Обилие частных церквей обедняло приходское духовенство; притом не все, имевшие свои церкви, были в состоянии прилично содержать при них священника и прибегали к найму священников на площадях (крестцах), что представляло соблазнительное зрелище. Новоучрежденный Сенат в соединении с церковным собором придумал меры для поднятия нравственного и материального благосостояния белого духовенства: не ставить в дьяконы моложе 30 лет; не посвящать лишних; не верить тем, которые придут проситься на место под предлогом, что священник, его занимающий, болен или стар; в бедные приходы дьяконов не посвящать; заручные челобитные осторожно рассматривать, не ложные ли; поповские старосты должны были допрашивать крестьян, хотят ли они иметь просителя своим священником или дьяконом. В 1718 году было постановлено, чтоб священники своих домов не имели, ибо отягощались их покупкой, жили бы в домах, купленных на сборные церковные деньги, для чего быть у всякой церкви старостам, которые сдают дома священникам и вновь строят на церковные деньги. После эта мера была распространена на дьяконов и причетников. Запретили строить новые церкви без указа; запрещено иметь домовые церкви, а кто хочет иметь, должен содержать священника и, кроме того, должен давать равное содержание и приходскому духовенству. Последние меры были положены уже при новом церковном управлении: в 1721 году Петр объявил, что, восприяв попечение о исправлении чина духовного, не видит лучшего к тому способа, кроме соборного правительства, вследствие чего и учреждалась духовная коллегия (Синод), вместе с тем заведование церковных имений взято было из светских рук в монастырском приказе и отдано Синоду. Сенат и Синод нередко собирались вместе для совещаний; иногда при этих общих заседаниях присутствовал и государь. В одном из этих заседаний было постановлено: родителей жениха и невесты приводить к присяге, что брак заключается по согласию их детей. Тут же поставлен был вопрос о мерах, какие должно было принять против притеснения православных в польских областях, и Петр отвечал, что надобно сделать уже известное нам распоряжение, послать комиссара. Главными обязанностями новоучрежденного Синода были: устройство духовенства, преимущественно черного, противодействие расколу, преследование суеверий и распространение религиознонравственного просвещения в народе. После долгих дум относительно монашества Петр определил для него две цели: 1) служить страждущему человечеству; 2) образование из себя просвещенных властей церковных; мужские монастыри становятся инвалидными домами; монахини также должны служить престарелым и больным своего пола, кроме того, заниматься воспитанием сирот, для какой цели отделяется несколько монастырей, в других монахини занимаются рукоделием, а монахи – хлебопашеством.