Вначале все встретили эту теорию с некой насмешкой. Лидер реформации Мартин Лютер написал, что «теперь каждый старается выдумать что угодно, вот и этот дурак намерен перевернуть верх дном всю астрономию». Церковь же, на первых порах, отнеслась к этому произведению спокойно, тем более, что сам автор, во-первых, был «каноником», то есть членом епархии, а во-вторых, в своём предисловии он указал, что не претендует на изменение общего представления о мироздании, а лишь представляет новый метод для облегчения расчётов местоположения Солнца и Луна. Но уже через 60 лет, в 1603 году трактат войдёт в список запрещённых книг, который сохранится на долгих 200 лет.
С этого момента работу польского астронома запрещается использовать, на него запрещено ссылаться, но эти ограничение восприняли далеко не все. Оказалось, что человеку нельзя запретить мыслить. Так, совершенно невольно для себя, публикуя «Об обращении небесных сфер», Коперник стал спусковым крючком в последующем многовековом, драматическом конфликте между церковью и наукой.
Началось время небывалого взлёта прогрессивной мысли.
В конце XVI века, вдохновлённый идеями Коперника и немецкого философа Николая Кузанского, молодой итальянский священник Джордано Бруно создаёт своё собственное учение о мироздании, в основе которого всё та же «гелиоцентрическая» модель Вселенной. Он выступил с открытой критикой канонической позиции церкви о плоской земли и о «геоцентрической» системе, в результате, в 1600 году в Риме был приговорён «к самому милосердному наказанию, без пролития крови», что означало сожжение на костре. До последней минуты Джордано Бруно предоставлялась возможность публично покаяться и отказаться от своих взглядов, но он был непреклонен и, в конце концов, сожжён.
До этого, в Англии примерно в середине XVI века группа молодых исследователей объединяется в общество, которое вошло в историю науки под названием «оксфордские калькуляторы». Прогрессивные мыслители строили свои расчёты движения небесных тел, которые потом активно использовались последующими учёными.
Уже в начале XVII века, немецкий математик Иоганн Кеплер вывел «закон планетарного движения», который гласит, что орбиты планет не идеально круглые, как это считалось, а эллиптические, в одном из фокусов которых расположено Солнце. Будучи глубоко верующим человеком, он был так воодушевлён своим открытием, что в предисловии к своему учебнику написал: «Благодарю тебя, Господи, Создатель наш, за то что Ты дал мне узреть красоту Твоего создания и ликовать при виде дел рук Твоих. Всё, что ограниченные силы моего ума позволили мне понять в величии дел Твоих, я возвестил людям…».
Учение Коперника и Кеплера становится знаменем прогрессивной научной мысли. В финале этого движения, итальянский астроном Галилео Галилей обобщил все расчёты и знания о «гелиоцентрической» Вселенной и первым установил, что «млечный путь» представляет собой скопление звёзд.
Галилей был автором нескольких ярких работ на эту тему, которые дошли до Папского престола, и в 1615 году учёный был приглашён в Рим, чтобы объяснить синоду основную суть научных воззрений о системе гелиоцентризма и попытаться убедить кардиналов в её истинности. Однако эти идеи вновь были признаны еретическими и Галилей пообещал, что не будет поддерживать их в своих последующих работах. Но, уже через несколько лет он публикует трактат в виде диалога, о двух системах мироздания и демонстрирует явное предпочтение теории Коперника. В 1636 году римская инквизиция признала его виновным в ереси и вынудила отказаться от своих убеждений под страхом смерти и только в 1992 году, после 13 лет разбирательства, Ватикан признал, что опала на Галилея была ошибкой.
Этот первый момент «неузнавания» между наукой и религией в Средневековой Европе выглядит довольно странным и невольно наталкивает на вопрос, почему?! Почему, несмотря на представленные расчёты и доказательную аргументацию об истинной картине Вселенной, церковь так упорно отказывалась её признавать?! Почему она так настойчиво держалась за «геоцентрическую» систему мироздания и другие очевидные заблуждения, когда их несостоятельность уже ни у кого не вызывала сомнения?! Почему принимались такие жёсткие меры в отношении этих наихристианнейших учёных, проповедующих «несанкционированные» научные воззрения?!
На эти вопросы нет и, наверно, не может быть однозначного ответа, хотя они и не новы, и тоже достаточно объёмно исследованы. Одни говорят о негативной роли «святого престола», который, якобы, тем самым боролся за политическую власть и за монопольное право канонизации всех сфер человеческого бытия, другие пытаются всё оправдать. Звучат разные идеи, некоторые из которых сквозят откровенным абсурдом, некоторые выглядят вполне убедительно. Внимательно изучив все исторические аспекты того времени, пусть каждый сам для себя ответит на эти вопросы, но есть определённые факты, от которых трудно отмахнуться, к какому-бы типу воззрений мы ни принадлежали.