В то же время и в христианских, и в мусульманских странах религиозная нетерпимость становится государственной политикой. Католическая церковь, огорченная неудачными попытками завоевать Святую Землю и расшириться в Восточную Европу, начала преследовать религиозное инакомыслие и у себя дома. В 1255 году церковь официально санкционировала применение пыток к людям, подозреваемым в ереси, и священники, в основном монахи-доминиканцы, начали путешествовать из города в город, искать и пытать подозреваемых. До этого времени пытки, разумеется, применялись, но только в отношении преступников, предателей и военнопленных, и священники не применяли их в религиозных целях.
Через несколько дней после дебатов в Каракоруме Мункэ-хан вызвал к себе Рубрука и отпустил его домой. Воспользовавшись случаем, он также объяснил Рубруку, а через него и европейским правителям, что сам он не был последователем какой-то конкретной религии. Хан рассказал монаху о монгольских верованиях, о терпимости и доброте: «Мы, монголы, веруем в единого Бога, Которым мы живы и Которым мы умираем, и к Нему направлена сила наших сердец». Затем он сказал: «Бог дал людям разные пути, как рукам — разные пальцы. Вам, христианам, он дал ваше Священное Писание, а вы ему не следуете». Доказательством тому, по его словам, служит тот факт, что христиане охотно поставили деньги выше справедливости. Хан пояснил, что монголам Бог дал не Писания, а святых людей — их шаманов. В повседневной жизни «мы делаем то, что велят они, и живем в мире» друг с другом.
Мункэ-хан послал письмо королю Франции Людовику IX. Оно гласило: На небе есть только один Вечный Бог, а на земле есть только один повелитель — Чингисхан, Сын Божий, и его потомки, правящие Монгольской империей. Не считая подобных высказываний мессианского толка, добавленных после смерти Чингисхана, основной смысл письма в точности повторял сказанное основателем Монгольской империи. Как только все люди подчинятся власти монголов, тогда «властью Вечного Бога весь мир от восхода до заката станет полон радости и мира». Но Мункэ предупредил французского короля и остальных христиан, что «если, узнав Божий указ, вы не внемлете ему, говоря «Наш край далеко, наши горы высоки, наш океан широк», и, уверенные в этом, приведете к нам войско, мы знаем, что мы сможем сделать».
Несмотря на их богословскую беседу, Рубрук интересовал Мункэ в первую очередь, с точки зрения коммерции и дипломатии, а не религии. Во время правления Мункэ вся мощь государства направлялась на задачи, которые оставались невыполненными еще с времен Чингисхана — на завоевание династии Сун и арабских государств Ближнего Востока. Чтобы лучше контролировать империю, Мункэ приказал провести несколько переписей населения. Таким образом, он точно узнал количество людей и животных, садов, ферм и другого имущества в империи. Чиновники на местах переправляли в Каракорум сведения в больших книгах, снабжая Мункэ подробным демографическим и экономическим описанием его огромного царства. Он использовал эту информацию для планирования дальнейших действий, сбора налогов и набора рабочих и солдат. Его централизованный контроль над информацией дал ему большую власть над регионами страны и больший контроль над местными чиновниками.
Чтобы продолжить завоевания, Мункэ было необходимо стабилизировать экономику, взять под контроль правительственные расходы и расплатиться огромными долгами, которые накопились за последние десять лет. За время своего короткого и разрушительного правления Гуюк приобрел значительное количество различных товаров, за которые расплачивался бумажными облигациями, которые по его уверениям можно было обменять на золото и серебро у любого купца в империи. После смерти Гуюка многие чиновники и наместники на местах отказались делать выплаты по обязательствам покойного хана. Тем не менее, Мункэ прекрасно отдавал себе отчет в том, что такая политика сильно уменьшит желание иноземных торговцев иметь дело с монголами. Решение хана Мункэ выплачивать долги предшественника заставило Джувайни в изумлении спрашивать: «И в какой только летописи можно было найти такое… чтобы царь платил долги другого царя?»
В торговом мире, который еще не привык к хождению бумажных денег, Мункэ проявил удивительную проницательность, понимая необходимость поддерживать веру в честность и надежность денежной системы. Чингисхан разрешил выдачу бумажных облигаций обеспеченных драгоценными металлами и шелком незадолго до своей смерти в 1227 году. Эта практика многократно возросла в последующие годы, поэтому ко времени правления хана Мункэ было необходимо ограничить выпуск бумажных денег. Мункэ понимал опасность, которую создал бесконтрольный массовый выпуск бумажных облигаций прежними правителями, и в 1253 создал Управление денежных дел, чтобы взять под контроль и стандартизировать выдачу новых бумажных облигаций. Начальник Управления централизовал контроль над денежной системой, чтобы предотвратить перевыпуск бумажных денег, который привел бы к инфляции их стоимости.