Несмотря на расстройство своих войск, Ли понимал, что отступление к Ричмонду в конечном итоге позволит Макклеллану подтянуть тяжелую артиллерию и начать осаду - рецепт катастрофы. Он решил оставаться на месте. Несмотря на насмешки и критику, он упорно работал над созданием оборонительной линии вокруг Ричмонда, и теперь он расширит и усовершенствует ее, чтобы защищать город как можно меньшим количеством людей, полагаясь на земляные укрепления и батареи, чтобы обезопасить столицу в крайнем случае. Затем основная часть армии могла быть использована для того, чтобы оттеснить Макклеллана назад на полуостров, а Ли ждал подходящего момента, чтобы перебросить армию Джексона из долины Шенандоа в Ричмонд и присоединиться к нему. Это был серьезный риск: слабо защищенный Ричмонд мог быть взят врагом; переброска Джексона из долины на полуостров могла позволить Бэнксу вернуть все, что он потерял. Но если Джонстон вел оборонительный бой, надеясь заманить Макклеллана вперед, чтобы разгромить его в одном грандиозном сражении, то Ли намеревался взять инициативу в свои руки и смело атаковать Макклеллана, каждый день и в любом месте, где Макклеллан пытался провести линию фронта.
К счастью для Ли, Макклеллан дал ему передышку, чтобы отточить свою стратегию. У Ли было более трех недель, в течение которых шел проливной дождь, чтобы проверить своих генералов, вплоть до командиров бригад. Он также использовал это время для усиленного обучения своих войск и установления более строгой дисциплины. Он был неприятно удивлен количеством пьянства, дезертирства и неповиновения в армии Джонстона. Всего через четыре дня после вступления в командование армией Северной Вирджинии он написал длинное письмо президенту Дэвису, в котором предлагал новую смелую стратегию. "После долгих размышлений я считаю, что если бы можно было сильно укрепить Джексона, это изменило бы характер войны. Это могут сделать только войска Джорджии, Южной Каролины и Северной Каролины. В этом случае Джексон мог бы пройти через Мэриленд в Пенсильванию. Он оттеснил бы всех врагов от нашего южного побережья и освободил бы эти штаты".
Это было радикальное мышление - слишком радикальное, как оказалось, для Дэвиса. Интересно отметить, что Джексон уже завоевал доверие Ли, и иронично осознать, что Ли уже рассматривал возможность продвижения в Мэриленд и Пенсильванию, которое привело его к Антиетаму в 1862 году и к Геттисбергу в 1863 году. Письмо дает четкое представление о широких стратегических намерениях Ли, которые были удивительно последовательными с самого начала, а также о его ограниченности, которая заключается в том, что он всегда видел центр войны как угрозу Вашингтону, а решающий район, в котором она будет решаться, - как северную Виргинию. Он не был равнодушен к войне на Западе, но так же, как то, что он был виргинцем, превалировало над тем, что он был американцем, изгнание врага из Виргинии было его самой дорогой целью. Если бы его амбициозный первоначальный план был реализован, он заставил бы Макклеллана оставить полуостров и встать на защиту Вашингтона, открывая возможность того, что Ли сможет уничтожить его фланговой атакой, проведенной при отступлении. Такая атака, проведенная одновременно с продвижением Джексона в Мэриленд и Пенсильванию и усиленная 40 000 человек из Джорджии и Каролины, вполне могла бы привести к окончанию войны в 1862 году решительной победой Конфедерации. Но даже президент Дэвис не смог убедить губернаторов этих штатов лишить их собственной обороны ради столь рискованной операции - ведь Конфедерация была союзом равных, а не единой страной, как Союз. "Права штатов", якобы послужившие причиной войны, всегда были фактором, ограничивающим полномочия правительства Конфедерации. Стратегическое видение Ли было удивительно дальновидным и наполеоновским по своим масштабам, но в итоге у Дэвиса не было ни политической власти, чтобы навязать его всем штатам Конфедерации, ни желания это делать.
Ли, похоже, воспринял это решение спокойно - возможно, он даже почувствовал облегчение - и вместо этого обратил свое внимание на новую и многообещающую форму атаки. Грязь и переполненные реки и ручьи замедляли попытки Макклеллана продвинуть свою осадную артиллерию достаточно далеко вперед для обстрела Ричмонда. Вместо того чтобы пассивно ждать, Ли решил воспользоваться паузой и устроить Макклеллану бомбардировку. Он установил тяжелое орудие на железнодорожную платформу с импровизированной бронезащитой, отправил его по железнодорожной ветке Ричмонд - Йорк, которая все еще находилась в руках конфедератов, и начал обстреливать артиллерийский парк и склады снабжения Макклеллана.
Ли имеет определенную репутацию старомодного солдата, возможно, из-за его достойной ветхозаветной внешности, но Гражданская война на самом деле была первой современной войной: войной масс, железных дорог, воинской повинности, промышленной мощи и новых технологий.