В 1928 году он по заданию правительства пишет историю гражданской войны в Дагестане (на лакском языке). Работа сохранилась в рукописи. В этой связи представляет интерес письмо А.Тахо-Годи к Али Каяеву:
«Дагестанское правительство постановило издать книгу по истории Дагестана с изложением событий, происшедших после свержения Николая Романова с российского трона. Цель написания такой истории – прославление героизма дагестанских народов, осветить перед всем миром их прогресс, чтобы обессмертить имя Дагестана и его героев, сражающихся за свободу.
…Согласно постановлению правительства Дагестана Вам следует написать историю того, что Вы видели и что Вы знаете относительно вышеуказанного и вообще, как все было, поскольку Вы – из числа прогрессивных деятелей и руководителей во время борьбы с казаками. Вам надлежит доставить эту книгу нам до 15 ноября сего года».
В 1928–1930 гг. он много ездил по горным районам ДАССР, собирая материалы по истории и этнографии горцев. Али Каяев – один из основателей Рукописного фонда Института национальной культуры. Им собраны богатейшие материалы по фольклору горцев, составившие более десяти объёмистых папок. Он сосредоточил в Фонде многочисленные материалы по истории материальной и духовной культуры народов нашей республики, сохранив их для будущих поколений. Эта работа проходила в условиях, когда по всему Дагестану уничтожались книги и рукописи на арабском языке, а за их хранение люди подвергались преследованиям.
Сталинские репрессии не обошли и его самого. В 1930 году по необоснованному обвинению в принадлежности к религиозной организации, ставившей якобы целью свержение Советской власти в Дагестане, Али Каяев был арестован НКВД и сослан на 5 лет в Челябинск. Затем по состоянию здоровья был перевезен для отбытия наказания в Воронеж.
Следует отметить, что Али Каяев был одним из первых репрессированных ученых-арабистов Дагестана. Но это не могло остановить его научной деятельности. Из ссылки он писал Д.Коркмасову, Председателю Совнаркома Дагестана:
«Уважаемый Джелалэтдин!
В настоящее время нахожусь в городе Воронеже, работаю сторожем. Узнав Ваш адрес, решил написать письмо, не забыв оказываемую Вами мне помощь и то, что Вы давали мне возможность работать по истории Дагестана.
Несмотря на неподходящие условия, я продолжаю работать и уже написал большую часть «Истории» и, можно сказать, окончил, что было мне здесь возможным.
Имею переписку с товарищем Шовкринским, кому и собираюсь послать её для обозрения. По-моему, если бы я находился в Дагестане, «История» бы вышла хорошая и точная.
Пробую добиться разрешения поехать в Дагестан и докончить начатую работу, для чего и решил, с большими надеждами на Вас, послать Вам моё заявление для направления куда следует. Не чувствуя за собой никакой вины, прошу оказать последнюю мне Вашу услугу и ответить мне письмом с Вашими советами, чего буду ждать нетерпением.
Здоровье моё неважное, и работа, какую я несу, неподходящая. Живу одними надеждами скорого возвращения в Дагестан.
Еще прошу уделить для меня полчаса Вашего столь дорогого времени.
С почтением, Али Каяев».
Видимо, ходатайство Д.Коркмасова сыграло свою роль, и вскоре Али Каяев был досрочно освобожден. Уже 15 ноября 1934 года Али Каяев вновь приступил к своей работе в качестве сотрудника Научно-исследовательского института Дагестана в Махачкале. В эти годы он продолжал собирать материалы по дореволюционной истории Дагестана, много переводил с арабского, фарси, турецкого, ездил по селам Дагестана, работал в НИИ Тбилиси и Москвы.
Исследовательская деятельность Али Каяева высоко оценивалась в научных кругах республики. Профессор Г.-А.Д. Даниялов писал: «Со дня организации Института национальной культуры по 1938 год Али Каяев активно и неутомимо продолжал собирать материалы, способствующие воссозданию истории материальной и духовной культуры народов нашей республики. Помимо своих собственных исследований, свидетельствующих об исключительном трудолюбии Али Каяева, неоднократно побывав в большинстве районов Дагестана, он сосредоточил в Институте многие материалы, без которых трудно обойтись исследователю истории, языков и литератур народов Дагестана. Собранные им фольклорные материалы представляют большую научную ценность. Для многих поколений сохранены произведения устного народного творчества, бытовавшие в прошлом».
Работа в научно-исследовательском институте продолжалась вплоть до декабря 1938 года. В январе 1939 года последовал второй арест ученого. После года заточения в одиночной камере в феврале 1940 года он был на пять лет сослан в Казахстан. Причиной повторного ареста послужило опять-таки необоснованное, но стандартное для тех времен обвинение в принадлежности ученого к турецкой разведке, а также связях с «врагом народа» Д. Коркмасовым.
Перенесеные им невзгоды, аресты, ссылки не сломили Али Каяева как ученого.
В этой связи интересно привести письмо Дмитрия Кузьмича Крючкова, жителя г. Георгиевска Семипалатинской области, где ученый отбывал ссылку, сыну Али Каяева Нажмутдину: