Обращение Параджанова к теме молдавского фольклора было не случайным, это перекликалось с его личной судьбой. Дело в том, что во время учёбы во ВГИКе Сергей влюбился в Нигяр, девушку-татарку, которая была родом из Молдавии. Их знакомство произошло случайно. Зайдя в ЦУМ, Сергей в парфюмерном отделе вдруг увидел девушку, которая произвела на него сильное впечатление. Чуть ли не в тот же день он пригласил её на свидание. Их роман длился несколько месяцев и закончился браком. Однако их счастье длилось недолго. Нигяр происходила из патриархальной семьи, в которой царили весьма суровые нравы. Когда в Москву приехали братья девушки и узнали, что она без ведома родственников вышла замуж, они потребовали у Параджанова крупный выкуп. У мужа-студента таких денег не было, но он пообещал достать их, надеясь на помощь отца. В тот же день Иосифу Параджанову в Тбилиси полетело письмо, в котором сын буквально умолял дать ему требуемую сумму, обещая со временем обязательно её вернуть. Но Иосиф был слишком обижен на сына за то, что тот изменил семейной традиции, не пошёл по ею профессиональным стопам, и в просьбе отказал. Финал этой истории был трагичен: родственники потребовали от девушки, чтобы она бросила нищего мужа и вернулась на родину. Но та отказалась. И тогда родственники поступили с ней согласно своим патриархальным нравам — сбросили её под электричку.
Обращение Параджанова к молдавской теме было данью памяти любимой девушке. Хотя внешне его личная жизнь после этой трагедии складывалась вполне благополучно. В середине 50-х, будучи в Киеве, он женился на украинке, два года прожившей в Канаде, — Светлане Щербатюк. Элегантная, красивая, она вполне могла быть фотомоделью. У них родился сын, которого назвали Суреном. Белокурый, как и его мать, мальчик внешне мало что взял от своего отца, который его обожал. Но жить в семье с Параджановым было сложно. Он был человеком непредсказуемым, странным, и многие его причуды воспринимались людьми как безумие. Соседи Параджанова по Тбилиси, когда он чудил, обычно говорили: «Сумасшедший на свободе». Свою жену Параджанов заставлял принимать участие в его мистификациях и причудах. Он настаивал, чтобы она чистила яблоки каким-то необыкновенным образом, ставила чашку на стол не так, а эдак, котлеты укладывала на блюдо особенным образом. Как напишет позднее К. Калантар: «Параджанов выдумывал и придумывал в жизни так же, как рисовал, как создавал коллажи или куклы, как писал сценарии и ставил фильм. Его творческая жизнь не знала пауз, она была столь интенсивна, что фантазия его продолжала „выдавать продукцию“ и в перерывах между занятиями профессиональным искусством, когда он просто общался с людьми. Кто-то знал Параджанова-человека, кто-то Параджанова-художника, а был один Параджанов — творец вымышленного прекрасного мира».
Судя по всему, Светлана так и не сумела приспособиться к причудам своего мужа и в 1961 году, взяв с собой сына, покинула его дом. Но Параджанов навсегда сохранил в своём сердце любовь к этой женщине. Рассказывают, что когда он впервые увидел в Киеве известную актрису Вию Артмане, то грохнулся перед ней на колени, произнося восторженные слова восхищения. Внешне Артмане была очень похожа на его бывшую жену. И эта женщина оставила след в творчестве Параджанова: она снималась в автобиографической ленте «Исповедь» в образе молодой супруги, а один из эпизодов сценария был посвящён её золотому локону.
Вспоминает Сурен Параджанов:
«Отец прожил с мамой недолго. Конфликтовал с тестем-коммунистом, да и мама была недовольна его образом жизни. Постоянные гости, застолья и изнурительная работа. Беспокойный человек. По 30–40 человек ежедневно в доме принимать, кому это понравится? А он без этого не мог.
Когда отец с матерью разошлись, потом они всё равно поддерживали дружеские отношения. Он ею гордился. Мама преподавала в университете русский язык как иностранный. Милая, порядочная женщина, она любила его и до сих пор не может забыть. Говорит, что отец был уникальным человеком. Хотя часто знакомил меня с очередной „будущей мачехой“, но бабником не был. А мать всегда ревновал…»
Однако вернёмся к началу 60-х.
На момент развода Параджанов успел снять в Киеве два фильма: «Первый парень» (1959) и «Украинская рапсодия» (1961). Первая картина, комедия из деревенской жизни, была типичным продуктом тех лет. В ней рассказывалось о том, как озорной сельский парень Юшка влюбился в комсомольскую активистку Одарку, но та отвергла любовь тёмного и отсталого парня. Тогда Юшка решил стать первым парнем на деревне и завоевать любовь комсомолки. Он стал заниматься спортом и в конце концов, после целой серии недоразумений, сумел завоевать сердце любимой.