы — в наказание монгольскому народу. Но, несмотря на жестокие репрессии, а может быть, именно, благодаря ним, многие монгольские ученые занялись независимыми исследованиями «Сокровенного сказания». Рискуя жизнью, они пытались получить истинное представление о своем искаженном и забытом прошлом.