В связи с угрозой воздушных налетов нарком ВМФ приказал с 27 по 29 июня вывести из Кольского залива в Белое море суда гражданских ведомств. Северный флот был не в состоянии обеспечить их охрану, поэтому более 100 судов, траулеров и мотоботов пошли в Белое море самостоятельно. Немецкая и финская авиация не противодействовали переходу, и все суда успешно пришли в Архангельск.
Однако Государственный Комитет Обороны СССР и наркомат ВМФ перед командованием Северного и Тихоокеанского флотов не сразу поставили конкретные задачи по организации обороны арктических районов Севморпути. Только осенью 1941 года на берегах Новой Земли установили: по четыре 76-мм орудия у западных входов в проливы Югорский Шар и Маточкин Шар, одно 76-мм (без боезапаса) и одно 37-мм орудия на северном мысе Желания. Для защиты порта Диксон и основных угольных складов западного сектора Севморпути сюда доставили 3 полубатареи из шести 45-152-мм орудий. Но и эти оборонительные действия явно запоздали: для их надлежащего выполнения требовались свободные ресурсы и время, а их не было – наступила арктическая зима.
Было нечем срочно пополнить состав флота – ведь на строительство боевых кораблей требуются годы. Поэтому уже 22 июня началась массовая мобилизация судов рыбопромыслового флота. До середины сентября за счет призванных на военную службу гражданских судов Северный флот получил 27 сторожевых кораблей, 53 тральщика, 50 сторожевых катеров, 4 минных и 1 сетевой заградитель, 3 плавбазы, 3 брандвахтенных и 5 посыльных судов. Капитаны рыбопромысловых судов превращались в командиров боевых тральщиков и сторожевых кораблей, штурманы и механики – в командиров БЧ-1 и БЧ-5, а экипажи – в краснофлотцев. Все вновь назначенные командиры были отличными специалистами мирного, рыбацкого, но не военно-морского дела, и набираться военных знаний им пришлось уже в боевой обстановке.
Вооружение новых кораблей Северного флота (бывших гражданских судов) было недостаточным и во многом устаревшим (например, 75-мм пушки «Линдер», которые использовались еще в Первой мировой войне, зенитные пулеметы М-1 – станковые «максимы» времен Гражданской войны). Малые глубинные бомбы новых «охотников» были эффективны только при взрыве рядом с корпусом подлодки, но для этого в нее еще надо было попасть! А на борту не было даже элементарного гидролокатора или шумопеленгатора. Кроме того, «новобранцы» СФ не могли тягаться в скорости с гитлеровскими подлодками. Не лучше было вооружение и у новых тральщиков.
С началом войны в оперативное подчинение СФ перешли ледокольных пароходы и гидрографические боты Главного управления Севморпути (ГУ СМП), а также 1-й и 4-й Северные отряды пограничных судов морпогранохраны НКВД (5 сторожевых кораблей типа «Нептун» и «Бриллиант», 20 сторожевых катеров). В состав авиации флота были включены 2-я группа полярной авиации под командованием Ильи Мазурука и отряд гражданского воздушного флота.
На Северном флоте активизировались работы по налаживанию службы наблюдения и связи (СНиС). Кроме того, командованию СФ было передано в оперативное управление более 20 полярных станций ГУ СМП. На эти станции были возложены те же обязанности, что и на штатные посты СНиС. Такое объединение должно было существенно расширить возможности Северного флота в арктическом бассейне, ведь практически все полярные станции СМП имели надежные радиоканалы связи. Однако совместной работе полярных станций и постов СНиС постоянно мешали межведомственные разногласия между командованием СФ и ГУ СМП.
В 1941 году Кригсмарине вроде бы мало внимания уделяли северо-восточной части Баренцева моря. И тем более Карскому морю. Сегодня такая невнимательность позволяет некоторым советским военным историкам утверждать, что нацисты появились в Карском море только летом 1942 года. Но они совершенно не принимают во внимание, что на бочках с топливом в хранилище, созданном в дельте реки Лены, стояла маркировка «1940, Kriegsmarine». А также встречу 4 октября 1941 года гидрографического судна «Академик Шокальский» с неизвестной немецкой подлодкой у новоземельского мыса Спорый Наволок.