Вырубка густых лесов и обеднение земель стали, по мнению учёных, одной из причин постепенного упадка царства. Сокращение количества осадков и опустынивание некогда плодородных угодий в Судане постепенно снизили плодородность земли и иссушили пастбища. Сахара продолжала наступать на долину Нила, и земля больше не могла прокормить многочисленное население. Племена кочевников великой пустыни наводнили страну в поисках воды и сровняли города с более привычными им пастбищами. Торговые пути постепенно переместились в Красное море, тянуть слоновую кость через нильские пороги стало небезопасным. Потеряв земли, урожаи и доходы от торговли, в IV в. н. э. Мероитское царство пало под ударами Аксума, мощнейшей державы Восточной Африки. Последняя пирамида на Ниле была сооружена около 340 г. н. э., спустя три тысячи лет после ступенчатой пирамиды Джосера.
Мало что дошло до нас из памятников загадочного Куша, но на ритуальных тамгах местных вождей суданской области Кордофан ещё в прошлом веке встречались знаки мероитского иероглифического алфавита. Не осталось наследников у древнего, до сих пор не переведённого мероитского языка, но в памяти сегодняшних суданцев времена их далёких предков продолжают жить. «
Цивилизации Судана, впрочем, было суждено возродиться ещё один раз: под влиянием Византии в VI в. здесь образовалось несколько небольших царств, правители которых приняли христианство монофизитского (коптского) толка и сумели выстроить вполне жизнеспособную экономику. Создателями государств, известных нам как нубийские царства (их было три: Нобатия, Макурия и Алва), стали пришлые народы, не родственные мероитам: беллана и ноба, происходившие из Сахары. Даже после завоевания Египта арабами в VII в. христиане Судана продолжали жить в мире с новыми северными соседями. Перемирие, заключённое между Арабским халифатом и христианской Нобатией, просуществовало 600 лет и стало рекордом в истории международных отношений. Постепенно, однако, миграции кочевников-мусульман и ослабление центральной власти привели к забвению христианских традиций и незаметной для мира гибели христианской цивилизации Судана.
В Европе и России многие века жила легенда о царе, или «пресвитере», Иоанне, могущественном христианском правителе Востока, который вот-вот придёт на помощь крестоносцам и освободит Святую землю от мусульман. В этой легенде, возможно, отражались отголоски сведений о далёкой христианской Эфиопии.
Согласно библейским текстам, главная святыня иудейской и христианской религий – Десять заповедей, данных Богом пророку Моисею на горе Синай после исхода евреев из Египта. Они были высечены на двух каменных плитах, называемых Скрижалями, и помещены в особый деревянный ларец, обитый снаружи и изнутри золотыми пластинами. Этот ковчег Завета многие христиане считают утраченным, но только не жители Эфиопии. Здесь каждый твёрдо знает: Десять заповедей хранятся в храме Марии Сионской в городе Аксум, столице древнейшего царства Восточной Африки и одного из первых христианских государств на Земле.