В начальный период войны оба полка работали не столько по дальним, сколько по ближним целям. Это диктовала обстановка, сложившаяся на фронтах. Из-за больших потерь Ер-2 экипажи 420-го дбап, в том числе и Молодчего, первым в полку удостоившегося звания Героя Советского Союза, в декабре 1941 г. пересели на Ил-4. Но Ер-2 421-го дбап подполковника А. Г. Гусева продолжали воевать. Этой же осенью, после реорганизации 81-й дивизии, полк Ер-2, провоевавший до конца 1943 г., переименовали в 747-й дбап и перебазировали в Иваново, а весной 1942 г. — в подмосковное Кратово на аэродром ЛИИ.
14 марта 1942 г. командир 747-го дбап подполковник Гусев и военком старший батальонный комиссар Кошелев в письме Ермолаеву сообщали: «За шесть месяцев боевой работы полка на самолетах «Ер-2» совершено около 500 боевых вылетов днем и ночью с налетом 2000 часов и успешным решением разнообразных боевых задач, включительно до полетов на радиус (11–12 час.).
Весь летный состав боевых экипажей единодушно оценивает высокие летно-тактические качества самолета «Ер-2» как дальнего бомбардировщика. Наряду с этим в процессе боевого использования самолета выявлена необходимость производства по самолету некоторых второстепенных работ, указанных на совещании летного состава… Основным недостатком… «Ер-2» на сегодня является тяжелый старт (длинный разбег), особенно тяжело это сказывалось при взлетах с аэродромов без бетонных дорожек на размякшем или снеговом насте, т. е. в действительных боевых условиях. Это, пожалуй, единственная серьезная претензия к самолету, которую и необходимо решить за счет увеличения мощности моторов и диаметра винтов.
Командование полка считает, [что] в интересах войны, самолет «Ер-2» является крайне необходимым как один из лучших бомбардировщиков дальнего действия».
Задача ясна и пути ее решения тоже, только где взять моторы увеличенной мощности?
11 апреля 1942 г. заместитель наркома П. В. Дементьев сообщил в ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкову: «Из 70 построенных Ер-2 68 принято АДД, из которых 60 приступило к боевой работе и 8 самолетов разбиты при формировании. По состоянию на 10 апреля 1942 г. 41 самолет уничтожен в боевых операциях, 11 — в строю у Голованова, 7 — в ремонте у Ермолаева, 1 — на Калининском фронте и требует ремонта.
Кроме этого, 5 самолетов у Ермолаева, на которых установлены АМ-37 и проводятся опытные работы. По заявлению… Ермолаева, самолеты… с АМ-37 для боевого применения не годятся и целесообразно на них поставить моторы АМ-35».
За два с половиной года войны основными целями Ер-2 747-го полка были железнодорожные узлы, в частности, Вязьма, Брянск, Сухиничи, Смоленск, Волово; бомбили на перегонах эшелоны противника. Подвергались ударам и аэродромы, такие, как, например, Сеща, артиллерийские позиции в районе Ржева.
Приведем лишь несколько эпизодов из боевой деятельности полка в 1942 г. Выполняя очередной боевой вылет, штурман Бойко обнаружил передвижение автоколонны на Юхнов. Его бомбардировщик в составе группы произвел шесть заходов на колонну, сбросив 12 бомб. В этом бою противник недосчитался 20 автомашин с грузами, но и мы потеряли три самолета. Один из них, пилотировавшийся летчиком П. А. Клименко, атаковали три истребителя Bf 109. Ранив стрелка и повредив пулемет стрелка-радиста, истребители подожгли нашу машину, которую пришлось сажать на лес.
В другом вылете на самолете летчика М. А. Брусницина зенитная артиллерия повредила стабилизатор и один руль поворота. Несмотря на это, экипаж выполнил боевую задачу, но при возвращении домой, уже за линией фронта, Ер-2 атаковали истребители противника. Из горящей машины удалось спастись на парашютах лишь летчику и штурману.