14 ноября 1940 г., вскоре после окончания госиспытаний ДБ-240 2М-105, Ермолаев получил от НКАП указание установить на первый опытный самолет более мощные моторы АМ-35А конструкции А. А. Микулина, с которыми надеялись получить лучшие летные данные, и в первую очередь — меньшую длину разбега и взлетную дистанцию. Двигатель указанного типа был значительно тяжелее М-105 (на 230 кг) и имел больший удельный расход топлива (285–315 г/л.с.*ч против 270–288 г/л.с.*ч у М-105), что не могло не сказаться на дальности полета. Однако повышенная мощность моторов казалась в тот момент более важной: помимо лучших взлетных характеристик она должна была обеспечить полет на одном моторе без снижения (при ограниченной полетной массе, разумеется), а также более высокую скорость на маршруте. На самолете смонтировали новые моторамы и усилили центроплан, переделали основные амортстойки с целью установки колес увеличенных размеров (1200x450 мм). Срок предъявления машины на госиспытания был установлен 1 апреля 1941 г. На этом этапе (середина ноября 1940 г.) предполагали, что к работам подключится и серийный завод № 18, который должен был, начиная с 71-й машины, выпускать ермолаевские бомбардировщики с моторами АМ-35А.
Вначале разработки сдерживались отсутствием винтов ВИШ-22Т диаметром 3,4 м. Лишь в последних числах января 1941 г. приступили к пробежкам и подлетам. При попытке взлететь с Центрального аэродрома Москвы на разбеге левый мотор «обрезал» из-за падения давления бензина. Самолет развернуло, оказалась повреждена стойка шасси. Вскоре после этого один из моторов пришлось отправить на завод № 24 для переборки. В конце февраля новая попытка Н. П. Шебанова взлететь окончилась неудачей из-за отказа двигателя. Наконец, 1 марта состоялся первый успешный полет. На этот раз моторы работали нормально, но уже спустя четыре дня полеты пришлось прекратить до особого распоряжения НКАП. С двигателей производства завода № 24 предписывалось снять регуляторы давления наддува и отправить на доработку. В середине марта полеты возобновились, но ненадолго: при опробовании ВМГ дважды разорвало воздушно-масляный радиатор. Причина была в том, что давление масла в контуре превышало расчетное значение.
Во второй половине марта пришел запрет на полеты всех опытных машин с АМ-35А и АМ-37 до устранения дефектов, выявившихся у этих моторов. Известно, что 12 марта 1941 г. при испытаниях МиГ-3 погиб заводской летчик А. Н. Екатов (именно он впервые поднял в небо И-200), а до него в этом же году сложили головы еще два летчика-испытателя «мигов»: Кулешов и Афанасьев. Волна катастроф пронеслась и по строевым частям. Положение было настолько серьезным, что вышло специальное постановление СНК СССР, в котором намечались меры по доработке моторов Микулина. Одним из важнейших мероприятий считалось внедрение механического управления лопатками Поликовского, регулировавшими направление потока воздуха на входе приводного центробежного нагнетателя (ПЦН).
Полеты Ер-2 2АМ-35А возобновились только в мае, после чего самолет был передан в ЛИИ (аэродром Раменское). Пилотировал машину летчик М. А. Самусев. Следует отметить, что этот вариант испытывался позднее, чем считавшийся более перспективным «ер» с АМ-37. По мнению старшего военпреда, к началу июня
Вскоре один из моторов снова вышел из строя, а затем было принято решение еще раз переоборудовать самолет, на этот раз в дублер машины с моторами АМ-37. Осенью самолет перегнали в Казань. Дальнейшая судьба первого опытного ДБ-240 неизвестна. Возможно, именно эта машина, управляемая А. Н. Гринчиком, потерпела катастрофу при посадке на казанском аэродроме, врезавшись в здание на его окраине (экипаж самолета уцелел, но пострадали обитатели общежития).