В пятницу 13 декабря 1944 г. тридцатипятилетний генерал Ермолаев вместе с женой поездом выехал из Москвы в Иркутск. Какое-то предчувствие томило его. В ходе прощания на перроне вокзала ближайшим соратникам запомнилось невеселое настроение главного. Приехав в Иркутск, Ермолаев заболел сыпным тифом, через несколько дней возникло осложнение на легкие и печень, еще немного спустя развился менингит. Сталин, узнав о болезни Владимира Григорьевича, спросил:
В конце 1944 г. на заводе № 134 производились опытные работы на двух серийных машинах (зав. № 7013901 и № 7023901). Первая использовалась для отладки систем вооружения, а на второй полностью переделали носовую часть фюзеляжа с кабинами штурмана и пилотов. Обычные для «ера» эллиптические носовые очертания сменились прямыми, что почти не повлияло на летные данные, зато заметно улучшило обзор из кабины летчиков. Работа штурмана с секстантом стала удобнее благодаря прозрачному астрокуполу.
Самолет зав. № 7023901 был оснащен форсированными двигателями АЧ-30БФ, выпущенными в очень малом количестве (всего 11 единиц). Форсирование мотора достигалось за счет впрыскивания бензина во всасывающий патрубок нагнетателя дополнительно к основному топливу — керосину. Взлетная мощность дизеля составляла 1900 л.с., а на боевом режиме — 1600 л.с. Номинальная мощность осталась без изменений.
Емкости бачка для форсажного топлива хватало примерно на 45 минут полета. За время испытаний летчик полковник А. Д. Алексеев совершил 44 полета, в том числе 8 — ночью. В отчете было специально подчеркнуто:
По решению наркомата, согласованному с командованием АДД, завод № 39 в январе 1945 г. был обязан изготовить и сдать на госиспытания в НИИ ВВС два эталонных Ер-2 с изменениями, внесенными главным конструктором, и устраненными дефектами. В качестве таковых были выделены самолеты зав. № 7103901 и № 7103902. Однако внезапная смерть Ермолаева и неразбериха, возникшая в связи с ней, позволили директору Абрамову по-тихому «замотать» указание НКАП.