Съёмки картины «Свинарка и пастух» начались в феврале 1941 года в Москве и в одной из деревень Вологодской области. Ладыниной досталась главная роль — свинарки Глаши Новиковой. Кроме неё, в фильме были заняты актёры Николай Крючков (Кузьма Петров), Владимир Зельдин (Мусаиб Гатуев). Последний попал в картину случайно. Пырьев собирался снять в этой роли непременно кавказца. Поэтому, когда его ассистенты сообщили, что видели в спектакле Театра Советской Армии «Генеральный консул» талантливого молодого артиста Владимира Зельдина, Пырьев от них отмахнулся. Однако ассистенты настояли на просмотре. Чтобы понравиться признанному мэтру, Зельдин напялил на себя огромную папаху. Пырьеву актёр понравился, но он сказал: «Я не против взять тебя, но только после того, как такое же согласие дадут и наши женщины». Как гласит предание, дамы тоже оказались очарованы молодым актёром и выразили ему своё полное доверие.
В мае вся съёмочная группа отправилась в экспедицию на Кавказ, а точнее — к Клухорскому перевалу, в долину Домбай. В двадцатых числах июня съёмки были завершены, и экспедиция отправилась в Москву. И в это время началась война. И. Пырьев вспоминал: «Помню, двадцать второго июня, рано утром, на одной из станций после Ростова к нам в купе зашёл проводник вагона и тихим взволнованным голосом сказал: „Немец на нас войной пошёл…“ Мы все встревожились, но не поверили. И когда немного погодя увидели на проносящихся мимо станциях толпы возбуждённого народа, проводы солдат, поняли, что это правда…»
Естественно, что с началом войны ни у кого из участников съёмок не возникало мыслей продолжить работу над картиной. Сам Пырьев отправился на сборный пункт, чтобы уйти на фронт. Однако высокое руководство решило иначе. Поэтому со сборного пункта режиссёра вернули и дали указание: фильм закончить как можно скорее и выпустить на экран.
«Свинарка и пастух» появился в прокате в ноябре 1941 года, когда самого «Мосфильма» уже не было в Москве: картину сдали 12 октября, а 14-го киностудия эвакуировалась в Казахстан. В отличие от зрителей, которые приняли фильм с восторгом, коллеги Пырьева и Ладыниной оценили его скептически, назвав лубком, деревенским балаганом и дешёвым зрелищем. Лишь только один А. Довженко прислал создателям фильма телеграмму с поздравлением: «Вы сделали восхитительную картину. Благодарю и поздравляю. Довженко».
В годы Великой Отечественной войны Ладынина снялась в нескольких картинах: «Секретарь райкома», «Антоша Рыбкин» (оба — 1942), «В шесть часов вечера после войны». Последний фильм снимался летом 1943 года в Москве. Первоначально картина носила название «Девушка из Москвы», однако затем Пырьев решил изменить его на более оптимистичное — то, что война завершится нашей победой, тогда уже мало кто сомневался. В 1944 году фильм занял первое место в прокате, собрав на своих сеансах 26,1 млн. зрителей.
После войны положение Пырьева, а с ним и Ладыниной в глазах кремлёвского руководства заметно упрочилось. То, что они оба были на хорошем счету у самого Сталина, знали все. Поэтому даже то, что он был беспартийным, не помешало ему стать главным редактором главного печатного органа кинематографистов — журнала «Искусство кино». Правда, пробыл он на этом посту недолго: 4 сентября 1946 года грянуло Постановление ЦК ВКП(б) о кинофильме «Большая жизнь» (вторая серия), и Пырьева с редакторства сняли (поводом к этому послужило то, что на обложке журнала были помещены фотографии опального фильма). Именно тогда Пырьев впервые встретился со Сталиным. Ведущих режиссёров пригласили в Кремль для разговора о злосчастном постановлении. Рассказывает Р. Юренев: «Сталин иногда останавливался и внимательно разглядывал сидящих перед ним. На Лукова было страшно смотреть: смертельно бледный, он с трудом дышал, обливался потом. Пудовкин в смокинге (приехал прямо с приёма в ВОКСе) прятался за Роммом. Пырьев слышал, как, подойдя к Молотову, Сталин тихо спросил: „Который из них "Трактористы"? — и, когда Молотов указал взглядом, — подошёл и…“ Тут Пырьев усмехнулся и продолжал: „…стал рассматривать меня, как какую-нибудь картину или скульптуру. Мне стало жутковато“. — „Ну а вы что?“ — „Я? Я тоже смотрел на него! Он какой-то голубенький…“ — „То есть как?“ — „А так — голубенький. Седенький, лицо в синих прожилках, мундирчик из голубого генеральского сукна…“»
В 1946 году «звёздная» пара Пырьев — Ладынина приступили к съёмкам новой музыкальной комедии — «Сказание о земле сибирской». Фильм снимали в Чехословакии, где были прекрасные павильоны. Осенью 1947 года в столичном Доме кино состоялась торжественная премьера картины. На неё пришёл весь тогдашний кинематографический бомонд. Пырьев ожидал привычного успеха, однако коллеги приняли его новую работу прохладно. А С. Эйзенштейн не сдержался: собрал в фойе возле себя молодёжь и заявил: «Русский лубок в чехословацком исполнении». Узнав про это, Пырьев затаил глубокую обиду.