Каракозов был как раз из последних. Считая мирные средства недостаточными и не достигающими цели, он самостоятельно решился на цареубийство. Однако намерение его не встретило сочувствия друзей. Ишутин и Странден отправились за уехавшим в Петербург Каракозовым и убедили его вернуться в Москву, взяв при этом с него обещание впредь ничего подобного без их ведома и согласия не предпринимать. Тем не менее через несколько дней Каракозов вновь тайком уехал в Петербург, где совершил неудачное покушение на Александра II, выходившего после прогулки из Летнего сада.
Для расследования покушения была назначена следственная комиссия под председательством генерала М. Н. Муравьева, которая раскрыла и существование «Организации». Вместе с Каракозовым перед Верховным уголовным судом предстали еще 10 человек. Каракозов был приговорен к смертной казни. Приговор привели в исполнение 3 сентября 1866 года на Смоленском поле в Санкт-Петербурге.
Вера Засулич впоследствии скажет по этому поводу: "Каракозовское дело, конечно, займет в истории нашего движения гораздо более скромное место, чем нечаевское". Но почему? Почему так случилось, что дело Каракозова, стрелявшего в государя императора, оказалось в тени последующих дел, и в частности нечаевского дела? Почему Дмитрий Каракозов не стал родоначальником русской террористической традиции, а выстрел его в глазах современников выглядел своего рода эксцессом?
Как ни странно, все упирается в национальный вопрос.
В 1859 году И. С. Тургенев опубликовал роман «Накануне», где главным героем был выведен болгарский революционер Дмитрий Инсаров, мечтающий освободить свою родину от турецкого ига. "Освободить свою родину! — восклицала русская девушка Елена Стахова, влюбленная в Инсарова. — Эти слова и выговорить страшно — так они велики!" Надо учесть, что слова эти — "освободить свою родину" — без сомнения являлись эвфемизмом, ведь прогрессистски настроенное русское общество жаждало освобождения не меньше, чем болгарское, хотя и несколько иного рода. Тургенев предлагал русскому читателю дилемму: что на данный момент наиболее важно и благородно — отнести эти слова на счет собственной родины или воспринять их как призыв к сочувствию угнетенным болгарам? Однако критик Добролюбов был человек прямой и суровый, он не знал и знать не хотел никаких эвфемизмов. В статье "Когда же придет настоящий день?", посвященной тургеневскому роману, он потребовал открытого и недвусмысленного ответа на вопрос, чью родину следует спасать? А заодно и растолковал недогадливому читателю, на чем основан выбор героя: мол, отечественная цензура, пугливая и глупая, не пропустила бы роман о русском борце за свободу. На болгарина выбор пал случайно, утверждал Добролюбов, так как на его месте мог бы оказаться любой славянин, кроме поляка и русского. Таким образом, он наметил сразу две оппозиции. Первая: все братья славяне — поляк и русский. Вторая: русский — поляк.
Польский вопрос был чрезвычайно болезнен в XIX веке как для русских, так и для самих поляков. Периодические разделы Польши и присоединение части ее территории к России (официально считалось, что мера эта имела исключительно положительные последствия — стабилизировалась польская экономика и восстановился правопорядок) привели к тому, что Польша, находящаяся в положении полуколонии, жаждала независимости. Поляки дважды восставали (в 1830 и 1863 годах), русское правительство эти восстания жестоко подавляло. "Польский патриот" Валериан Лукасинский провел в одиночном заключении 48 лет, из них 37 — в Шлиссельбурге. К концу его пребывания в крепости даже начальник III Отделения не знал, кто это такой и за что посажен.
Прогрессивная часть русского общества сочувствовала полякам (так поэтесса Евдокия Ростопчина пострадала за балладу "Неравный брак", где под видом супружеской размолвки была представлена распря двух народов); обыватели и «патриоты» в свою очередь относились к полякам настороженно и склонны были ожидать от них каких угодно гадостей. Например, во время знаменитых петербургских пожаров 1862 года у простонародья не было ни малейшего сомнения в том, что виноваты в поджогах "студенты и поляки". «Студентов» и «поляков» отлавливали и били, руководствуясь при этом, как правило, исключительно внешним признаком — длиной волос.