Видя подвиги преподобного Серафима, враг рода человеческого вооружился против него и, желая принудить святого оставить безмолвие, решил устрашать его, но преподобный ограждал себя молитвой и силой Животворящего Креста. Диавол навел на святого "мысленную брань" — упорное продолжительное искушение. Для отражения натиска врага преподобный Серафим усугубил труды, взяв на себя подвиг столпничества. Каждую ночь он поднимался на огромный камень в лесу и молился с воздетыми руками, взывая: "Боже, милостив буди мне грешному". Днем же он молился в келлии, также на камне, который принес из леса, сходя с него только для краткого отдыха и подкрепления тела скудной пищей. Так молился преподобный 1000 дней и ночей. Диавол, посрамленный преподобным, задумал умертвить его и наслал грабителей. Подойдя к святому, работавшему на огороде, разбойники стали требовать от него деньги. У преподобного в это время был в руках топор, он был физически силен и мог бы обороняться, но не захотел этого делать, вспомнив слова Господа: "Взявшие меч мечом погибнут" (Мф. 26, 52). Святой, опустив топор на землю, сказал: "Делайте, что вам надобно". Разбойники стали бить преподобного, обухом проломили голову, сломали несколько ребер, потом, связав его, хотели бросить в реку, но сначала обыскали келлию в поисках денег. Всё сокрушив в келлии и ничего не найдя в ней, кроме иконы и нескольких картофелин, они устыдились своего злодеяния и ушли. Преподобный, придя в сознание, дополз до келлии и, жестоко страдая, пролежал всю ночь. Наутро с великим трудом он добрел до обители. Братия ужаснулись, увидев израненного подвижника. Восемь суток пролежал преподобный, страдая от ран; к нему были вызваны врачи, удивившиеся тому, что Серафим после таких побоев остался жив. Но преподобный не от врачей получил исцеление: Царица Небесная явилась ему в тонком сне с апостолами Петром и Иоанном. Коснувшись головы преподобного, Пресвятая Дева даровала ему исцеление. После этого случая преподобному Серафиму пришлось провести около пяти месяцев в обители, а затем он опять ушел в пустынную келлию. Оставшись навсегда согбенным, преподобный ходил, опираясь на посох или топорик, однако своих обидчиков простил и просил не наказывать. После смерти настоятеля отца Исаии, бывшего с юности преподобного его другом, он взял на себя подвиг молчальничества, совершенно отрекаясь от всех житейских помыслов для чистейшего предстояния Богу в непрестанной молитве. Если святому в лесу встречался человек, он падал ниц и не вставал, пока прохожий не удалялся. В таком безмолвии старец провел около трех лет, перестав даже посещать обитель в воскресные дни. Плодом молчания явилось для преподобного Серафима стяжание мира души и радости о Святом Духе. Великий подвижник так впоследствии говорил одному из монахов монастыря: "…радость моя, молю тебя, стяжи дух мирен, и тогда тысячи душ спасутся около тебя". Новый настоятель, отец Нифонт, и старшая братия обители предложили отцу Серафиму или по-прежнему приходить в монастырь по воскресеньям для участия в богослужении и причащения в обители Святых Таин, или вернуться в обитель. Преподобный избрал последнее, так как ему стало трудно ходить из пустыни в монастырь. Весной 1810 года он возвратился в обитель после 15 лет пребывания в пустыни. Не прерывая молчания, он к этому подвигу прибавил еще и затвор и, никуда не выходя и никого у себя не принимая, непрестанно находился в молитве и Богомыслии. В затворе преподобный Серафим приобрел высокую душевную чистоту и сподобился от Бога особых благодатных даров — прозорливости и чудотворения. Тогда Господь поставил Своего избранника на служение людям в самом высшем монашеском подвиге — старчестве. 25 ноября 1825 года Матерь Божия вместе с празднуемыми в этот день двумя святителями явилась в сонном видении старцу и повелела ему выйти из затвора и принимать у себя немощные души человеческие, требующие наставления, утешения, руководства и исцеления. Благословившись у настоятеля на изменение образа жизни, преподобный открыл двери своей келлии для всех. Старец видел сердца людей, и он, как духовный врач, исцелял душевные и телесные болезни молитвой к Богу и благодатным словом. Приходившие к преподобному Серафиму чувствовали его великую любовь и с умилением слушали ласковые слова, с которыми он обращался к людям: "радость моя, сокровище мое". Старец стал посещать свою пустынную келлию и родник, называемый Богословским, около которого ему выстроили маленькую келлейку. Выходя из келлии, старец всегда нес за плечами котомку с камнями. На вопрос, зачем он это делает, святой смиренно отвечал: "Томлю томящего меня". В последний период земной жизни преподобный Серафим особенно заботился о своем любимом, детище — Дивеевской женской обители. Еще в сане иеродиакона он сопровождал покойного настоятеля отца Пахомия в Дивеевскую общину к настоятельнице монахине Александре, великой подвижнице, и тогда отец Пахомий благословил преподобного всегда заботиться о "Дивеевских сиротах". Он был подлинным отцом для сестер, обращавшихся к нему во всех своих духовных и житейских затруднениях. Ученики и духовные друзья помогали святому окормлять Дивеевскую общину — Михаил Васильевич Мантуров, исцеленный преподобным от тяжкой болезни и по совету старца принявший на себя подвиг добровольной нищеты; Елена Васильевна Мантурова, одна из сестер Дивеевских, добровольно согласившаяся умереть из послушания старцу за своего брата, который был еще нужен в этой жизни; Николай Александрович Мотовилов, также исцеленный преподобным. Н. А. Мотовилов записал замечательное поучение преподобного Серафима о цели христианской жизни. В последние годы жизни преподобного Серафима один исцеленный им видел его стоявшим на воздухе вовремя молитвы. Святой строго запретил рассказывать об этом ранее его смерти.