По мнению Фрейда, живопись Леонардо носит отпечаток его интенсивных ранних отношений с матерью, о которых свидетельствует, например, загадочная улыбка Джоконды,
иногда называемая «леонардовской улыбкой». Что касается картины, изображающей Деву Марию, младенца Иисуса и св. Анну, Фрейд видит в ней воплощение двух матерей, которые были у Леонардо, т. е. его настоящей матери – Каталины, растившей ребенка в первые годы жизни, и молодой жены отца, которая воспитывала его в дальнейшем. Именно на этой картине О. Пфистер в 1913 г. обнаружил изображение грифа на одежде Марии, которое интерпретировал как «картинку-загадку» (n. 1, p. 211 [141], fig. 2, p. 213 [142]). Но Фрейд не забывает и об отце: так, он указывает на идентификацию Леонардо с отцом, например, в том, что Леонардо не беспокоился о дальнейшей судьбе своих работ, как его отец, согласно бывшим в распоряжении Фрейда биографическим источникам, не был обеспокоен судьбой сына. С другой стороны, Фрейд видит в смелости и независимости исследователя следствие того, что Леонардо был вынужден рано обходиться без отцовской поддержки, а также проявление бунта против отца и авторитета вообще, в частности против догматического учения церкви.