В 1860-х годах теория самозарождения стала выглядеть наукообразно: в неорганической грязи происходят химические реакции, жизнь порождает не «жизненная сила», а кислород… Когда Ф. Пуше демонстрировал «самозарождение микробов» в настоях мяса, которые были прокипячены, но не закрыты крышкой, Дарвина это не убедило, и 25 апреля 1863 года он написал в «Атеней»: «"Грязевая масса с распадающейся материей и химическими процессами" — прекрасное убежище для невежества… Кто верит, что органические существа производились в каждом геологическом периоде из мертвой материи, должен полагать, что сначала было время, когда на нашей планете существовали только неорганические вещества. Но есть ли доказательства, что эти вещества, без присутствия органических составов, могли произвести живое существо? В настоящее время это представляется абсолютно невообразимым». Правда, он оговорился, что у естествознания великое будущее, может, когда-то и «жизненная сила» придет в согласие с наукой, но «природу жизни не познать, если считать, что корненожки периодически зарождаются из ила».
Луи Пастер в начале 1860-х опроверг результаты Пуше. Он помещал кипяченую питательную среду в сосуд без крышки, но с длинным, узким, загнутым вниз горлом. Проникновению кислорода это не может помешать. Но микроорганизмы не зародились. Они появлялись, когда отламывали горлышко. Это значило, что они рождались от других микроорганизмов, переносящихся частицами пыли; когда же горло сосуда было извилистым, пыль оседала на изгибах и не добиралась до питательной среды. Откуда микроорганизмы-родители взялись в воздухе, Пастер не знал. Его опыты убедили не всех, и работы о самозарождении продолжали выходить. Г. Кларк утверждал, что самозарождение есть доказательство бытия Божия, Г. Чайлд издал две книги по самозарождению, Дарвин, прочтя их, писал Карусу 21 ноября 1866 года: «Я не верю в самозарождение, хотя ожидаю, что в будущем происхождение жизни будет объяснено, но сейчас, по-моему, этот вопрос выходит за рамки современной науки». Коллеги Дарвина разошлись во мнениях, причем его сторонники были склонны верить в самозарождение, а оппоненты — нет: Геккель считал, что оно существует, Уильям Карпентер его отрицал. Уаймен повторил опыты Пастера в Гарварде в 1862 и 1867 годах и заявил, что если раствор кипятить долго, то микроорганизмы в нем не появятся. Но в начале 1870-х английский медик Генри Бастиан воспроизвел опыт Пастера на сенном настое и, несмотря на изогнутое горло сосуда, микроорганизмы появились.
Бастиан был сторонником Дарвина, и для него самозарождение доказывало не бытие Божие, а эволюцию. Но Дарвин устоял. Гукеру, 12 июля 1870 года: «Самозарождение кажется мне почти столь же загадочным, как предопределение. Я не могу убедить себя, что такое многообразие организмов могло быть произведено подобно кристаллам в растворах, как у Бастиа-на… Против очевидности, я не могу не думать, что органические частицы (мои геммулы!) остаются живыми и потом размножаются в подходящих условиях. Какая это интересная проблема!»
Хаксли и Тиндаль раскритиковали Бастиана. В 1870 году на заседании БАРН Хаксли заявил, что живые организмы действительно возникли из неживой материи, но не враз, а в несколько этапов, на примитивной Земле, а сейчас это невозможно, потому что Земля изменилась; в ответ астроном Уильям Томсон (лорд Кельвин), противник Дарвина, предположил, что жизнь на Землю принесли метеоры из космоса.
Дарвин высказал свою гипотезу, примерно совпадающую с идеей Хаксли, в письме Гукеру от 1 февраля 1871 года: сейчас живое не родится из неживого, но, возможно, когда-то это произошло. «Говорят, будто сейчас есть все условия для первоначального появления живых организмов. Но если (О! и какое большое "если"!) бы сейчас… в каком-нибудь теплом маленьком прудике, содержащем все необходимые соли аммония и фосфора и доступном воздействию света, тепла и электричества, химически образовался белок, способный к дальнейшим все более сложным превращениям, то в настоящее время это вещество немедленно было бы разрушено и поглощено, что было невозможно в период возникновения живых существ». Позднее добавил в сердцах: «Сущий вздор рассуждать сейчас о происхождении жизни; с тем же успехом можно было бы рассуждать о происхождении материи».