Ли также знал, что война не скоро закончится. Вскоре после прибытия в Ричмонд он сказал Мэри Ли, что война может "продлиться десять лет". Он не скрывал своей уверенности в том, что война будет долгой, ожесточенной, "братоубийственной", но это было сообщение, которое не все хотели слышать. Шквал жалоб на Ли дошел до президента Джефферсона Дэвиса в Монтгомери, Алабама, тогда еще столице Конфедерации, с предупреждением, что Ли "слишком уныл" и что "его высказывания рассчитаны на то, чтобы одурманить наш народ". Некоторые даже обвиняли его в "предательстве". На Севере газеты предсказывали, что его имя будут "вспоминать с презрением", и клеймили его "предателем". Даже Мэри Чеснат сообщила в своем дневнике о таких высказываниях своих знакомых, как "В душе Роберт Э. Ли против нас - это я знаю"; и еще одно: "Генерал Ли будет повешен как предатель [дела Конфедерации]. . . . Он прокладывает путь позади них на случай отступления. Говорить об отступлении - это предательство, которое расстраивает солдат". Зажигатель сецессии Эдмунд Руффин, который был свидетелем повешения Джона Брауна и сделал один из первых выстрелов по форту Самтер, прибыл в Ричмонд, чтобы лично убедиться в том, что замышляет генерал Ли, и сообщил по телеграфу Джефферсону Дэвису: "ДЛЯ СПАСЕНИЯ НАШЕГО ДЕЛА СРОЧНО ПРИНИМАЙТЕ НА СЕБЯ ВОЕННОЕ КОМАНДОВАНИЕ". Никакое предложение не могло быть более вредным для Конфедерации. Ошибочное мнение о том, что президент Дэвис был военным гением или обладал даром командовать на поле боя, разделяли многие люди, включая самого Дэвиса, хотя, что интересно, не его вторая жена Варина. * Будучи военным министром, Дэвис признавал и вознаграждал выдающиеся качества Ли, поэтому он не был так тронут этими жалобами, как надеялись критики Ли. Действительно, когда они с Вариной прибыли в Ричмонд 20 мая, Дэвис, остановившийся в том же отеле, что и Ли, сразу же назначил его военным советником. Хотя 23 мая избиратели ратифицировали отделение Вирджинии, она оставалась независимой республикой до 17 июня, когда, наконец, официально присоединилась к Конфедерации. Присутствие президента и миссис Джефферсон Дэвис должно было ускорить принятие этого решения, и одним из способов обеспечить его принятие было удовлетворение гордости виргинцев путем размещения столицы Конфедерации в Ричмонде. Это была военная ошибка. Расстояние от Вашингтона (округ Колумбия) до Ричмонда (штат Вирджиния) составляет всего 106 миль. Символическое значение Ричмонда как столицы Конфедерации более или менее гарантировало, что там будут происходить великие сражения, что приведет к тому, что большая часть ограниченных сил Конфедерации окажется в северной Вирджинии, а войск никогда не будет достаточно для удержания значительной части Миссури, Кентукки и Теннесси. Выбор Ричмонда неизбежно означал, что "черный ход" Конфедерации на Западе был открыт для нападения.
Конечно, уязвимость Ричмонда была справедлива и для Вашингтона - президент Линкольн был не менее обеспокоен тем, что армия Конфедерации может взять Вашингтон, нанеся тем самым смертельный удар по Союзу в глазах всего мира, и по крайней мере три раза за время Гражданской войны это казалось возможным. Сосредоточение значительной части живой силы Конфедерации на узкой территории между двумя столицами стало крупной стратегической ошибкой, допущенной еще до начала боевых действий. Однако и для Ли это казалось естественным решением. Хотя вскоре после прибытия Дэвиса в Ричмонд войска Виргинии были объединены с войсками Конфедерации, что оставляло неопределенным положение и ранг Ли, они с Дэвисом согласились бы в важности Виргинии - даже когда война охватила половину континента, внимание Ли оставалось приковано к той части его родного штата, которую он знал и любил, и был полон решимости защищать любой ценой.
Не все, кто видел его, сразу же обращались в веру. Мэри Чеснат сначала была в экстазе от новости о том, что Ли стал "главнокомандующим в Виргинии", но позже решила, что ей больше нравится его брат Сидней Смит Ли, который ушел в отставку из ВМС США и теперь служил в военно-морском флоте Конфедерации: "Мне больше нравится Смит Ли, - писала она, - и его внешность мне тоже нравится. Я хорошо знаю Смита Ли. Может ли кто-нибудь сказать, что знает его брата? Сомневаюсь. Он выглядит таким холодным, спокойным и величественным".