В день похорон Лимы многие видные деятели ХД постарались держаться подальше от Палермо, точно так же, как и лидеры других партий, действующий президент республики и спикеры обеих палат парламента. Некоторые газеты истолковали этот факт как желание властей подчеркнуть, что они не считают обладающего сомнительной репутацией Лиму «своим». По времени его убийство совпало с необычайно щекотливой политической ситуацией. На пятое апреля было намечено проведение общенациональных выборов, которые, как все знали, должны были определить контуры будущего Италии после окончания «холодной войны». Повсюду предрекали, что главой государства, то есть президентом республики, станет Андреотти. Вполне понятно поэтому, что Андреотти оказался в фокусе внимания средств массовой информации, когда приехал на похороны своего друга. Обычно ироничный и невозмутимый, он был бледен и явно ошеломлен. Перед телевизионными камерами он громогласно защищал репутацию Сицилии: «Нельзя отождествлять остров и мафию». В интервью он довольно путано объяснял причины гибели Лимы, которые в его изложении выглядели как помесь теории заговора с элементами мифа о Cavalleria rusticana. Как и вся Сицилия, Лима стал жертвой клеветнической кампании, утверждал Андреотти. «Клеветники хуже убийц. Или, по крайней мере, столь же отвратительны. На моего друга Лиму клеветали десятилетиями». Нападки на репутацию Лимы были прелюдией к политическому убийству, заявлял он. Возможно, оно преследовало цель создать почву для тоталитарного переворота. Отвечая на вопрос, считает ли он, что это убийство является адресованным ему предупреждением, Андреотти сказал, что не знает: «События, которые происходят на Сицилии, истолковывают совершенно по-разному, но зачастую они остаются малопонятными».
Насколько «малопонятными» считал Андреотти происходившие на Сицилии события, должно было прояснить сенсационное судебное разбирательство, проходившее в подвалах здания палермского суда. В том году, когда погиб Лима, а вся страна была взбудоражена убийствами Фальконе и Борселлино и ошеломлена коррупционным скандалом, который вызвали разоблачения в ходе операции «Чистые руки», прокуратура Палермо запросила у итальянского сената разрешения открыть уголовное дело на Джулио Андреотти «за преднамеренное участие в защите интересов и достижения целей преступного сообщества, известного как Коза Ностра. Под впечатлением убийств Фальконе и Борселлино Томмазо Бушетта, как и те мафиози, которые совсем недавно перешли на сторону властей, стал рассказывать о политических связях мафии. В показаниях постоянно повторялись имена Сальво Лимы и Джулио Андреотти.
Против Андреотти были выдвинуты убийственные обвинения. Утверждалось, что самый влиятельный политик 1970-х и 1980-х годов участвовал в конфиденциальных деловых встречах с мафиози такого масштаба, как Стефано Бонтате, Тано Бадаламенти, по прозвищу Сидящий громила и Микеле Греко по прозвищу Папа; что Стефано Бонтате даже передал Андреотти в качестве подарка картину. Основное внимание средства массовой информации сосредоточили на том факте, что во время одной из случайных встреч Андреотти целовался с Коротышкой Рииной. Указывали и на то, что внутри Коза Ностры Андреотти обычно называют «дядюшкой Джулио». Куда серьезнее выглядело обвинение в том, что он пытался назначить Убийцу Вердиктов судью Карневале, председательствующим на заключительных слушаниях «максипроцесса». В своем заключении обвинение утверждало, что Андреотти, «упиваясь властью, вступил в соглашение с мафией», но ему не удалось выполнить обещаний, которые он дал мафиози. Поэтому они сначала отомстили его союзнику, Сальво Лиме, а затем подступились и к нему самому. Некоторые перебежчики уверяли, что Риина планировал убить Андреотти или одного из его детей.
В октябре 1999 года Андреотти был признан невиновным. Заявления перебежчиков признали слишком неопределенными и противоречивыми, чтобы стать доводом в пользу обвинительного приговора. Но объяснение, которым судьи мотивировали свое решение, вряд ли является серьезным доводом в пользу невиновности Андреотти. Более того, оно лишь усилило волновавший общественное мнение интерес к прошлому Италии.
Доводы в защиту человека, который семь раз занимал кресло премьер-министра, в сущности, сводились к тому, что Андреотти не проявлял прямого участия в делах мафии, что он только позволял своему «оклеветанному» помощнику Лиме самостоятельно улаживать вопросы местной политики, тогда как сам сосредоточился на вопросах общенационального масштаба. Андреотти не причастен к тому, что Лима и ему подобные все глубже погружались в опасную криминальную трясину. Другими словами, один из умнейших и влиятельнейших государственных деятелей Италии делами доказывал, что считает Сицилию «малопонятной».