Импастато знал, чем рискует. Мать предупреждала его, что мафиози «хуже животных», что для них «прихлопнуть человека — пара пустяков». Вероятно, Пеппино рассчитывал, что его будет прикрывать принадлежность к семье потомственных мафиози. Сегодня известно наверняка, что отец Пеппино и вправду подумывал выступить против Бадаламенти в защиту сына. Но в сентябре 1977 года его сбила машина. Многие годы семейство Импастато считало, что это был несчастный случай, однако постепенно они пришли к выводу, что на самом деле это было спланированное убийство. Так или иначе, Пеппино лишился защиты. Но похоронах отца он отказался обменяться рукопожатиями с мафиози, которые пришли выразить уважение покойному, и тем нанес им страшное оскорбление; в последующие месяцы он постоянно обрушивался на мафию в своих выступлениях и статьях. Такое впечатление, будто он сознательно нарывался на пулю.
В ночь с 8 на 9 мая 1978 года Пеппино похитили на пути из радиостудии и на его собственной машине отвезли в заброшенный дом на окраине Палермо, поблизости от железной дороги и границы территории аэропорта. Там его били и пытали, а йотом, полуживого, бросили на железнодорожные пути с несколькими динамитными шашками, привязанными к телу.
На следующее утро обходчики сообщили, что полотно повреждено. Прибывшие на место карабинеры обнаружили машину Пеппино, его башмаки и очки рядом с кратером, оставшимся после взрыва. Фрагменты тела и одежды разбросало на триста метров вокруг; относительно целыми были только ноги, часть лица и несколько пальцев. Гибель Пеппино словно повторила гибель его дяди-мафиози в 1963 году, ту самую смерть, которая тогда заставила его спросить: «Что он чувствовал?» — и начать личную войну с мафией.
Двадцать два года спустя, 6 декабря 2000 года, парламентская комиссия представила доклад относительно действий властей по расследованию обстоятельств смерти Пеппино Импастато. В докладе делался вывод, что расследование проводилось торопливо и небрежно, в результате чего полиция, как того и добивались убийцы, зафиксировала смерть Пеппино Импастато как результат неосторожного обращения со взрывным устройством. Друзья и родственники Пеппино утверждали, что все не так просто, но к их мнению не прислушались.
Поразительно, но, вопреки широко известной в Чинизи и окрестностях кампании Пеппино против мафии, вопреки тому, что Чинизи издавна пользовался репутацией оплота мафии, вопреки угрозам, которые получали активисты левого движения, вопреки, наконец, тому, что сами карабинеры ранее извещали власти: «Импастато и его друзья не способны совершить террористический акт», — вопреки всему этому следователи не рассматривали версию о его убийстве как таковом, не говоря уже об убийстве, совершенном «людьми чести». Свидетели, принимавшие участие в первоначальном осмотре места трагедии, в том числе патологоанатом, собиравший фрагменты тела, в один голос утверждали, что видели пятна крови на стенах дома, в котором Пеппино мучили перед смертью. Поскольку со стороны железной дороги в этом доме не было ни дверей, ни окон, пятна крови не могли появиться на стенах после взрыва. Однако в отчете карабинеров о доме даже не упоминается, хотя машина Пеппино стояла рядом с ним.
На следующее утро после гибели Пеппино карабинеры провели обыск в студии «Radio Aut» и в домах родственников и друзей погибшего. Мать узнала о смерти сына только после того, как обыск завершился. В доме тетки Пеппино нашли его письмо, датированное несколькими месяцами ранее; в этом письме он сокрушался по поводу своих неудач «как мужчины и как революционера» и намекал, что подумывает свести счеты с жизнью. Письмо оказалось той самой уликой, на которой полиция выстроила гипотезу о «террористе-самоубийце». Пресса подхватила гипотезу; в следующие несколько дней были сознательно допущены утечки информации, чтобы объяснить пятна крови на стенах заброшенного дома. В анонимном материале в «Giornale di Sicilia» утверждалось, что это менструальная кровь и что в доме обнаружено несколько использованных тампонов. (Чистейший вымысел!) Друзья Пеппино отправились к заброшенному дому и потратили целый день, подбирая фрагменты тела и одежды Импастато, которые власти не удосужились собрать. В самом доме они наткнулись на камень, обагренный кровью; независимый судебный медэксперт, которому предъявили этот камень, установил, что кровь на нем — той же редкой группы, как и у Пеппино.
В последующие дни дома всех без исключения друзей Пеппино подверглись взлому. По Чинизи ходили слухи, что Пеппино располагал досье на местную мафию и на ее политических покровителей (он сам намекал на это), однако слухи так и остались слухами. Напряжение возрастало; на похоронах Пеппино тысяча молодых людей несла транспаранты: «Пеппино убила мафия», «С идеями Пеппино — вперед!». Позже молодежь собралась у дома Тано Бадаламенти и принялась скандировать: «Мясник!»